Даже Бернини, чей успех был постоянным, порой сталкивался с унижениями. Например, особенно тяжкое спровоцировала идея папы Урбана возвести две колокольни по краям фасада собора Святого Петра. Распоряжением папы в 1637 году этот проект был поручен Бернини. Попытки такого архитектурного дополнения уже предпринимались в прошлом, но тогда было решено отложить эту затею по причине проблем с "песчаной" почвой и непрочностью фундамента. Самого Мадерно подвергли критике за то, что он "удлинил" базилику, в результате чего купол был виден со стороны площади лишь частично (как и сегодня). Несмотря на это, папа потребовал построить обе колокольни, чтобы усилить величественность облика всей конструкции.
Бернини принял предложение, спроектировал две большие трехэтажные башни совокупной стоимостью в семьдесят тысяч скудо, — гигантская цифра по сравнению со сметой Мадерно, которая была в два раза меньше. Прежде чем приступить к выполнению замысла, он подстраховался, собрав авторитетные отзывы специалистов, в частности двух опытных "бригадиров" из Конгрегации священной фабрики Святого Петра. По общему согласию пришли к выводу о достаточной надежности фундамента и его способности выдержать давление новых конструкций. Филиппо Бальдинуччи сообщает: "Отчего осмотрительный мастер мог на этом месте взяться за дело с полной уверенностью".
Но это было не так. Бернини сохранил опоры фундамента, уже построенные Мадерно, с мыслью реализовать на их основе собственный проект, как обычно, тщательно разработанный. В конце июня 1641 года папа лично прибыл к собору, чтобы проинспектировать ход работ. Увиденное ему не слишком понравилось, хотя бы из-за возникших на фасаде трещин и разломов. Публично высказав свои замечания и недовольство архитектору, он повелел в сжатые сроки снести построенное. Бернини воспринял унижение столь остро, что, как говорили, даже заболел. А вот понтифик, скончавшийся в июле 1644 года, оставил казну государства в катастрофическом состоянии, как из-за непомерных трат на базилику, так и в связи с расходами на войну, которую вел с династией Фарнезе за обладание герцогством Кастро.
Между 1646 и 1649 годами Борромини трудится над реставрацией почтенной базилики Сан-Джованни-ин-Латерано, mater et caput (матери и главы) всех церквей мира. Степень ее ветхости была такова, что, едва к ней притронулись, она осыпалась целиком, и пришлось все переделывать снизу доверху. Причем требовалось разобраться с этим в спешке, учитывая приближавшийся Святой год (1650). Но во время проведения работ произошла трагедия: в декабре 1649 года, за несколько дней до торжественного открытия базилики, был найден мертвым юный служка по имени Марко Антонио Буссони, на теле которого имелись недвусмысленные следы побоев.
Началось расследование, активность которого подкреплялась полученным органами юстиции анонимным письмом, в котором выдвигалось требование непременно раскрыть предумышленное убийство. Следствию удалось разрешить загадку. Буссони был пойман с поличным, когда занимался порчей мраморной облицовки базилики, "выламывая кромку и угловые выступы". Проинформированный об этом Борромини повелел рабочим наказать его. Был ли это опрометчивый приказ? Или приказ был сформулирован недостаточно ясно? Или рабочие перегнули палку? Факт остается фактом: этот несчастный скончался от полученных ударов и тумаков, а его брат
Джузеппе обвинил Борромини в убийстве; публичность акта влекла за собой превентивное тюремное заключение подозреваемого. Это была обида, которую архитектор снести не мог. Чтобы избежать позора, он направил ходатайство понтифику, попросив его разобраться в деле и вынести вердикт в качестве последней инстанции, аннулируя тем самым любые иные. Борромини напомнил о своих заслугах в реставрации базилики, о своей неопровержимой нравственности, а также о том, что Буссони застали за совершением преступления: повреждение храма считалось святотатством.
Папская оценка случившегося по смыслу соответствовала ожиданиям архитектора, хотя юридически приговор был противоречивым: Борромини ех speciali gratia (по особой милости) был оправдан, а обвинения были сняты, однако при этом его сослали на три года в Орвието. В дальнейшем благодаря вмешательству Вирджилио Спада срок ссылки был существенно сокращен. Через два года, в 1652-м, папа на публичной церемонии в соборе Святого Петра даровал Борромини крест ордена Христа и право именоваться кавалером.
По меньшей мере пару раз двое заклятых соперников трудились вместе или хотя бы напротив друг друга. Первый случай имел место при сооружении балдахина Святого Петра, одного из шедевров Бернини, в процессе чего сотрудничество с Борромини было длительным. Во время выполнения этого заказа Бернини было двадцать шесть лет, но он уже так хорошо осознавал ценность своего таланта, что за это произведение выставил счет в двести тысяч скудо. Тут следует вспомнить, что Борромини подписал свой первый профессиональный контракт только в тридцать пять лет.