После продолжительного обмена мнениями совещание пришло к окончательному решению: «Одобрить для исполнения проект подводного миноносца, составленный корабельным инженером Бубновым, но с тем, чтобы для защиты руля и винтов при возможных толчках о дно или мель, было устранено возможно легкое ограждение в кормовой части. Кроме того, признать желательным, чтобы постройка корпуса производилась на Балтийском заводе, построившем прототипы предложенного проекта, но чтобы постройка механизмов для него (моторов) была поручена заводу Нобеля или другому заводу, имевшему опыт в постройке бензиновых моторов». Это решение было представлено «на благоусмотрение» управляющему Морским министерством генерал-адъютанту вице-адмиралу Ф.К. Авелану, «доживавшему» последние дни на этом посту, который 4 мая 1905 г. распорядился внести подводную лодку 380 т водоизмещением в общую программу судостроения.
К вопросу о проекте большой подводной лодки в 380 т МТК вернулся еще раз на заседании 17 сентября 1905 г. (Журнал МТК по кораблестроению № 20 от 20 сентября 1905 г.) по инициативе самого И.Г. Бубнова, который к этому времени внес в проект принципиально важные изменения, одновременно с рассмотрением проекта малой лодки в 117 т.
Заседание обсудило докладную записку И.Г. Бубнова, в котором он, указывая на пожароопасность, предлагал бензиновые двигатели заменить двумя дизельмоторами 600 и 300 л.с., работающими на один вал. Чтобы уменьшение мощности двигателей (бензомоторы проектировались в 1200 л.с.) не повлияло на скорость, уменьшили диаметр шпангоутов на 1 фут и водоизмещение до 360 т, отказались от деревянной обшивки корпуса, которая значилась в проекте. Кроме того, И.Г. Бубнов предлагал заменить шесть аппаратов Джевецкого и один трубчатый на четыре трубчатых аппарата при четырех запасных торпедах, а также несколько изменить систему погружения лодки.
Заседание одобрило предложенные И.Г. Бубновым в докладной записке изменения проекта «подводного миноносца», теперь уже в 360 т, что было зафиксировано в Журнале МТК по кораблестроению № 20 от 20 сентября 1905 г. На основании записи в этом журнале и по приказанию морского министра вице- адмирала А.А. Бирилева Отдел сооружений ГУКиС 9 февраля выдал Балтийскому заводу наряд на постройку подводных лодок в 117 и 360 т по проекту И.Г. Бубнова.
Но на этом внесение изменений в проект большой лодки в 360 т не закончилось. 19 августа 1906 г. И.Г. Бубнов подал рапорт за № 597 на имя главного инспектора кораблестроения, в котором докладывал:
«При разработке детальных чертежей дизельмоторов выяснилось, что установка двух моторов на один вал вызывает следующие неудобства:
– в верхней части лодки над круговыми шпангоутами придется делать особую коробку над цилиндрами мотора, что может затруднить погружение, так как будет нарушена симметрия носовой и кормовой ее частей:
– изготовление фрикционной муфты при мощности двигателей в 900 л.с. на конце гребного вала возможно, но вызывает затруднения ввиду ограниченности места ее расположения;
– намеченный трехцилиндровый двигатель в 600 л.с. не может быть вполне уравновешен;