Во исполнение этого же приказа, судам сенявинской эскадры, приписанным к Черноморскому флоту (пять кораблей, четыре фрегата, четыре корвета и четыре брига), а также 20 призовым судам под начальством капитан-командора И.О. Салтанова, велено было идти в Севастополь. Но ввиду того, что мир с Турцией не был заключен, а отношения с Англией разорваны, они должны были ждать в одном из итальянских портов, пока французский посол в Контстантинополе договорится с Турцией об их обратном проходе через проливы.
В течение июля – августа в соответствии с Тильзитским договором капитан-командор И.А. Баратынский передал французским властям ранее занятые русским флотом крепости Корфу, Кастельново, Будуа и Каттаро. Французские войска 7 августа начали прибывать в Корфу.
Эскадра И.А. Баратынского (линейные корабли «Москва», «Св. Петр», «Св. Парскева», фрегаты «Автроил», «Легкий», бриг «Летун») с войсками 14 августа вышла из Кастельново в Венецию. 23 августа она стала на якорь у острова Пирано, в Венецию послан бриг «Летун» за лоцманами. Так как англичане блокировали Венецию и не хотели пропускать русские корабли, эскадра перешла в Триест. Чтобы выяснить, как ему действовать дальше, И.А. Баратынский направил в Вену к послу А.Б. Куракину курьера.
Получив от А.Б. Куракина ответ – выполнять свою задачу, не считаясь с требованиями англичан, И.А. Баратынский 9 сентября перевел эскадру в Венецию, началась высадка войск. Транспорты и фрегат «Автроил» вошли в гавань, с остальных войска на берег переправлялись гребными судами. 13 сентября из Корфу пришел бриг «Бонасорте» с приказом Д.Н. Сенявина возвращаться. Оставив для конвоирования транспортов из Венеции фрегат «Легкий», Баратынский с тремя кораблями и бригом 16 сентября вышел в море. 19 сентября он прибыл в Корфу, однако, Д.Н. Сенявин со своей эскадрой уже ушел.
Так как не все корабли, находившиеся в Корфу, могли быстро исправить повреждения и ввиду позднего времени года, И.А. Баратынский оставил в Корфу поврежденные суда, а сам 2 октября с линейными кораблями «Москва» и «Петр» вышел с Корфу, намереваясь догнать эскадру Д.Н. Сенявина и далее следовать в ее составе. 9 октября корабли между островами Сицилия и Сардиния выдержали сильный шторм и 17 го зашли в порт Ферайо на острове Эльба. В начале 1808 г. корабли перешли в Тулон, разминувшись с английской эскадрой (в 5 милях). В Тулоне они соединились с французской эскадрой. В апреле был получен Высочайший указ о поступлении русских кораблей в распоряжение Наполеона. В Тулоне русские корабли простояли 22 месяца. В декабре Баратынский сдал команду капитану 1 го ранга Е.П. Гетцену и убыл в Россию.
В ноябре линейный корабль «Азия», бриг «Александр» и 13 транспортов доставили оставшиеся войска из Корфу в Анкону (Италия). 3 декабря корабль и бриг вернулись.
Сам Д.Н. Сенявин, получив 23 августа приказание Александра I, подписанное еще два месяца назад – 28 июня, оставить Архипелаг и, передав в соответствии с условиями Тильзитского мира область Бокка-ди-Каттаро и Ионические острова французам, возвращаться с флотом в Россию, 28 августа вышел с эскадрой из Архипелага на Корфу, куда прибыл 4 сентября. Здесь адмирал узнал, что передача Котора и островов уже состоялась, а эскадра И.А. Баратынского с войсками ушла в Венецию. Д.Н. Сенявин отправил к Венеции бриг «Бонасорте» с приказом И.А. Баратынскому возвращаться в Корфу.
В рескрипте от 28 июня 1807 г. Д.Н. Сенявину указывалось на необходимость держаться крайне осторожно с англичанами, так как отношения между Россией и Англией уже были весьма натянутыми.
Для кораблей, пришедших с Балтики, оставался только один путь возвращения на Родину – вокруг Европы. При этом следовало учитывать, что все крупные порты в Средиземном море и Атлантике контролировали англичане. При встрече с английской эскадрой, вероятно, пришлось бы вступить в сражение. Однако при переходе по Средиземному морю встречавшиеся английские корабли не проявляли враждебных действий. Возможно, они не знали о разрыве отношений или не решались вступать в бой.
Д.Н. Сенявин, оставив приказ И.А. Баратынскому возвращаться на Балтику самостоятельно, с 10 кораблями, двумя фрегатами и шлюпом 19 сентября 1807 г. отправился из Корфу в Балтику. 23 сентября во время сильного шторма был поврежден корабль «Уриил» – на нем треснула часть бимсов. После осмотра повреждений корабля Д.Н. Сенявиным, «Уриил» был отправлен назад в Корфу, где присоединился к эскадре капитан-командора И.О. Салтанова.
Эскадра капитан-командора И.О. Салтанова: линейные корабли «Параскева», «Азия», «Уриил», «Сед-эль-Бахр», фрегаты «Легкий», «Михаил», «Автроил», корветы «Диомид», «Дерзкий», «Херсон», «Днепр», бриги «Летун», «Феникс», «Александр», катер «Стрела» – 12 декабря 1807 г. вышла из Корфу. 28 декабря эскадра Салтанова – четыре линейных корабля, фрегат «Легкий» и корвет «Диомид» – прибыла в Триест, где стоял фрегат «Михаил».