Главное управление Геперального штаба — важнейший орган Военного министерства, его мозг. Его основными задачами были: разработка предложений по подготовке страны и сухопутных войск к войпе; организация стратегической разведки и воепной контрразведки; составление планов стратегического развертывания армии и операций первой кампании войны; руководство службой и научпой работой офицеров Генерального штаба; организация и служба войск; развитие и совершенствование всех отраслей военного дела и внедрение достижений науки в войска; организация съемочных и картографических работ; руководство железнодорожной службой; организация связи и перевозок войск и военных грузов. Оно включало в себя отделы: генерал-квартир мейстера, по устройству и службе войск, мобилизационный, военных сообщений и топографический. Непосредственно начальнику Генерального штаба подчинялись Академия Генерального штаба в Военно-топографическое училище. В его ведении находился институт офицеров Генерального штаба, несших службу в штабах военных округов, корпусов, дивизий, бригад и крепостей. В своей совокупности все это и составляло русский Генеральный штаб.
Опыт войны с Японией вскрыл слабую подготовку командного состава армии, особенно в ее высшем звепе. Чтобы обеспечить выдвижение к руководству войсками более способных кадров, приказом по военному ведомству № 216 от 7 апреля 1906 г. учреждалась Высшая аттестационная комиссия. В Положении о пей было сказано, что на нее «возлагается всестороннее рассмотрение аттестаций на генеральских чинов армии, выяснение степени их пригодности к службе и представление достойных к зачислению в кандидаты на должности: командующих войсками в округах, их помощников, командиров корпусов, комендантов крепостей, начальников дивизий и отдельных бригад» 103
. Первоначально комиссия подчинялась непосредственно царю, а с 1909 г. была передана в ведение военного министра. До ее создания (в августе 1905 г.) при Совете государственной обороны действовало Высшее аттестационное совещание.Образование Высшей аттестационной комиссии способствовало некоторому укреплению военных кадров. После русско-японской войны, в период с апреля 1906 г. по июль 1908 г., из армии было уволено 4807 человек, в том числе генералов — 337, полковников— 711, подполковников— 1206, капитанов и других офицеров — 2053. Но в условиях буржуазно-помещичьего строя успешно решить проблему офицерских кадров оказалось невозможно. Корень зла лежал в самой системе прохождения службы, при которой всякому, если только у него имелась надлежащая протекция, предоставлялось право занимать должности в любом ведомстве независимо от уровня его подготовки.
19 декабря 1909 г. (1 января 1910 г.) начало работу совещание по реорганизации Военного министерства под председательством генерала Забелина. В результате проведенных мероприятий к началу первой мировой войны определилась следующая структура Военного министерства. Основными его органами были: 1) Военный совет; 2) Главный военный суд; 3) Канцелярия военного министра; 4) Главное управление Генерального штаба; 5) Главный штаб; 6) главные управления: интендантское, артиллерийское, военно-техническое, военно-санитарное, военно-учебных заведений, по квартирному довольствию войск, военно-судное; 7) управления: геперал-инспектора кавалерии, генерал-инспектора артиллерии, генерал-инспектора по инженерной части, инспектора стрелковой части в войсках, ветеринарное, по ремонтированию армии, военного и морского духовенства104
.Мероприятия в области изменения структуры высших органов военного управления накануне первой мировой войны постепенно приводили к повышению роли Военного министерства. Чтобы облегчить работу его руководителя, 14 (27) апреля 1906 г. было признано необходимым учредить должность помощника военного мипистра. На его обязанности лежало авторитетное по мере необходимости замещение военного мипистра в высших воеппых учреждениях, а также ближайшее руководство разработкой вопросов особой важности. На этот пост был выдвинут А. А. Поливанов. В целом сама организация высших органов военного руководства была довольно стройной. Однако бюрократизм, характерный для государственного строя самодержавной России, накладывал свой отпечаток и па деятельность воепного ведомства.
Русский военно-морской флот находился в ведении Морского министерства. Оно, как и Военное министерство, было создано в 1802 г. и заменило собой Адмиралтейств-коллегию, учрежденную Петром I в 1717 г. Первоначально (до 1812 г.) оно имеповалось Министерством морских сил. Во главе флота и всего морского ведомства находился генерал-адмирал. Непосредственно делами Морского министерства ведал управляющий. В 1905 г. должпость генерал-адмирала была упразднена и главпым начальником флота в мирпое время стал морской мипистр. Накануне первой мировой войпы было утверждено Положение об управлении морским ведомством, определившее структуру Морского министерства, которая действовала на протяжении всей войпы вплоть до Октябрьской революции.