Единственным выходом из такого затруднительного положения было вступить с английским адмиралом в переговоры и заключить с ним, по возможности, выгодное для себя соглашение.
Д.Н. Сенявин начал переговоры с Ч. Коттоном, заявив при этом, что готов сражаться в случае, если бы русские условия не были приняты. Своим личным обаянием, европейской славой своего имени русский адмирал добился заключения договора на следующих условиях:
а) наша эскадра вместе с английской отправляется в Англию, где содержится «под сохранением Его Британского Величества» на все время войны, и возвращается России «в том же точно состоянии», в каком она находится в Лиссабоне через шесть месяцев по заключению мира;
б) Сенявин и весь личный состав эскадры без всяких условий возвращаются в Россию на военных кораблях «или на других приличных судах» на счет английского короля;
в) русские флаги на кораблях не спускаются, пока адмирал и командиры с должными почестями не оставляют своих судов.
Таким образом, ни один человек с эскадры не попал в плен; ни одного судна, ни одного ружья, не говоря уже о флагах, не досталось Англии в качестве трофеев.
Согласие адмирала Ч. Коттона на эти условия объяснялось им вниманием к многолетним дружеским отношениям России к Англии и благородными поступками начальника русской эскадры в Лиссабоне. Но истинной причиной была выгода самой Англии, дальновидные правители которой предвидели непрочность союза России с Францией и находили для самой Англии более полезным, временно отстранив эскадру Сенявина от боевой деятельности, сохранить в целости для недалекого будущего корабли своего вероятного союзника. Кроме того, правительство Англии и адмирал Ч. Коттон ясно понимали, что нападение на русскую эскадру дорого обошлось бы и самим англичанам.
Лиссабонский договор был подписан 23 августа, а 31 го эскадра Д.Н. Сенявина в составе семи кораблей и фрегата вышла из Лиссабона, ее сопровождала английская эскадра контр-адмирала Чарлза Тайлера (семь кораблей, два фрегата и бриг). Корабли «Ярослав» и «Рафаил», признанные по ветхости неспособными к выходу в море, были оставлены в Лиссабоне и разоружены. Их экипажи перешли на другие корабли, на «Ярославе» и «Рафаиле» были оставлены 30 человек.
26 сентября 1808 г. русская эскадра с поднятыми флагами вошла на Портсмутский рейд. Английское правительство потребовало немедленного съезда с кораблей адмирала, командиров и команд и спуска военных флагов. Но Д.Н. Сенявин отвечал: «
Благодаря твердости, проявленной вице-адмиралом Д.Н. Сенявиным, Андреевские флаги и гюйсы были спущены только через три дня – 29 сентября, как обычно по пробитии зори, а адмиральский флаг и вымпелы ночью, как при окончании кампании. В феврале 1809 г. в Портсмут прибыли офицеры и матросы с «Ярослава» и «Рафаила», оставленные для их сдачи. 5 августа команды кораблей эскадры Сенявина, размещенные на 21 транспорте, покинули Портсмут и 9 сентября прибыли в Ригу. Для Сенявина и его штаба был предоставлен фрегат «Чампион».
Русские корабли простояли в Портсмуте до 1813 г. Из всех кораблей вернулись в 1813 г. в Россию только два корабля: «Мощный» и «Сильный», которые привезли с собой все орудия и снаряды. За остальные семь линейных кораблей и фрегат, пришедшие в ветхость, Англия заплатила как за новые.
Шлюп «Шпицберген» (капитан-лейтенант А.Р. Качалов) еще 27 сентября 1807 г. во время шторма отстал от эскадры Д.Н. Сенявина и далее следовал самостоятельно. С 2 по 6 ноября он зашел в Гибралтар и направился далее в Атлантический океан. 10 ноября у мыса Сан-Винсент шлюп встретил фрегат «Венус», шедший из Лиссабона в Средиземное море.
15 ноября шлюп подошел к устью реки Тахо, но английские корабли не пропустили его в Лиссабон, где стояла эскадра Д.Н. Сенявина. «Шпицберген» направился на север. Во время шторма он был сильно поврежден и 25 ноября 1807 г. зашел в испанский порт Виго, а затем далее в залив к местечку Портелла. Здесь «Шпицберген» простоял до 1812 г. и почти полностью сгнил. За время пребывания шлюпа в Портелла командир его А.Р. Качалов был произведен в капитаны 2 го (январь 1808 г.), а затем и 1 го ранга (март 1810 г.). 21 июня 1812 г. было получено повеление о возвращении в Россию. Но «Шпицберген» уже не мог совершить такой длинный переход, и 5 июля 1812 г. шлюп был продан в Виго на аукционе за 10 000 испанских талеров, а 16 июля экипаж на купеческих судах отправился в Россию.