Его возвышение произошло удивительно быстро: сын не очень состоятельных родителей, родившийся в 1552 г., он вступил в «опричнину» царя Ивана IV (см. главу «Иван IV Грозный»). По-видимому, он не особенно выделился во время террористических акций, но, без сомнения, полезным для него оказался брак с дочерью внушавшего страх опричника Малюты Скуратова. Борис и его сестра Ирина Федоровна оказались при дворе и открыли для себя знаменательные виды на будущее. Брат, которому еще не было 30 лет, в 1581–1582 гг. получил боярский чин, благодаря чему приблизился непосредственно к трону. Вероятно, еще важнее был брак сестры с наследником престола Федором Ивановичем (см. главу «Федор I Иванович»).
Царь Иван IV ввиду неспособности слабоумного Федора к управлению государством учредил своего рода регентский совет. Его членом был и Годунов, который по своему положению, с точки зрения семейной традиции, сначала стоял настолько же ниже других членов этого совета, насколько и Малюта Скуратов.
То, что боярину Годунову удалось до 1587–1588 г. оттеснить или отстранить конкурирующих членов регентского совета, является свидетельством его личных политических способностей, но успех вряд ли был бы возможен, если бы на его стороне не стояли определенные группировки. Последовательное прикрепление крестьян к земле было выгодным служилому дворянству, владевшему землей; возвышение епархии до патриаршества (1589 г.) укрепляло чувство собственного достоинства высшего духовенства, с этим были главным образом связаны и дальнейшие повышения в чине; дьяки, игравшие важную роль в управленческой практике, преимущественно выходцы из семей купцов или священников — также связывали с ним свои надежды. Впрочем, нет ничего удивительного и в том, что иностранные посредники, прибывавшие в Москву для экономических или политических переговоров, вели их с Годуновым (в своих отчетах они называли его «губернатором», тем самым правильно описывая реальное положение вещей). Подозрения в том, что он мог быть причастным к загадочной смерти сына Ивана, Дмитрия (1591 г.), подтвердить не удалось. Назначение князя Василия Ивановича Шуйского, явного конкурента Годунова, главой следственной комиссии было умным дипломатическим ходом. Комиссия пришла к выводу, что наследник престола погиб в результате несчастного случая. Наконец, огромные доходы позволяли фактическому регенту представлять веские доказательства благоволения людям, казавшимся ему полезными.
Таким образом, он мог быть уверен в том, что настроение в столице было для него благоприятным. Большинство иностранных наблюдателей склонялись к мнению, что его возвышение основывалось не на искусстве хитроумных интриг, а было в значительно большей степени результатом выдающихся политических способностей. В любом случае, можно поставить ему в заслугу то, что он сумел облегчить бедственное положение населения, вызванное изнуряющей политикой царя Ивана IV, не в последнюю очередь благодаря мирным договорам с соседними государствами и охране южной границы государства путем строительства укреплений и опорных пунктов, из которых могли вырасти города. Когда в 1598 г. возникла чрезвычайная ситуация, потребовавшая выбора царя, закономерно встал вопрос о том, есть ли вообще другой реальный кандидат, кроме Годунова, тем более, что его рекомендовали и царица-вдова, и патриарх Иов. Земский собор, действовавший как избирательный орган, носил черты импровизации. Время поджимало, а для процедуры не было установлено никаких формальных правил. Положение характеризует наличие более чем одной редакции протокола выборов. Избранник определенно осознавал сомнительность своего положения, следовательно, было бы неумно принять выбор без колебаний. Если бы он принял на себя обязанности государя, уступив напору царицы-вдовы и патриарха и мольбам московского «народа», то это означало бы, что выбор отвечает всеобщей воле, а не удовлетворяет личное тщеславие. Неизвестно, нашлись ли критики или противники выбора.
Основываясь на опыте десятилетнего фактического регентства, новый царь мог развивать свои дальнейшие политические цели, между тем их осуществление осложнили изменившиеся обстоятельства: решения, которые принимались и осуществлялись боярином Годуновым, одобрялись царем Федором и имели силу закона. Царь Годунов, однако, мог рассчитывать только на свой авторитет, а он ни в коем случае не был непререкаемым. То, что он через свою сестру был связан с династией Рюриковичей, можно было выдвинуть в качестве доказательства генеалогической непрерывности, тем не менее это убеждало не всех: вдовствующую царицу уговаривали самой принять корону — бояре присягали ей на верность, и некоторые распоряжения отдавались от ее имени — но Ирина ушла в монастырь и рекомендовала своего брата. Избранный царь не происходил из знатного рода, близкого к московской династии.