Патриарх Сергий скончался 15 мая 1944 г., после чего, согласно завещанию Святейшего, местоблюстителем стал митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Симанский). Сложившиеся в то время условия позволили начать подготовку к Поместному Собору, который открылся 31 января 1945 г. На нем присутствовало 171 человек, общее же число членов и гостей превышало 200 человек. Проходивший в условиях сталинского религиозного «ренессанса», этот Собор, как и Собор 1943 г., не имел возможности восстановить традиции, заложенные в 1917–1918 гг. Новая обстановка заставляла не восстанавливать прежнее, а создавать новое церковное устройство.
На Соборе было принято «Положение об управлении Русской Православной Церковью», в котором не содержалось указаний необходимость созыва новых Соборов в определенные сроки: после страшных 1920-х-1930-х гг. настаивать на проведении регулярных Соборов не приходилось. Предусматривался лишь созыв (и то – с согласия правительства) Архиерейских Соборов; Поместные должны были собираться лишь когда имелась необходимость выслушать голос клира и мирян и когда имелась к этому «внешняя возможность». Права патриарха, по сравнению с имевшимися ранее – согласно решениям Собора 1917–1918 гг., – возрастали. Косвенным свидетельством можно считать то, что компетенция Священного Синода, совместно с которым патриарх и осуществлял управление Русской Православной Церковью, «Положением» 1945 г. не определялась.
Усиливалась и единоличная власть епископа, избрание которого оставалось прерогативой Священного Синода под председательством патриарха, а утверждение архиерея уже целиком принадлежало патриарху. Епископ мог учреждать епархиальный совет, а мог и не учреждать – этот коллегиальный орган создавался лишь в соответствии с его волей (если таковую можно было проявлять в то время). О благочиннических собраниях и советах в 1945 г. также не вспомнили, отменив и выборность благочинных. Не произошло и восстановление положения о православном приходе: согласно «Положению», настоятель прихода не зависел от органов приходского управления, имея непосредственное и преимущественное подчинение епархиальному архиерею. Выборы патриарха также не напоминали избрание святого Тихона: жребия не было, как не было и нескольких кандидатов. Единогласно избрали митрополита Алексия (Симанского), интронизация которого состоялась 4 февраля 1945 г.
С тех пор и вплоть до 1971 г. Поместных Соборов в Русской Православной Церкви не созывали, хотя ее жизнь после понесенных утрат нельзя было назвать удовлетворительно устроенной. Причина этого – та несвобода, в состоянии которой Церковь жила в государстве, поставившем целью построение коммунистического (то есть атеистического) общества и не желавшим возрождения идей соборности, для осуществления которых так много сделал Поместный Собор 1917–1918 гг.
Новым подтверждением церковной несвободы стал Архиерейский Собор 18 июля 1961 г., созванный по инициативе хрущевских властей. Целью этого Собора была реформа приходского управления, согласно с которой обязанности клира и настоятеля сосредотачивались преимущественно на духовном руководстве приходом и богослужении, а хозяйственно-финансовая деятельность становилась прерогативой исполнительных органов верующих (прежде всего, церковного старосты). Навязанная реформа нарушала весь строй приходской жизни, делая хозяевами приходов церковные советы и так называемые двадцатки, контроль над которыми целиком находился в руках уполномоченных Совета по делам Русской Православной Церкви. По новым правилам, избирался исполнительный орган прихода – церковноприходской совет (староста, его помощник и казначей). Создавалась и ревизионная комиссия, обязанная наблюдать за состоянием церковного имущества. Разумеется, светские власти стремились всеми силами ослабить авторитет духовенства в приходе и не допустить роста церковного влияния на население. Для этого использовался старый проверенный метод – всеохватный контроль.