Война с Польско-Литовским государством пока приносила Ивану IV военные успехи, но параллельно с этим появлялись и угрожающие признаки будущих поражений. Завоевание Полоцка на Западной Двине было вторым военным триумфом после завоевания Казани, который Иван IV мог приписать себе самому. В феврале 1563 г. он лично принял капитуляцию города Полоцка. Для него это было возвратом старейшего русского княжества, «наследника Киева», еще одним шагом к «собиранию Руси».
С тех пор как война против Ливонии перешла в борьбу с могущественным Польско-Литовским государством, царь снова и снова видел перед собой обман и предательство, действительные и мнимые. Он испытал горькое разочарование, когда главнокомандующий русских войск в Ливонии, товарищ юности Ивана IV князь Андрей Курбский переметнулся на польскую сторону. Князь Курбский был щедро вознагражден и высоко почитаем как вассал короля Сигизмунда II Августа. Послав царю с другой стороны фронта оправдательную и укоризненную эпистолию, он начал знаменитую переписку между самодержцем и верным своему сословию боярином, подлинность которой, вероятно, несправедливо оспаривалась.
Примеру князя Курбского последовали менее важные персоны, иные были арестованы по подозрению или доносу, иногда насильно пострижены в монахи. Кровавая расправа с опытными полководцами и политиками, начатая еще в 1560 г. ссылкой Алексея Адашева и протопопа Сильвестра, распространилась на всех членов «избранной рады» и значительно сократила элиту, прежде близкую к царю, который начал окружать себя второстепенными личностями, иногда сомнительными иностранцами.
Очевидное противоречие между годами насыщенными внутриполитическими реформами и внешнеполитически ми успехами, и последовавшими за 1564 г. десятилетиями разрухи и внешнеполитических поражений привело к тому, что с начала исторических размышлений об Иване Грозном стали различать период реформ и период террора. Князь Курбский был тем человеком, который первым охарактеризовал эту двойственность. Прежний соратник царя в литовской ссылке нашел время для того, чтобы наряду со своей обширной полемикой с Иваном IV опубликовать и важную «Историю князя великого московского». Из этого произведения, написанного участником событий, в историографию вошла концепция о добром и злом периодах правления Ивана IV.
Историографическая оценка двух периодов правления Ивана IV до сих пор не была однозначной, исследователи видели в тирании «опричнины» частью запланированное преобразование общества, частью жестокое буйство душевнобольного тирана. Однако можно допустить возможность того, что царь хотел освободиться от упорного давления породненных между собой княжеских и боярских родов, объединившихся с могущественным епископатом, бежать из «царской клетки» и жить своей собственной жизнью Не выдержал историографической критики постулат о рационалистическом государственном мышлении царя Ивана IV, нацеленном на модернизацию в духе абсолютизма. Иррационализм и противоречивость оказались слишком очевидными, разрушительные действия — слишком катастрофическими. Принято обращаться к мнению русского историка Василия Ключевского о том, что террор опричнины был направлен не против бояр-княжат, как политической силы, а против отдельных личностей. Следовательно, опричнина «была в значительной мере плодом чересчур пугливого воображения царя», то есть формой мании преследования, причем подозрения, нашептанные больному и изолированному государю фаворитами, вызвали преследования и, в конце концов, стали причиной разрушения империи.
На вопрос о причинах поворота — была ли это (душевная) болезнь царя, или замена реформаторов «избранной рады» на капризных фаворитов, или конфликт государя с корыстными аристократическими кликами, которые сводили на нет его стремление к автократии структурным саботажем традиционной олигархии, — можно предположительно ответить «и так, и так». С 1560 г. он отдалился от советчиков своей юности, уничтожил авторитеты и привязанности прежнего времени. После смерти митрополита Макария в конце 1563 г. царь потребовал послушания и со стороны церковных иерархов. С тех пор митрополиты и епископы сменялись, если они оказывали сопротивление планам Ивана IV. После промежуточного периода, связанного с великой личностью Макария, он вернул русскому епископату служебную роль, которую тот играл со времен Ивана III.