Уже 16 августа правительство смогло отклонить еще одно требование 4000 стрельцов о финансовой поддержке, а через четыре дня двор и высшее дворянство действительно отправились в летнюю резиденцию Коломенское, а затем в другие «потешные деревни». В этом не было ничего удивительного, но к новогодним праздникам, 1 сентября, цари должны были обязательно быть в Кремле, а этого не случилось. В результате за стрельца ми закрепилась дурная слава: они-де прогнали царей 2 сентября появилось анонимное письмо «одного стрельца и двух мещан», вероятно, состряпанное Милославским, содержавшее обвинение в том, что Хованский (который был к тому же потомком литовского великого князя Гедиминаса) хотел стать царем, женить своего сына Андрея на царской дочери, и оба планировали убийство царей, Софьи, Натальи, патриарха и многих других. Воз можно, Хованский действительно хотел взять власть свои руки, а после майской резни планы убийств также не были невероятными. Во всяком случае на основании этого широко обнародованного письма Софья смогла 17 сентября, в день своих именин, вместе с московским дворянством выдвинуть обвинение, в том числе и в государственной измене. Обвиняемых, отца и сына, выманили из Москвы другим подложным письмом и сразу же казнили без суда и следствия.
Софья, которая находилась в хорошо укрепленном Троице-Сергиевом монастыре, одновременно ловко высказывала доверие ошеломленным стрельцам. Правда, они еще раз занимали Кремль во главе со вторым сыном Хованского (Иваном), которому удалось избежать ареста, но уже 19 сентября попросили о прощении и обратились к патриарху за содействием. 8 октября регентша предъявила им ультиматум из восьми статей: они должны были отказаться от самоуправления и принятия самостоятельных решений и в конце месяца собственноручно срыть свой «столп». Когда 6 ноября правительство, наконец, вернулось в Москву, было восстановлено и название «стрельцы». Но теперь охрану Кремля взяли на себя дворянские полки, что в чисто организационном плане создало предпосылку для дворцовых переворотов 18 в. Большинство стрельцов были переведены на границу.
Софья блестяще справилась с обязанностями «государственного мужа» и спасла самодержавие. Последствия восстания, которое современники сравнивали со смутой в начале столетия, ей пришлось преодолевать еще до конца 1683 г. Но политическим фактором стрельцы отныне больше не были, их социальная деградация продолжалась. В 1685 г. от явки в суд освобождался каждый, кто был анонимно обвинен стрельцами. В 1689 г. стрельцы играли определенную роль в переходе власти к Петру (см. далее), но именно для него они были символом старой отсталой Москвы, с которой он покончил в 1698 г. (см. главу «Петр Великий»).
Теперь Софья могла править беспрепятственно. Оба царя нужны были только для праздников и приемов послов. После такого ужасного начала своего «царствования» Петр вместе с матерью и так предпочитал во второй половине 80-х годов жить за пределами Кремля. Софья вовсе не удаляла его от двора, что приписывали ей впоследствии. В начале 1684 г. Иван женился на Прасковье Салтыковой, которая родила ему пятерых дочерей. Одна из них в 18 в. стала императрицей (см. главу «Анна»), Иван, которого Петр всегда почитал как старшего брата и соправителя, умер 29 января 1696 г.
Конечно, семилетнее правление Софьи было слишком недолгим для больших дел, хотя в период еще более короткого царствования Федора было много реформ и реформаторских инициатив. Но Софья не была настолько свободна в своих решениях, она должна была в определенной степени считаться с Нарышкиными. В любом случае все возможности для того, чтобы стать реформатором имел ее основной соратник и, как считали некоторые историки, любовник, В. В. Голицын, который в последние годы правления Федора уже координировал реформы, а во время восстания был назначен главой Посольского приказа. Он продолжил внешнюю политику Ордина-Нащокина (см. главу «Алексей Михайлович») и разделял интерес Матвеева к Западу. О последнем свидетельствует его замечательная библиотека, состоявшая из 216 томов, и беседы, которые он вел с иностранцами на латыни. Неясно, были ли у него планы внутреннего развития государства. Если верить сообщениям польско-французского посланника де ла Невилля, то они касались таких радикальных проектов, как освобождение крестьян от власти помещиков и военной службы, возделывание пустынь, развитие образования, объявление религиозной терпимости и пр. Возможно, в действительности за этим крылось только лучшее использование дворянских и крестьянских ресурсов и план введения подушного налога на содержание армии.