Казни в Москве, вероятно, можно объяснить подозрениями в заговоре, возникшими на основании сведений, полученных под пытками в Великом Новгороде. Предполагали даже, что целенаправленная дезинформация с польской стороны могла привести к тому, что болезненно недоверчивый Иван IV лишил империю незаурядных людей. Обвинение в измене Новгорода также могло быть следствием этого заговора. Подозрение в предательских сношениях с королем Польши пало на город и всю новгородскую землю, и никто не выяснял, откуда пришли сведения. Во всяком случае, царь мобилизовал свое личное войско и приступил к опустошению империи, по пути разорял города, а на Рождество 1569 г. начал беспрецедентную карательную акцию в Новгороде. В источниках она обозначается термином «государев разгром»: неделями продолжались допросы, пытки, казни и грабежи. Генрих фон Штаден был очевидцем этого; без сожаления он сообщает о своих гнусных делах и хвалится тем, что выступил на одной лошади, а вернулся с 49 санями, полными добычи. Не только город Великий Новгород, но и богатые монастыри северо-западной Руси, а также равнинные земли, включая маленькие городки, стали жертвами разгрома.
Личное войско царя могло безнаказанно тиранить гражданское население, но опасному противнику оно не могло противостоять. После неудачной попытки в 1569 г. завоевать обратно Астраханское ханство крымский хан объявил «священную войну» и весной 1571 г. выступил па Москву. Татары обошли оборонительные позиции опричного войска, опустошили центральные русские земли и 24 мая 1571 г. сожгли Москву. Город, переполненный войсками и беженцами, за несколько часов выгорел дотла, людские потери были огромными, в городе нельзя было найти ни одного столба, чтобы привязать коня, — так немецкий очевидец выразил степень опустошения. Когда год спустя татары снова пошли на Москву, то Ивану IV пришлось еще раз бежать на север. На этот раз он укрылся со своей семьей и государственной казной в Новгороде. То, что он во время ожидания составил свое завещание, позволяет заключить, насколько пессимистически он оценивал военное положение. Однако объединенные войска опричнины и земщины отразили нападение татар. Тем не менее, царю стало ясно, что в военном отношении опричнина не годится ни на что, кроме террористических акций, и в то же время то, что самих ее вождей можно заподозрить в измене. Ведь третья жена Ивана IV умерла в резиденции опричнины, возможно, от яда. С казней виновных в катастрофе 1571 г. началась ликвидация опричнины. В 1572 г. она была отменена.
Какие бы причины ни приводились для объяснения феномена «опричнины», но то, что она расшатала устои Российской империи, можно лишь констатировать. В самом центре изнурительной войны на два фронта против Польско-Литовского государства и Швеции царь Иван IV расколол Российскую империю, объединению которой отдавали все силы его предки со времени монгольского нашествия. Он отменил преемственное право, попрал политическое согласие в своей империи, веру в единство государя и народа, равно как и ведущую роль православной церкви в общественной жизни общества. Однако, либо Иван IV не осознавал, что разрушает империю, либо вынужденно продолжал это делать.
Начав опричнину с «отречения», он, по-видимому, продолжил эту игру в 1575 г.: Иван IV снова отрекся и посадил на трон, правда, не в качестве царя, крещеного татарина, касимовского хана Сен Булата (с 1573 г. носил имя Симеон, данное при крещении). Иван IV разыгрывал из себя покорного подданного, в думе скромно садился среди бояр, подавал «государю, великому князю Симеону Бекбулатовичу всея Руси» челобитные, изобиловавшие формулами, выражающими смирение, но годом позже удалил его в номинальное великое княжество Тверское и снова занял свой трон. Эта игра Ивана IV с царским троном должна была еще больше задеть чувство собственного достоинства русских. Недовольство Иван IV потопил в крови, наиболее видной жертвой на этот раз стал архиепископ Новгородский.