Отдельные оттиски этих глав были сверстаны в книгу, и в таком виде диссертация была представлена Милюковым на историко-филологический факультет Московского университета.
По рекомендации Платонова же Академия наук поручила Милюкову написать отзыв о книге А. С. Лаппо-Данилевского «Организация прямого обложения в Московском государстве со времени Смуты до эпохи преобразований» (1890). Вместо короткого отзыва Милюков написал целое исследование «Спорные вопросы финансовой истории Московского государства».
При обсуждении диссертации Милюкова на факультете Виноградов и Герье предложили дать Милюкову сразу докторскую степень (минуя магистерскую). Но, как рассказал Милюкову Виноградов, Ключевский на это не согласился.
Защита диссертации состоялась 17 мая 1892 года. Факультет присудил Милюкову магистерскую степень.
«Я тут же дал себе слово, – пишет Милюков в своих воспоминаниях, – которое сдержал, – никогда не писать и не защищать диссертации на доктора». Когда Платонов, узнав об исходе московского диспута, предложил Милюкову представить в петербургский историко-филологический факультет его «Спорные вопросы» в качестве докторской диссертации, Милюков отказался.
В 1893 году Милюков получил за свою диссертацию премию имени С. М. Соловьева в размере достаточном для поездки с женой за границу. Милюковы провели лето на бретонском берегу недалеко от Бреста. При отъезде оттуда, осенью, Милюков утром в гостинице разговорился с французом, который оказался масоном и предложил Милюкову вступить в масонскую ложу. Милюков отклонил предложение. «Мне неоднократно впоследствии, – вспоминает он, – предлагали вступить в масонскую ложу. Я думаю, что эта настойчивость была одним из мотивов моего упорного отказа. Такая сила коллектива мне казалась несовместимой с сохранением индивидуальной свободы».
В Париже Милюков прежде всего сделал визит П. Л. Лаврову. Лавров говорил с Милюковым не о политике, а о науке – очевидно, в связи с той большой работой, которую он готовил. В Париже же Милюков встретил петербуржца Ивана Михайловича Гревса, писавшего в это время свою диссертацию по истории римского землевладения. Гревс познакомил Милюкова с М. П. Драгомановым, который Милюкову чрезвычайно понравился. У них оказалось много общего во взглядах. В частности, оба отрицательно относились к славянофильству.
Еще до заграничной поездки к Милюкову обращались устроители педагогических курсов в Москве с предложением прочесть курс лекций по истории русской культуры. Милюков согласился. По возвращении из-за границы Милюков решил из курса лекций составить книгу на эту тему. Так возникли его известные «Очерки по истории русской культуры».
Вместе с тем Милюков принял деятельное участие в просветительной деятельности, организованной по образцу английской University Extention. Сюда входило издание «Библиотеки домашнего чтения» и устройство публичных лекций в Москве и в провинции. Первым, избранным для пробы, был Нижний Новгород. И. И. Иванов прочел там серию лекций по русской литературе. Следующим лектором был Милюков, объявивший курс в шесть лекций на тему об «общественных движениях в России».
Лекции происходили в обширной зале Дворянского собрания. На них в публике присутствовали вице-губернатор (губернатора не было в городе) и архиерей. В своем курсе лекций Милюков старался показать, как слабые ростки общественного движения эпохи Екатерины II постепенно росли и крепли. Вывод напрашивался сам собой: настало время для исполнения общих чаяний. Последняя лекция содержала в себе прозрачные намеки на это. Публика слушала весь курс с напряженным вниманием, а в конце устроила лектору бурную овацию.
Милюкову не прошло это даром. Министерство народного просвещения уволило его из университета с запрещением преподавать где бы то ни было. Министерство внутренних дел начало следствие о «составе преступления» Милюкова в Нижнем Новгороде и распорядилось выслать Милюкова в Рязань.
Милюков поехал в Рязань один. Анна Сергеевна с детьми (родился второй сын Сергей) временно осталась в Москве. В Рязани Милюков встретил сочувствующих ему людей. Они подыскали для Милюкова просторный дом на церковной площади с большим садом. Милюков перевез туда свою уже значительную библиотеку. Кроме того, в городе была недурная библиотека при ученой архивной комиссии. Милюков занялся обработкой своих «Очерков по истории русской культуры» – они печатались в петербургском журнале «Мир Божий» до того, как вышли отдельной книгой.
Когда шел второй год рязанской ссылки Милюкова, он получил приглашение от Высшего училища (университета) в Софии (Болгария) на кафедру всеобщей истории, освободившуюся после смерти Драгоманова. Анна Сергеевна поехала в Петербург выяснить положение дел. Милюкову было предложено на выбор: тюрьма на годичный срок в Уфе или высылка за границу на два года (это было замаскированное разрешение принять болгарское предложение). Милюков выбрал высылку. Это было весной 1897 года. Лекции в Софии должны были начаться с осени.