В такой неспокойной обстановке произошло еще одно религиозное столкновение, правда, после религиозной дискуссии в Москве, на этот раз не со староверами Речь шла о борьбе между «латинским» и «греческим» направлениями, на фоне которой в искусстве и литературе того времени происходило плодотворное влияние украинской культуры на москвичей. Оба лагеря были основаны украинцами или выходцами из Западной России. Епифаний Славинецкий, развивавший греческо-ортодоксальное учение, и Симеон Полоцкий, чей западный образ мыслей допускал и «латинские отклонения». Их учениками в 80-е годы были монах Евфимий, сотрудник необразованного патриарха Иоакима, и,
Эти два авантюриста прибыли — как, впрочем, и Белободский — в Москву, чтобы преподавать в будущей академии, устав которой, разработанный еще Полоцким, Медведев представил Федору Алексеевичу незадолго до его смерти. После этого устав, в котором обнаруживались первые признаки влияния западного естественного права, по приказанию патриарха был переработан Евфимием таким образом, что латинское было заменено греческим, и учителя из Украины и Литвы остались не у дел. После дальнейших обсуждений латынь снова появилась в учебном плане, когда «Славяно-греко-латинская школа» (или «Эллино-славянская академия»), первая высшая школа в России, наконец, открылась в 1687 г. в помещениях Заиконоспасского монастыря. Благодаря объединению школ Богоявленского монастыря и типографии (где находился оплот «греков») — академия сначала насчитывала 28, в следующем году — 32, а в 1689 г. даже 182 ученика, изучавших — если были преподаватели наряду с языками (в том числе церковно-славянским) грамматику, поэтику, риторику, диалектику, физику и пр.
Лихуды, явившиеся с рекомендацией от иерусалимского патриарха, также помогли Евфимию в сочинении трактата против Медведева, а когда он после этого представил другую книгу («Книгу о Манне хлеба животного»), в 1688 г. сами написали направленное против него произведение. Медведев ответил еще одним трактатом «Известие истинное», но его все больше прижимали к стенке, поскольку Софья не хотела обрекать себя на упреки в том, что она допускает нападки на православие. Теологический спор стал достоянием общественности, и Софья опасалась нового раскола, тем более что многие староверы из-за неприязни к греческому влиянию симпатизировали «латинскому» направлению.
Кроме того, Софья не хотела, чтобы были перечеркнуты ее честолюбивые планы. С 1685 г. она участвовала в публичных церемониях. Таким правом, собственно говоря, обладали только цари. С середины 1686 г. она присвоила себе титул «самодержицы» и чеканила монеты со своим изображением, а несколько позже велела изобразить себя в царственной позе, и это был вообще первый реалистический женский портрет. Все это могло означать только то, что она добивалась коронации. Во всяком случае в середине 1687 г. она осведомилась у главы Стрелецкого приказа, преданного ей выходца из низов Ф. Л. Шакловитого, о возможности поддержки ее планов стрельцами. Очевидно, она не получила достаточных гарантий, поскольку стрельцы еще не отошли от шока 1682 г. Тем не менее, использование титула самодержицы (прежде лишь спорадическое, а теперь постоянное) связано с наибольшим триумфом ее регентства, а именно: подписанием Вечного мира в Москве 26 апреля (6 мая по н. с.) 1686 г.