Около 1818 года его постригли в схиму с тем же именем, и после этого он восхотел поработать Господу Богу один в пустыне, в безмолвии и, получив благословение от старцев скита, вселился в глухой пустыне между гор, в долине, в непроходимом лесу.
Отец Агапий учил, что одиночество – это зеркало души, человек, только оставшись один на один со своим внутренним мiром, может реально оценить состояние своей души и, соответственно, принять меры для его оздоровления. Но на келлии в одиночестве можно выстоять только при соблюдении трех условий: во-первых, подвижник должен всеми своими наблюдениями и заключениями немедленно делиться со своим духовным отцом; во-вторых, у него должен быть четкий распорядок дня – келейный устав, расписанный поминутно, который в точности он должен соблюдать; в-третьих, он должен неуклонно исполнять правило непрестанного богомыслия, т. е. беспрерывного памятования о Боге: если молится, то он должен молиться умно-сердечной молитвой, если не молится, то должен читать Священное Писание и другие богодухновенные книги. Если же подвижник в пустыне не молится и не читает, то хотя бы размышляет о Боге. А если ничего вышеназванного не хочется делать, то надо петь о Боге. Пение вслух – очень хорошее средство против уныния. А когда вернется молитвенный настрой, то вновь необходимо приступать к молитве. Ни минуты без Христа – вот главное делание отшельника. И если он сможет четко держаться вышеуказанных правил, то ему не страшны никакие бесовские ухищрения. Если же хоть одно из этих условий будет нарушено, то враг однозначно обхитрит его, и он или впадет в прелесть, или сойдет с ума.
Отец Агапий постоянно делился своими помыслами и наблюдениями со своим духовным отцом в Ильинском скиту, где он причащался каждое воскресенье и по праздничным дням. Во время одного такого посещения один послушник сказал ему:
– Отец Агапий, как хорошо тебе в пустыне, в одиночестве, тишине и спокойствии, не то что наша шумная, многосуетная жизнь в скиту!
На что отец Агапий ответил:
– Да, спокойно и тихо, пока душегубец не придет и не начнет душить, то тогда порой так страшно, что как будто кровь замерзает в жилах. Если бы не милость Бога, то пережить это было бы невозможно.
– А почему нам, киновитам, он не является так? – спросил вновь послушник.
– А потому, что враг смертельно боится братской молитвы, и если не будет ему особо попущено свыше, то он не может приблизиться к общежительным обителям, – ответил отец Агапий.
– А почему тогда ты не сбежишь со своей пустыни к нам? – доискивался любознательный послушник.
– Я там по воле Царя Небесного. И как ратник не может оставить место службы, указанное ему земным царем, так и мы, монахи – ратоборцы духа, не можем оставить то место, которое нам определил наш Господь – Царь Небесный, – ответил отец Агапий.
С праздностью отец Агапий боролся с помощью непрестанной Иисусовой молитвы и рукоделия, которым он зарабатывал себе на хлеб. Делал ложечки и в субботу носил их в Карею продавать. Но сначала ложки его никто не покупал, потому что были они сделаны не очень искусно. Один монах, родом грек, видя, что он не может продать своего рукоделья, из жалости купил у него несколько ложек, привел его в свою келью, дал ему пищи: хлеба, масла и круп, и велел ему приходить каждую субботу, и приносить ложки, и получать пищу. Отец Агапий ходил каждую субботу, приносил свои ложки и получал нужную пищу. Придя раз в келью своего доброжелателя, он увидел, что его ложки горят в огне. Он заплакал, а монах ему сказал: «Не плачь, мы покупаем твои ложки не для того, что они нам нужны, но потому, что тебе нечем пропитаться». Но вскоре иеродиакон научился делать ложки так, что они с успехом продавались на рынке в Карее.
В одно время, в Великий пост, он заболел и не имел никого, кто бы о нем позаботился, кроме Единого Бога. Пища вся закончилась, а он из пустыни выйти не может. Наступил праздник Святой Пасхи, а он в крайней нужде: нет ни хлеба, ни здоровья. На Афоне есть такой обычай, что вся братия и пустынножители сходятся праздновать праздник в большие монастыри и скиты или в богатые келлии. В Великую субботу они приходят в Карею и сговариваются, кто где будет праздновать.