Сильно разгневался на Антония и великий князь Изяслав, узнав о пострижении своего любимого слуги. Он приказал взять блаженного Никона, совершившего пострижение, и угрожал отправить его вместе с Антонием и остальной братиею в заточение, а самые пещеры раскопать. «Делай что хочешь, – отвечал преподобный Никон, – а я не могу отнимать воинов у Царя Небесного». Видя такой гнев князя, Антоний решил оставить пещеры и вовсе уйти с братией в другую страну. Однако, узнав о намерении преподобного, супруга Изяслава, полька по рождению, стала умолять князя, чтобы он своим гневом не изгнал таких подвижников из страны, и при этом рассказала про бедствие, постигшее Польшу, когда Болеслав поступил там подобным же образом. Ей удалось утишить гнев Изяслава, и он послал просить Антония возвратиться на старое место. Послы князя еле нашли Антония на третий день поисков и умоляли его именем Изяслава вернуться. Преподобный послушался и пришел в свою пещеру, непрестанно молясь. Затем собралось и все его разогнанное стадо. Вернулся и молодой Варлаам, который провел три дня дома, не принимая пищи и питья; он смягчил наконец своего отца, который сжалился над ним и разрешил вернуться к Антонию. Мало того, Ян Вышатич, тронутый до глубины души подвижничеством сына, сам сделался усердным посетителем обители, причем особенно почитал он Феодосия.
Понемногу число братии увеличилось до двенадцати; они выкопали большую пещеру и поставили в ней церковь; они также выкопали кельи и для себя. Затем прибыло еще несколько братий, а из старых – некоторые оставили пещеры, чтобы основывать обители в других местах. Так, ушел преподобный Никон, удалившись в Тмутаракань, где основал Богородицкий монастырь. По удалении Никона Феодосий был посвящен в священники и отправлял богослужение в пещерной церкви.
Число братии в монастыре простиралось уже до 15 человек, когда преподобный Антоний, в присутствии их всех, однажды сказал: «Бог собрал вас сюда, братия, и над вами почивает благословение святой Афонской горы, данное мне постригшим меня игуменом, а от меня перешедшее на вас. Я назначу вам игумена, а сам пойду в другое место жить наедине, как привык издавна». Затем он назначил игуменом Варлаама, а сам выкопал себе новую пещеру, которая и поныне называется Антониевой, или Ближней, в расстоянии ста саженей от прежней.
Поселившись в этой пещере, Антоний прожил в ней сорок лет, в строгом подвижничестве. Но предаваясь, таким образом, самым высоким иноческим подвигам, сердцу его всегда были близки дела основанной им пещерной обители, почему обитатели ее имели с ним постоянное общение и всегда обращались за советом и благословением. Любовь его к истинным подвижникам простиралась до того, что он сам носил пищу каждый день принявшему затвор иноку Исааку, и это продолжалось семь лет.
Когда стало прибывать все более и более братии в пещеру, то они обратились к Антонию за благословением начать постройку монастыря на горе. Антоний не только одобрил это желание, но послал от себя к великому князю с такой просьбой: «Князь мой! Бог умножил братию, а место у нас тесное; не подаришь ли ты нам ту гору, что над пещерою?» Изяслав охотно исполнил просьбу Антония, и на горе построили малую деревянную церковь Успения Богородицы; но братия все же оставалась еще жить в пещерах. Это было в 1057 году. В это же время Изяслав основал в честь покровителя своего, святого Димитрия, великолепный монастырь и взял туда в игумены Варлаама.
Тогда пещерная братия выбрала себе игуменом Феодосия. Святой Антоний избрание это утвердил, и с той поры начинается для Феодосия новая высокая деятельность.
Приняв начальство над братией, он не переменил своего смирения и образа жизни: на труд и на службу в храме выходил он раньше всех. Первым его делом было устройство нагорного монастыря, а затем и сооружение более обширного деревянного храма Успения Богородицы. Окончательно устроив братию, уже значительно увеличившуюся в числе, Феодосий стал вводить устав общежительного жития, по образцу заведенного преподобным Феодором Студитом в Царьградском монастыре. Этот устав Феодосия перешел во все прочие русские обители. Братия разделена была на четыре степени: одни еще не были пострижены и ходили в мирской одежде; другие, хотя еще и не были пострижены, но ходили уже в монашеской одежде; третьи были уже пострижены и носили мантию; наконец, четвертые были облечены в великую схиму.
Все в обители совершалось не иначе как с благословения игумена и освящалось молитвой. В кельях не позволялось братии держать никакой собственности: ни пищи, ни излишней одежды. Феодосий сам строго наблюдал за исполнением всех этих правил и кротко выговаривал виновным; затем раскаивающихся прощал, а на других налагал епитимии.
Он часто говорил, со слезами на глазах, поучения, но больше всего он действовал на братию примером собственной жизни.