А в октябре 1905 года Букейханов стал одним из организаторов и руководителей Акмолинского областного и Омского городского комитетов «Партии народной свободы», иначе — Конституционно-демократической партии (партии кадетов). Партия была новой, но за короткий срок стала самой крупной и популярной в России оппозиционной организацией. Букейханов посчитал, что программные цели и задачи кадетов отвечают чаяниям казахов. Кадеты требовали обеспечить: «неприкосновенность личности, равенство всех граждан — без различия национальности, вероисповеданий, сословий и пола, и свобод; введение всеобщего, равного, прямого и тайного избирательного права, без различия пола, как в народном представительстве, так и в местном самоуправлении; законодательное разрешение земельной реформы и удовлетворение справедливых национальных требований».
К прежней ханской власти с родовой структурой управления возврата не было — это Букейханов прекрасно понимал. Но был убежден, что казахи способны участвовать в государственном управлении. Предтечей казахской автономии он уверенно считал появление Каркаралинской петиции. О ней Алихан написал в очерке «Выборы в Степном крае», опубликовав поистине революционные требования петиции в омской газете «Иртыш», которую редактировал сам.
Поэтому неудивительно, что немного позже, 8 января 1906 года, когда Шакарим уже совершал хадж, Алихан Букейханов был взят под стражу на пути из Павлодара в Семипалатинск, где должен был принять участие в мероприятии партии кадетов. Его поместили в павлодарскую тюрьму. У него была изъята в числе прочих бумаг рукопись многострадального сборника стихов Абая. Официально Букейханов был задержан «как руководитель киргизского политического движения».
В государственном архиве Омской области сохранился следующий рапорт:
Не дождавшись скорого освобождения, Букейханов телеграфировал министру юстиции: «Без постановления следственной власти, без предъявления какого-нибудь обвинения сижу сорок дней в павлодарской тюрьме, администрация действует вне 23 и 8 статей правила военного положения и 70 статьи уголовного судопроизводства. Требую суда или освобождения. Член ноябрьского московского земского съезда гражданин Букейханов».
Алихан вспоминал впоследствии:
Его выпустили в конце мая уже после возвращения Шакарима из хаджа. Полицейские вернули рукопись стихов Абая. Угроза потерять коллективный труд миновала.
Алихан немедленно телеграфировал Какитаю, чтобы тот выезжал в Омск. И Какитай совершил еще одну поездку, которая обратилась в долгие разъезды по городам и весям необъятной России.