В это время произошла большая перемена в личной жизни Милюкова. В 1888 году он женился на ученице Ключевского по Высшим женским курсам Анне Сергеевне Смирновой. Она была одной из дочерей друга Ключевского, ректора Московской духовной академии ученого протоиерея Сергея Константиновича Смирнова. Ключевский, естественно, как бы принял ее под свою опеку. Милюков у Ключевского и познакомился с Анной Сергеевной. Молодые люди скоро подружились, но отношения их вначале носили чисто товарищеский характер. Постепенно, однако, взаимное доверие перешло во все растущую привязанность, и принято было решение венчаться, но устроить свадьбу в строжайшем секрете. Венчание состоялось зимой в Хотьковом монастыре. Из церкви молодожены приехали в Сергиев Посад в квартиру отца Анны Сергеевны, ректора Московской духовной академии. Оттуда вернулись в Москву, в номер гостиницы на Козихе, где тогда жил Милюков. Там их встретила мать Милюкова, недружелюбно отнесшаяся к выбору сына.
Стесненные средствами, молодожены нашли себе скромную дешевую квартиру в полуподвальном этаже на одной из улиц возле Зубовского бульвара. В 1889 году родился их первый сын Николай. Ключевский отнесся к свадьбе своей любимой ученицы очень сердечно, распространив свою благосклонность и на Милюкова. Это была лучшая пора их отношений.
Зато Виноградов, а с ним и его семья, узнав о женитьбе Милюкова не от него самого, были страшно обижены. Виноградов сохранил свои добрые отношения с Милюковым, но семья его не пожелала принять Анну Сергеевну, и Милюков, естественно, тоже перестал бывать у Виноградовых.
В 1886 году Милюков приступил к писанию диссертации. Темой ее он выбрал «Государственное хозяйство России и реформа Петра Великого». Работу он решил обосновать преимущественно на архивном материале. Основной мыслью Милюкова был тезис, что европеизация России была не продуктом заимствования, а неизбежным результатом внутренней эволюции, одинаковой в России и Европе, но запоздавшей в России по историческим условиям. Личность Петра при этом отодвигалась на второй план. Милюков сознавал, что писание и оформление диссертации займет несколько лет, но не убоялся этого.
«Мне пришлось работать, – вспоминает он, – не только над материалом петровского времени, но и над данными предыдущего времени, начиная с XVI века, в московских архивах. Чтобы овладеть собственно петровскими материалами, пришлось расширить занятия на Петербург, где ожидали меня богатейшие данные в толстейших томах Петровского кабинета. Я провел в этой работе два летних сезона подряд, не выходя из состояния постоянного напряжения и восторга по поводу почти ежедневных важных открытий, которые складывались как-то сами собой в общую, поистине грандиозную картину».
Высказывая мысль, что европеизация России была неизбежным результатом внутренней эволюции, Милюков шел по стопам Соловьева.
В 1898 году Милюков суммировал свои взгляды на Петра и его реформы в Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона (полутом 46). Там он пишет: «Вопрос, в какой степени Петр лично участвовал в реформах последнего периода, остается еще спорным».
Это – замаскированное отступление от взглядов Милюкова в его диссертации. Он не мог не откликнуться на новые материалы, содержащиеся в только что вышедшей книге Н. П. Павлова-Сильванского «Проекты реформ в записках современников Петра Великого» (1897).
Эти записки представлены были Петру, добровольно или по его вызову, многими русскими и иностранцами. В их проектах предлагались меры для улучшения положения дел в государстве. Петр сам читал многие из этих записок, особенно по вопросу об увеличении государственных доходов и о разработке природных богатств России, а также доклады о торговой политике и административной реформе. Таким образом, личная роль и во многих случаях инициатива Петра в подготовке реформ не подлежит сомнению.
Ключевский не сочувствовал тому, что Милюков взялся писать диссертацию, требующую так много времени.
Сам Ключевский для своей магистерской диссертации получил от Соловьева тему о древнерусских житиях святых как историческом источнике (см. главу XVIII) – работу кропотливую, но не требовавшую много времени. Только для докторской диссертации Ключевский выбрал обширную тему («Боярская дума Древней Руси»).
Ключевский поэтому посоветовал Милюкову отложить тему о Петровской реформе для докторской диссертации, а для магистерской разработать грамоты какого-нибудь из северных монастырей. Милюков решительно отказался от этого совета. «От своего труда, – пишет он в своих воспоминаниях, – я не мог оторваться. Магистр, доктор – не все ли равно, когда я получу ту или другую ученую степень. И я продолжал работу, не послушавшись мнения Ключевского».
Так произошла первая размолвка между учителем и учеником.
Когда диссертация Милюкова была закончена, С. Ф. Платонов оказал ему большую услугу, устроив ее печатание отдельными главами в журнале Министерства народного просвещения (1890–1892).