Отделившийся от эскадры отряд под командованием капитан-лейтенанта К.Д. Сальти – фрегат «Автроил», корветы «Дерзкий», «Херсон», «Днепр», 3 брига и катер – 20 января 1808 г. вошел в Венецию.
В Корфу были оставлены старые суда под командованием капитана 1 го ранга Ф.П. Лелли – линейный корабль «Святой Михаил» и фрегат «Григорий Великия Армении».
Хлопоты французского правительства ни к чему не привели: несмотря на перемирие с Россией и возвращение острова Тенедос, Турция отказалась пропустить в Черное море наши черноморские суда, бывшие в составе флота Д.Н. Сенявина. Вероятно, и французы не очень старались решить вопрос возвращения русских судов в Черное море. Ведь оставшись в Средиземном море, они могли быть использованы в интересах Франции.
Согласно Тильзитскому договору, заключенному между Наполеоном I и Александром I, Россия присоединилась к континентальной блокаде, направленной против Англии.
Наполеон рассчитывал увеличить свои морские силы русскими кораблями. Несмотря на поражение в Трафальгарском сражении, Наполеон располагал еще значительными морскими силами. В Бресте, Лориане, Рошефоре, Виго, Кадиксе, Картахене, и Тулоне стояли 45 французских и испанских линейных кораблей, готовых к выходу в море. Сверх того, три французских линейных корабля находились в Вест-Индии и Америке.
Английское адмиралтейство считало, что, кроме того, Бонапарт мог надеяться на помощь девяти португальских кораблей, стоявших в Лиссабоне, и пяти русских в Средиземном море. Наполеон, стоявший на границе Шведской Померании, намеревался напасть на Герцогство Голштинское и взять в свое распоряжение 11 шведских и 16 датских кораблей. Наполеон, по мнению англичан, надеялся и на помощь 29 русских кораблей, стоявших в Кронштадте и Ревеле.
Итак, в Северном и Балтийском морях было бы до 60 французских, голландских и русских линейных кораблей, готовых к услугам завоевателя. Если бы план Наполеона удался даже вполовину, то 30 кораблей с достаточным числом транспортов могли бы перевезти армию в Ирландию. При 60 кораблях Наполеон мог быть уверен в осуществлении давних замыслов покорить Англию.
Поэтому Наполеон лично добавил в Тильзитский договор новый пункт: «Согласно воле императора Александра русская эскадра должна идти в Кадикс, где французский адмирал снабдит ее всем необходимым и не будет задерживать более, чем на три дня. Далее она следует в Копенгаген; если же по пути случится нечто непредвиденное или она в чем-то будет испытывать нужду, она может зайти в Рошфор или Брест: Морской министр Франции получил указание снабдить русскую эскадру, если она зайдет в один из этих портов, всем, что ей потребуется, и не задерживать более, чем два или три дня.
Русские корабли, которые не смогут идти вместе с эскадрой, останутся в Кадиксе или проследуют в Тулон, где им будет дан ремонт; распоряжения на этот счет отданы.
Корабли Черноморского флота остаются в Корфу, либо, если таково будет желание командира эскадры, могут отправиться в Венецию или Неаполь. Там им надлежит ожидать известий от французского посланника в Константинополе, который даст знать, возможен ли для них проход в Черное море».
Совершенно очевидно, что Наполеон задумал создать мощную военно-морскую группировку в Дании, которая была связана с Францией союзническими отношениями. Следуя этим соглашениям, Александр повелел Д.Н. Сенявину выполнять все распоряжения Наполеона.
Сближение России с Францией после Тильзитского мира отдалило ее от Англии. Обострение англо-русских отношений перешло в открытую вражду после нападения англичан на союзную России Данию. 2 сентября 1807 г. английская эскадра под командованием адмирала Д. Гамбье (25 линейных кораблей, 40 фрегатов и более мелких судов, 377 транспортов с 27 000 войск) без объявления войны совершила нападение на Копенгаген. 5 сентября город был занят англичанами. После этого они увели весь датский военный флот.
Когда адмирал Д. Гамбье покинул Зунд, русское правительство порвало дипломатические отношения с Англией, а 7 ноября 1807 г. объявило последней войну. Английское правительство ответило декларацией 18 декабря и приказало захватить все русские суда в английских портах.
После подписания Высочайшего указа о разрыве отношений с Англией император Александр повелел немедленно списать с кораблей всех офицеров по происхождению из англичан и отправить их на жительство во внутренние города России. Однако на этот раз (в отличие от 1800 г.) англичанам разрешили самостоятельно выбрать место жительства.
Путь в ссылку офицеров, служивших на эскадре Д.Н. Сенявина, был сложным и долгим. Эскадра стояла в Лиссабоне, блокированная английским флотом, когда в январе 1808 г. Д.Н. Сенявин получил распоряжение уволить находившихся на эскадре англичан и отправить их в Россию «берегом».