И.Е. Забелин до конца жизни занимал должность товарища председателя, то есть был практическим руководителем Исторического музея; он и жил в самом здании музея вместе с дочерью Марией, посвятившей всю жизнь одинокому отцу. Его квартира находилась в цокольном этаже музея со стороны Исторического проезда. Здесь он и скончался 31 декабря 1908 г.
После него во главе музея стал князь Николай Щербатов, до того работавший в музее и снискавший уважение его сотрудников. Бывший моряк, он заинтересовался историей, полюбил музей. По воспоминаниям, несколько сотрудников предложили ему возглавить музей. Он согласился, сказав: «Господа, мы много лет служили вместе, жили дружно, работали по указанию Ивана Егоровича. Если меня назначат на его место, то я не изменюсь, буду тем же любящим музей и вас всех, каким был до сих пор, и надеюсь, что при вашей помощи музей будет расти на пользу родины, так, как хотел Иван Егорович».
При Щербатове продолжались освоение залов музея, научная работа и показ выставок, на месте аудитории были устроены новый читальный зал и несколько отделов.
В советское время фонды музея многократно увеличились за счет отнятых у старых владельцев собраний, передачи конфискованных коллекций, реорганизаций других музеев (так, было закрыто общество «Старая Москва», имевшее прекрасное собрание ценных материалов по истории и быту Москвы), да и за счет, можно сказать, присвоения вещей, отданных владельцами в музей на хранение. Сообщается, что только в ноябре – декабре 1921 г., согласно секретному письму Наркомпроса, вскрыли около 4 тысяч тюков, ящиков, сундуков с частными коллекциями, которые в основном раздали в разные советские учреждения, и тогда, конечно, многое пропало и было похищено.
В советское время музей подвергся преобразованиям, и даже название его менялось в зависимости от отношения к прошлому России: к примеру, в 1930 г. его назвали Музеем истории развития общественных форм. Проходили чистки сотрудников: увольняли известных ученых, уникальных специалистов – так, «вычистили» археолога В.А. Городцова, историков члена-корреспондента Академии наук Ю.П. Готье, И.М. Тарабрина, Е.Е. Якушкина (правнука декабриста), филолога академика М.Н. Сперанского и многих других. Тогда же закрыли и репрессировали многих членов общества «Старая Москва». В 1930-х гг. вульгаризаторский подход к русской истории правители решили отменить и более тонко приспособить историю к своей пропаганде. В связи с этим Исторический музей подвергся очередной модернизации. Кардинально были изменены интерьеры музея: тогда на сводах сеней забелили «Родословное древо Государей Российских» (часть росписей при этом была утрачена), оттуда же убрали бронзовых львов и доску с надписью об основании музея, а во многих залах уничтожили замечательную декоративную отделку.
Но, несмотря на все преследования, отсутствие свободного научного творчества, сотрудники Исторического музея хранили и описывали коллекции, отправлялись в экспедиции, делали прекрасные выставки; правда, в обстановке политизации исторической науки, превращенной в служанку правящих кругов, им приходилось работать и над такими темами, как, скажем, «Славный путь ленинского комсомола», и делать постоянную экспозицию «Советский народ в период развернутого строительства коммунизма».
В сентябре 1997 г. после долгого ремонта, начатого еще в 1986 г., открыли наконец-то музей, вернее, только первые его 13 залов, а также отделали заново служебные помещения при новом входе со стороны Воскресенских ворот, а 17 декабря 2001 г. открылись уже все залы музея. На верхушках башен засияли двуглавые орлы, снятые в 1935 г. к 18-й годовщине Октябрьского переворота.
У нынешнего входа (со стороны Исторического проезда) в небольшом зале можно видеть несколько памятных досок, на которых помещены барельефы и начертаны имена основателей и строителей – А.С. Уварова, И.Е. Забелина, В.О. Шервуда, А.А. Семенова, а также дарителей и меценатов. Отсюда можно пройти в музейные сени к настоящему входу в музей, который и был единственным главным входом в музей, и таким задумывался; он теперь прочно закрыт «в целях безопасности» и будет закрыт до тех пор, пока неразумные власти не откроют его… Вход оформлен резным деревянным шатром по образцу царского места в Успенском соборе.
Залам Исторического музея возвращен вид, который они имели при его открытии. В сенях после нескольких десятков лет забвения посетители могут увидеть «Родословное древо Государей Российских» с 68 их портретами, написанное по образцу фрески Новоспасского монастыря. У корня дерева стоят Владимир и Ольга, поливающие его из алавастров (сосуды, где хранилось миро), а заканчивается оно Александром III и его супругой Марией Федоровной, при которых и был открыт музей. Росписи исполнены художником Ф.Г. Тороповым с артелью. На боковых сводах – гербы тех частей Российской империи, что перечислены в императорском титуле. И стены и столбы сеней украшены пестрым «травным» орнаментом, рисунок которого заимствован с росписи царского места в новгородском Софийском соборе.