С вступлением на престол императора Павла (6 ноября 1796 года) судьба Тургенева резко изменяется: 11 ноября 1796 года ему разрешен въезд в столицы. 15-го того же месяца он получил чин действительного статского советника и назначен директором Московского университета (1797–1803). 25 декабря 1796 года Иван Петрович со всей семьей приехал в Москву[221]
. Теперь наступил для него блестящий и лучший период его жизни. Из бригадиров он переименован в статские советники и поселился в университете. Под его председательством находилась канцелярия (из пяти лиц), которая ведала всю хозяйственную часть университета. По отзыву Третьякова, чиновника этой канцелярии, Тургенев был «начальник добрый, честный и справедливый». Ему же была подчинена, конечно, и учебная часть: выбор преподавателей, профессоров и общее направление преподавания. Есть полное основание думать, что Тургенев старался придать университету тот «мартинистский» дух, которым отличались в своей деятельности Новиковский кружок и «Дружеское ученое общество». Так, в университетском благородном пансионе питомцы каждое утро, после молитвы, обязательно читали духовные песни и благочестивые размышления Штурма.Тургенев способствовал также обновлению университета приглашением нескольких немецких профессоров из Германии, например: Шлёцер, Буле, Грельман и другие. В его доме профессора находили самый радушный прием. Он также посылал многих молодых людей за границу для довершения своего образования. Так, были посланы в 1802 году Воинов, Двигубский, А. С. Кайсаров, Успенский и немного раньше М. И. Мудров. М. И. Невзоров, близко знавший Тургенева, называет его «добрым другом юношества» и говорит, что он многим молодым людям оказал благодеяния, открывая возможные способы к учению, ободряя, награждая и даже по выходе из училищ снискивая разные пути к должностям и благосостоянию жизни. Не без основания Тихонравов называет Тургенева «добрым и самым благонамеренным пестуном Московского университета». Узнав слухи о предстоящей отставке Тургенева, молодой профессор Мерзляков почти с отчаянием сообщает об этом своим друзьям в Гёттинген.
Как директор, Тургенев был подчинен трем кураторам, и у него с ними были нередкие ссоры, особенно с Голенищевым-Кутузовым, по-видимому, из-за того, что последний хотел поставить университет по-военному, а университетский благородный пансион превратить в кадетский корпус. Кажется, кураторы и оклеветали Тургенева перед высшей властью, так что когда образовано было Министерство народного просвещения, то министр граф Завадовский отнесся к Тургеневу недоброжелательно, будучи недоволен им за какой-то «кабинет польский» и за медленную постройку шкафов, вследствие чего пострадали препараты. Потом (с 1802 года) пошли слухи о коренном преобразовании университета, и положение Тургенева сильно пошатнулось. Почувствовав это, он пишет в Петербург Лопухину и просит его ходатайствовать за него перед министром Завадовским и перед Державиным. Когда же преобразование университета началось и вместо кураторов назначен был попечителем Муравьев, друг и товарищ Тургенева по университету, а должность директора заменена избираемым ректором, Тургенев стал хлопотать или о назначении его сенатором, или же о сохранении в виде пенсии получаемого им жалованья (1875 рублей в год). Он пишет об этом и к Лопухину, и к Н. Н. Новосильцеву, и к Державину. В конце концов за ним сохранили получаемое им жалованье и, кроме того, дали ему чин тайного советника, но ему пришлось пробыть целый 1803 год в неопределенном положении и быть свидетелем коренной ломки университетских порядков. В отставку он вышел 21 ноября 1803 года. К огорчению по службе присоединилось и страшное горе, постигшее его 8 июля 1803 года, именно смерть его старшего сына Андрея, его любимца, друга и почти что товарища. Так что, когда он расстался с университетом и переехал в собственный дом на Маросейке, то здоровье его было уже подорвано. Отсюда начинается последний период его жизни, так сказать, постепенное увядание. Ему был 51 год, но здоровье его оказалось настолько непрочным, что в 1804 году он опасно заболел. По-видимому, вследствие тучности он был наклонен к апоплексии, и хотя выздоровел, но в 1805 и 1806 годах, по совету врачей, ему пришлось пользоваться в Липецке минеральными водами. Ему стало легче, он мог ходить, но речь у него настолько пострадала, что трудно было с ним вести беседу (см. письма Дмитриева и Жуковского к А. И. Тургеневу 1805–1806 гг.). В конце же этого (1806) года он, по свидетельству Жуковского, был очень слаб и собирался ехать в Петербург лечиться к тамошним медикам. Действительно, 25 января 1807 года он выехал из Москвы со всей семьей и, приехав в Петербург, лечился у лейб-медика Франка, впрочем безуспешно, и 28 февраля скончался, очевидно внезапно, от последнего удара апоплексии. Он похоронен в Александро-Невской лавре, на Лазаревском кладбище, рядом с любимым сыном.