Корнилов был вынужден подчиниться. 9 сентября он отдал приказ о затоплении части кораблей и распределении остальных для обороны подходов с моря; их также следовало приготовить к затоплению в случае сдачи города1207
1208. В ночь на 11 сентября пять кораблей и два фрегата затопили поперек входа в бухту; в спешке с них даже не сняли пушки, порох и провизию1209.Поднимая дух моряков, Корнилов писал в приказе 11 сентября:
«Товарищи! Войска наши после кровавой битвы с превосходным неприятелем отошли к Севастополю, чтобы грудью защищать его. Вы пробовали неприятельские пароходы и видели корабли его, не нуждающиеся в парусах. Он привел двойное число таких, чтобы наступить на нас с моря; нам надобно отказаться от любимой мысли — разразить врага на воде. К тому же мы нужны для защиты города, где наши дома и у многих семейства.
Главнокомандующий решил затопить 5 старых кораблей на фарватере; они временно преградят вход на рейд, и вместе с тем свободные команды усилят войска.
Грустно уничтожить свой труд; много было употреблено нами усилий, чтоб держать корабли, обреченные жертве, в завидном свету порядке, но надобно покориться необходимости.
Москва горела, а Русь от этого не погибла, напротив, встала сильней. Бог милостив! Конечно, он и теперь готовит верному ему народу русскому такую же участь...»1210
В тот же день Корнилов отдал приказы о сформировании из команд потопленных кораблей шести батальонов, об отправке четырех батальонов в Северное укрепление. Вице-адмирал стал фактическим руководителем обороны Севастополя. Он по приказу Меншикова вступил в командование войсками на Северной стороне, которой непосредственно угрожали союзники, и назначил начальником штаба В.И. Истомина. На южной стороне Меншиков назначил командовать вице-адмирала П.С. Нахимова1211
.Корнилов усиленно занимался обороной Северной стороны в основном силами перешедших на сушу моряков, сформированных в батальоны. 13 сентября он отдал приказ о действиях кораблей при обороне Северной стороны в случае отступления армии1
. Вице-адмирал заявлял: «С Северной стороны ретирады нет; все, кто туда попал, ляжет навеки»1212 1213. Он готовился стоять насмерть. Однако союзники, также немало пострадавшие в сражении при Альме, не решились атаковать практически беззащитную с суши Северную сторону и решили перейти к Южной стороне. Эта задержка в несколько дней позволила русскому командованию приготовиться к обороне. Руководство подготовкой и самой обороной легло на В.А. Корнилова.Когда союзная армия двинулась к Южной стороне, туда же переехал и начальник штаба Черноморского флота и портов, чтобы вместе с Нахимовым защищать Севастополь. 13 сентября по предложению Нахимова он принял обязанности начальника штаба войск, расположенных в Севастополе. Генерал-лейтенант Моллер, которого Меншиков назначил начальником гарнизона, приказал начальникам войск выполнять все приказания вице-адмирала Корнилова1214
.Уже 11 —12 сентября по приказу Корнилова из моряков были сформированы 17 флотских батальонов численностью 12 тысяч человек1215
. Так как А.С. Меншиков вышел из Севастополя к Бахчисараю, чтобы удержать сообщение Крыма с Россией, морские батальоны и небольшие оставленные князем войска составили гарнизон. 14 сентября всю линию обороны Южной стороны распределили на три дистанции во главе с генерал-майором Аслановичем, вице-адмиралом Ф.М. Новосильским и контр-адмиралом В.И. Истоминым. Основную силу обороны составили моряки во главе с наиболее энергичными офицерами. При помощи жителей города за несколько дней были сооружены полевые укрепления, оснащенные сотнями морских и полевых пушек. Когда союзники приблизились к Севастополю, они вместо беззащитного города столкнулись со свеженасыпанными бастионами, не решились на штурм и перешли к осаде1216.Корнилов понимал опасность положения Севастополя и в докладной записке 19 сентября А.С. Меншикову писал, что необходимо удвоить пятнадцатитысячный гарнизон, чтобы удержать оборонительную линию в 7 верст1217
. 26 сентября начальник штаба отдал приказ о мерах для отражения атак противника в дневное и ночное время, 28 сентября — о создании запасных артиллерийских парков, 1 октября — о мерах предохранения войск во время бомбардировок. Настаивая на упорной обороне, Корнилов также требовал, чтобы войска наладили взаимодействие, чтобы зря не тратили снаряды (подвоз которых был затруднен) и стреляли только тогда, когда выстрелы могли принести очевидную пользу. Он предписывал держать у орудий лишь необходимых людей, всех остальных укрывая в блиндированных навесах, чтобы уменьшить потери1.