Обстановка в Вольном городе накалялась. В конце концов это вылилось в то, что бояре Неревского «конца» (одной из частей города), ориентировавшиеся на Литву, устроили погром Славенского «конца», тяготевшего к Москве: жители Славковой улицы подверглись грабежу, после чего они послали великому князю грамоту с жалобой на неревских бояр. Так на повестку дня встал вопрос о полной ликвидации Новгородской республики, просуществовавшей не одно столетие.
В октябре 1475 года Иван III Васильевич отправился в новый новгородский поход, на сей раз с «миром», но «с людьми многими». Он ехал в свою «отчину» творить суд и расправу над верноподданными. Псковский летописец отметил: «новгородцы, люди житии и моложьшии, сами-его призвали на тые управы, на них насилье… посадники творили».
По пути к московским дружинам присоединились тверская рать, а потом и псковичи, уже полностью отложившиеся от Вольного города Новгорода. Медленно двигался по новгородским дорогам великокняжеский поезд — Иван III действительно ехал с «миром», а не шел войной. На каждом стане к нему приходили челобитчики — «жалобники». Жаловались бояре, купцы, житьи люди, горожане, крестьяне-смерды. Больше всего жалоб пришлось на долю посадников и бояр «литовской» партии. Псковичи жаловались на то, что совсем недавно новгородские боярские «ключники» разграбили их пограничную волость Гостянино. В ходе этого «наезда» на псковские селения боярские «ключники» повесили 65 мирных жителей.
Новгородцы, пошумев на вече, решили обороняться, рассчитывая прежде всего на мощные стены каменной крепости. Городской воевода В. Гребенка-Шуйский с горожанами даже соорудили деревянную стену на судах, перегородив ею реку Волхов, опасаясь нападения московской «судовой рати».
Иван III Васильевич 21 ноября прибыл в Городище — резиденцию новгородских князей на правом берегу Волхова, всего в трех километрах выше Новгорода. Московская рать, тверичи и псковичи разбили походный лагерь на берегу Ильмень-озера. Началось известное в отечественной истории «Городищенское стояние».
В Вольном городе несколько успокоились, поняв, что приступа не будет. Вскоре в Городище явился глава Новгородской республики архиепископ Феофил для ведения мирных переговоров. Великий князь дал пир в честь послов, но решительно отклонил все их просьбы. А московские бояре продиктовали им волю своего государя: править в Новгороде, как в Москве, иметь там не своего выборного посадника, а только московского, а «вечю колоколу» больше не быть.
После этого московские сторожевые дозоры взяли город-крепость и особенно городские ворота в кольцо. Последовал еще один удар по вольным новгородцам: их князь-воевода В. Гребенка-Шуйский перешел на службу к Ивану III Васильевичу и был им весьма благосклонно принят. Тогда новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
Новгородская республика, насчитывавшая несколько веков, перестала существовать. Вечевой колокол и важные архивные документы увезли в Москву. Великий князь устроил суд над своими противниками из числа новгородского боярства. Шесть из них, наиболее влиятельных, заковали в цепи и отправили вслед за вечевым колоколом. Их вотчинные земли отписали в «отчину» Ивана III Васильевича, как и владения двух больших монастырей.
В следующем году великий князь приказал арестовать непримирившуюся боярыню Марфу Борецкую с внуком Василием, близких ей бояр, архиепископа Феофила. Назначенный в Новгород наместником боярин Яков Захарьин-Кошкин завершил искоренение древнего новгородского боярства: он обвинил в измене разом весь Новгород. Грандиозный процесс, организованный им, оказался последним, так как судить больше было некого. Одних бояр наместник «пересече» и перевешал, других отправил под стражей в Москву — они выселялись вместе с семействами. Московские власти присвоили богатства новгородских крупных землевладельцев.
Не успели «замирить» Новгород, как в Московском государстве против великого князя поднялся феодальный мятеж, на сей раз связанный с родными братьями Ивана III Васильевича — Андреем Большим, Борисом и Андреем Меньшим. Причем первые два оказались связанными с новгородцами. Братья, удельные князья, считали, что все новые территориальные приобретения Москвы должны делиться между великим князем и удельными князьями. Однако тот думал совсем иначе.
В ответ Иван III совершил в конце 1479 года еще один поход на Новгород с главными военными силами. Он осадил непокорный город и больше недели днем и ночью обстреливал город из пушек — «наряда». Горожане были вынуждены отдать себя «на всю государеву волю».
Затем последовал «грозный государев розыск» — казнили сотню изменников, а около пятнадцати тысяч боярских и купеческих семей в принудительном порядке выселили в Москву и окрестные районы. Конфискованные имения раздали служилым московским людям «двора» великого князя Московского.