В июле 1572 г. умер король Польши Сигизмунд II Август, смерти которого давно ждали. С ним пресеклась мужская линия Ягеллонов. Иван IV также ждал этого события и связывал с ним политические надежды, не только имея в виду военные интересы на Балтике, но и преследуя цель заполучить несколько западно-русских княжеств путем совместных действий с домом Габсбургов. Кроме того, царь попытался, воспользовавшись последовавшей сумятицей, протолкнуть свою кандидатуру на польский трон с помощью группы западно-русских бояр; весьма вероятно, что ему при этом искусно и успешно помешали. Однако ослабление Польши до окончательного утверждения трансильванского князя Стефана Батория (коронован в июле 1576 г.) позволило осуществить в 1573–1578 гг. значительные завоевания в Ливонии, лишь Рига и Ревель остались под соответственно польской и шведской властью. Правда, новый польский король оказался затем превосходящим противником, наемным войскам которого, имевшим современное оружие, не могла больше противостоять традиционная русская дворянская конница. Постоянные войны подорвали экономическую основу, кроме того, опричники выжгли деревни на больших территориях. Таким образом, у русского служилого дворянства не было больше ресурсов для ведения войны, о модернизации в современном духе вообще больше не могло быть и речи. Так, Иван IV потерял в 1579 г. Полоцк на Западной Двине, в 1580 г. — Великие Луки, в 1581 г. отдал шведам Нарву, единственный русский порт на Балтийском море. Находившийся в бедственном положении царь своевременно обратился за содействием к папе римскому, из тактических соображений приблизив осуществление надежды последнего на церковную унию. Хотя иезуит Антонио Поссевино и не мог склонить царя к церковной унии, однако в 1581–1582 гг. он стал посредником при заключении десятилетнего перемирия между Польшей и Россией (Ям-Запольский мир). Перемирия со Швецией Иван IV добился только в 1583 г. (Плюсское перемирие) с разгромным результатом: все завоевания Ливонской войны более не существовали.
При воспитании двоих своих сыновей от брака с Анастасией Романовой, родившегося в 1554 г. Ивана и Федора, который был на три года младше брата, у царя была только одна возможность: доверить отстающего в физическом и умственном развитии Федора, безусловно, преданному клану. Иван IV женил Федора, как и своего слабоумного брата Георгия, вероятно, по случаю совершеннолетия в 1574 г. (это более правдоподобно, чем названный Джеромом Горсеем 1580 год). При этом он выбрал сестру своего энергичного и честолюбивого последователя Бориса Годунова и тем самым предоставил своего сына заботам этого не первоочередного, но тем более привязанного к династии рода. Цесаревичу Ивану Ивановичу царь навязал свой образ жизни — участие в пытках и убийствах, разнузданных пирах, с одной стороны, и экзальтированную религиозность — с другой. Поскольку царь после смерти своей второй жены постоянно заключал новые браки, то параллельно с этим женил и цесаревича, заточил двух его жен в монастырь и искал Ивану младшему третью невесту.
С каких пор наследник престола начал высказывать по политическим вопросам свое собственное, отличное от отца мнение, установить не удается, но известно, что с середины 70-х годов шел спор между государем и наследником престола, официально назначенным в 1578 г. Больной и недоверчивый царь заметил, что вокруг сына объединялись влиятельные люди. Англичанин Джером Горсей называл Ивана младшего надеждой империи и характеризовал его как «мудрого, мягкого и достойнейшего принца, с героическими качествами и приятной внешностью». Катастрофа в отношениях между отцом и сыном произошла (здесь, вероятно, можно верить Поссевино) в ноябре 1581 г., когда царь случайно застал свою беременную сноху недостаточно одетой. Внезапный приступ гнева вывел царя из равновесия, и он избил сноху, из-за чего у нее случился выкидыш. Поспешившего на помощь своей жене наследника престола Иван IV так ударил по голове, что Иван младший через несколько дней умер. Хотя зависть стареющего больного государя к молодому и динамичному наследнику престола и порождала некоторые недобрые мысли, но такого исхода многолетнего спора Иван IV не желал. Его раскаяние, вероятно, было близко к психическому срыву. В память умершего он жертвовал большие суммы знаменитым монастырям, вплоть до Афона и горы Синай. Теперь Иван IV велел составить и список своих жертв — «Синодик в опале убиенных», чтобы поминать их, как положено по православному ритуалу, и, вероятно, прежде всего, чтобы облегчить собственную душу. Суммарные записи по памяти экзекуторов красноречиво свидетельствуют о свирепости опричников. О многолетнем любимце царя Малюте Скуратове в связи с Новгородским разгромом 1570 г. писали: «По отчету Малюты, он убил 1490 новгородцев, из ружей убиты 15 человек».