Царь Борис начал свое правление с щедрых милостей, присвоения чинов, наделения землей, подарков. Одновременно он требовал четко сформулированной клятвы в верноподданничестве. И то, и другое можно было истолковать как признак неуверенности, как поиск приверженцев и недоверие ко многим. Перед коронацией Борис произвел общую мобилизацию военных сил, которые сосредоточились в Серпухове, так как якобы существовала угроза нападения татар, но фактически избранный царь искал возможность выяснить настроение служилого дворянства и повлиять на него. Замысел удался: военная операция оказалась ненужной, а дворянство, очевидно, оценило то, что рабочая сила в лице крестьянства была гарантирована им законом. После своей коронации (9 марта 1598 г.) царь Борис почувствовал себя настолько уверенным, что смог основательно рассчитаться с прежними соперниками. Особенно пострадал род Романовых и его сторонники: их глава, Федор Никитич, был заточен в монастырь под именем инока Филарета, его жена также была пострижена как инокиня Марфа. Вельможам, принадлежавшим к родам Шуйских и Голицыных, были предоставлены посты далеко от Москвы. После перестановки кадров на высоких должностях новый царь мог рассчитывать на лояльность выдвиженцев; дьяки центральных приказов, как носители важных управленческих функций, были преданы новому государю.
Хотя после Ливонской войны, принесшей много жертв, и опричнины наметилось улучшение экономического положения страны, финансовая ситуация была все еще неудовлетворительной. Это можно было объяснить низкой эффективностью управления; его организация была неудачной, полномочия приказов многократно дублировались, регулярные налоги часто приходилось дополнять специальными пошлинами; наличных денег не хватало (в обращении были только серебряные копейки или их доли, рубль служил лишь расчетной единицей). То, что органы управления одновременно работали как судебные инстанции, соответствовало традиции, но, тем не менее, не способствовало надежности. Неопределенность отношений предоставляла достаточно возможностей для того, чтобы создавать себе преимущества путем «поминок» — скрытой формы взяток. В своем манифесте по случаю коронации царь Борис пообещал справедливое отношение ко всем подданным. Само собой напрашивалось «противоядие» — контроль за органами управления, но призывы сообщать о нарушениях создали и простор для доносов. Разумные попытки не давали гарантии получения соответствующих результатов; инерция привычного была так же сильна, как и скепсис по отношению к предписываемым нововведениям.
Критической оставалась и нехватка денег в государственной казне; было поручено доставить из-за границы благородный металл для чеканки монет. Налоги уплачивались большей частью продуктами, которые нужно было продавать на рынке. Естественно, напрашивалась мысль о развитии городов, как очагов торговли. Жителей городов можно было объединить в особую группу налогоплательщиков, которые больше не зависели от указаний различных органов управления. В этом контексте видны политико-экономические замыслы, которые позднее, в Уложении 1694 г., приобрели силу всеобщего закона (см. главу «Алексей Михайлович»). Развитию городов должны были послужить и иностранные ремесленники и инженеры: часть специалистов, насильственно переселенных из Ливонии в Москву во времена Ивана Грозного, осталась в столице и после того, как им разрешено было возвратиться на родину. Вновь прибывшие, среди них врачи и военные, находили восприимчивую общину. Одновременно с усилиями по вербовке иностранцев английским и любекским купцам давались обязательства предоставить широкие возможности для торговли во многих местах; вероятно, при этом предполагалось активизировать через них и политические связи. Московские партнеры по переговорам, как правило, рассматривали иностранных купцов и как представителей их правительств.
Царю Борису было известно, что даже в высоких административных инстанциях знания о политической и экономической обстановке за рубежом были ограниченными. Хотя в Кремле аккуратно записывали доступную информацию, но собственные взгляды отсутствовали. Можно предположить, что в высших московских кругах уверенность в собственной исключительности приводила к самодостаточности, кроме того, иерархи православной церкви постоянно предостерегали от пагубного влияния из-за границы. Посылая 18 показавшихся ему способными юношей для обучения в Англию и немецкие земли, царь, очевидно, преследовал этим не только цели образования в узком смысле, но и подготовку будущих слуг государства с более широким кругозором. Ожидания не оправдались — ни один из государственных стипендиатов не вернулся в Московию.