В мае к Москве подошел высокородный пан Ян Сапега и расположился на Поклонной горе. Он опять уверял русских воевод в своей дружбе, но в то же время писал Гонсевскому и полякам в Кремль и требовал денег у тех и других для уплаты жалованья его рыцарству. Скоро он окончательно разошелся с Ляпуновым, напал на него, но был отбит и всецело передался Гонсевскому. Последний, за истощением денег в царской казне, уплатил сапежинцам церковной утварью, драгоценными каменьями, снятыми «с шибы, которая была на гробу царя Феодора», и другими сокровищами московских государей. Ввиду того что около столицы нечем было поживиться, Сапега отправился к Александровской слободе, которую разорил, а затем к Переславлю-Залесскому; но от последнего он был отбит пришедшим ранее его из-под Москвы атаманом Просовецким. С Сапегой Гонсевский отправил и часть собственного войска, очевидно ввиду недостатка продовольствия, оставя при себе всего лишь около 4 тысяч человек и питая горячую надежду, что к нему прибудет скоро помощь от короля. Но король помощи ему не посылал, так как всецело был поглощен заботой о скорейшем овладении Смоленском.
8 апреля канцлер Лев Сапега объявил находившимся под стражей Филарету Никитичу и князю В.В. Голицыну о побоище и сожжении Москвы в Страстной вторник, а также о взятии Гермогена. Услышав эти вести, послы заплакали, но на все требования поляков написать смолянам о впуске в город королевского отряда непоколебимо отвечали, что без обсылки с патриархом и всеми людьми Московского государства они ничего не предпримут.
12 апреля послов силою посадили в ладью, объявив им, что они будут отправлены водою в Польшу. Когда посольские слуги переносили вещи и запасы своих господ на судно, то поляки перебили этих слуг, лучшие вещи взяли себе, а запасы выкинули. Стража с заряженными ружьями не покидала послов и на воде и заставляла их терпеть во всем крайнюю нужду.
Незадолго до этого из королевского стана под Смоленском отбыл на Литву гетман Жолкевский, ведя с собой пленных – царя Василия Ивановича и его двух братьев.
Когда послам пришлось плыть мимо земель Жолкевского, то последний послал их спросить о здоровье: те передали посланному, что они просят гетмана помнить свою душу и крестное целование.
Смоленск стойко держался до начала июня 1611 года, хотя из 70 тысяч его жителей осталось не более 8 тысяч; в городе вследствие полного отсутствия соли свирепствовала страшная цинга, от которой умерло множество народа. Судьба Смоленска решилась предательством. Изменник Андрей Дедешин перебежал из него к королю и указал на часть стены, которая была, как недавно выстроенная наспех, слабее других. Поляки тотчас же направили на нее огонь своих пушек и успели сделать в ней широкий пролом. Затем с наступлением ночи последовал общий приступ; горсть доблестных защитников города, изнуренная 20-месячной осадой, не могла остановить натиск нахлынувшего со всех сторон врага. Часть их пала под ударами неприятеля; другие спешили в соборный храм Святой Троицы. Под ним хранился запас пороха. Кто-то зажег его… «Но кто зажег, – говорит Жолкевский, – наши ли или москвитяне – неизвестно; приписывают это последним… Огонь достиг запасов пороха, который произвел чрезвычайное действие: взорвана была половина огромной церкви с собравшимися в нее людьми, которых неизвестно даже куда девались разбросанные остатки и как бы с дымом улетели. Когда огонь распространился, многие из москвитян, подобно как и в Москве, добровольно бросались в пламя за православную, говорили они, веру. Сам Шеин, запершись в одной из башен… стреляя в немцев, так раздражил их, убив более десяти, что они непременно хотели брать его приступом; однако нелегко бы пришлось им это, ибо Шеин уже решился было погибнуть, но находившиеся при нем старались отвратить его от этого намерения. Отвратил же его, кажется, от сего больше всех бывший с ним – еще дитя – сын его». Шеин сдался главному польскому воеводе Якову Потоцкому, объявив, что никому другому он живым в руки не отдастся.
Затем совершилось неслыханное дело. Король приказал подвергнуть Шеина пытке, чтобы допросить о разных подробностях осады Смоленска, после сего Шеин был отправлен в оковах в Литву и заключен в тесное заключение. В такое же заключение был посажен и доблестный архиепископ Смоленский Сергий, который и принял смерть в узах в Польше.
Радость Сигизмунда и поляков по случаю взятия Смоленска была чрезвычайна. Ксендз Петр Скарга сказал в Варшаве длинную проповедь, в которой громил русских за упорство в исповедании своего раскола и патриарха Гермогена, причем, по словам С. Соловьева, «знаменитый проповедник не счел нужным позаботиться о том», чтобы приводимые им сведения о событиях, имевших место в Московском государстве, «были хотя сколько-нибудь верны».
Сигизмунд, на радостях по взятии Смоленска, вместо того, чтобы идти к Москве выручать Гонсевского, решил вернуться в Польшу.