Из главных сеней Исторического музея можно пройти на выставку шедевров музейной коллекции, которая находится в зале, выстроенном по образцу византийского храма и представляющем уменьшенную копию храма Святой Софии в Константинополе. В центре арки двери видны старославянские буквы, которыми обозначен год открытия музея – 7391-й от «сотворения мира», то есть 1883 г. по современному летосчислению. Дверь украшена наличником по образцу двери церкви Святого Никиты за Яузой и покрыта железными прорезными украшениями в подражание дверям Благовещенского собора в городе Гороховце, а дверной замок скопирован с древнего замка из собрания графа А.С. Уварова.
Пол зала набран мраморной мозаикой, копирующей мозаику катакомбы Святой Елены в Риме; в куполе изображен Орфей (в греческой мифологии певец, сын музы поэзии Каллиопы, очаровывавший богов и людей и укрощавший дикие силы природы), рядом с ним – сцены из библейского рассказа о пророке Ионе (его бросили в море, чтобы утихомирить бурю, его проглотил и извергнул на сушу кит), а в простенках изображения, связанные с библейскими легендами (Ной в ковчеге, воскрешение Лазаря, Давид с пращой и др.). Оригиналы этих изображений находятся в древнеримских катакомбах, а другие росписи (в парусах сводов, над окнами, над входом) заимствованы со знаменитых мозаик итальянского города Равенны, прекрасных образцов византийского искусства.
В следующем зале справа и слева от входа стоят колонны коринфского стиля, скопированные с колонн Пантикапея, древнего города на горе Митридат в Керчи, а над противоположной аркой помещена картина И.К. Айвазовского, изображающая Керченский пролив. Следующий зал был посвящен Крыму и Кавказу и соответственно декорирован – по мотивам древнеармянских и грузинских построек, а также византийских. Так, например, орнаменты дверей, ведущих из предыдущего зала, заимствованы из Кутаисского собора, а окно напротив – из церкви Пантократора в Константинополе, потолок же повторяет потолок церкви Монреале в Палермо, мозаика пола – пол церкви Спасителя в Константинополе.
Из главных сеней музея две лестницы через боковые ходы ведут в экспозиционные залы. Налево – в холл, где можно подняться в залы на верхнем этаже, в которых устраиваются выставки, а направо – в залы, где начинается рассказ об истории народов, живших на территории России. В угловой круглой зале находятся фрески В.М. Васнецова, изображающие быт людей каменного века: у входа в пещеру сидят женщины, занятые домашними работами, рядом мужчины делают орудия из камня, лепят горшки, вырезают узоры на костях. На другой стене показаны охота на мамонта и пиршество после нее. Зал украшен характерным для этого периода орнаментом, встречающимся на глиняной посуде.
Следующие музейные залы также оформлены орнаментами и рисунками, соответствующими экспонируемым предметам. Так, зал № 5 декорирован в традициях скифского «звериного стиля»; в зале № 6, отделанном по образцу керченских гробниц, можно видеть надпись на греческом языке: «Анфестерий, сын Ингисиппа, который и приобрел», означающую, что гробница эта (открыта при раскопках в 1877 г.) была построена еще при жизни некоего Анфестерия. Справа от надписи на стене изображены сцены из его жизни: палатка с людьми, рядом женщина и дети, а также всадник, в котором можно узнать самого Анфестерия. Над проходом в зал № 5 – сцены из жизни скифов, скопированные со знаменитой чертомлыцкой серебряной вазы, найденной И.Е. Забелиным.
Пол зала № 7 повторяет рисунок мозаичных узоров архиерейского места в алтаре киевского Софийского собора, а в рисунке пола в зале № 8 использованы орнаменты древнейших русских рукописей – у входа и правой стены из Изборника 1073 г., а у окон – из Остромирова Евангелия 1057 г. В этом же зале находятся написанные по заказу музея две картины Г.И. Семирадского – «Похороны руса в Болгарах Камских» и «Ночные жертвоприношения» по описаниям путешественника 921 г. Ибн-Фадлана и историка IX в. Льва Диакона. Обычно великолепные картины Семирадского, очень популярного художника в XIX в., выдержаны в радостном, так высоко оцененном Репиным светлом колорите, но произведения, хранящиеся в музее, напротив, очень мрачны. Из этого зала можно пройти в новые музейные помещения над Воскресенскими воротами.
Далее в зале № 9 можно видеть копию западных врат новгородского Софийского собора, которые по праву помещены здесь, в Новгородском зале. На сводах находятся копии фресок церкви Спаса на Нередице, которые были сделаны в 1880-х гг. Их ценность особенно возросла после гибели оригиналов во время войны в 1942 г. Над выходом в следующий зал помещена монументальная роспись «Битва суздальцев с новгородцами».