Склифосовский первым высказал мысль о целесообразности использования железнодорожного транспорта для эвакуации раненых. При этом он настоятельно рекомендовал использовать специальные амортизирующие приспособления — такие как станок Городецкого. В опубликованной статье «Тарантасный станок в вагоне для перевозки раненых» Николай Васильевич отметил преимущества системы Городецкого: станок легко и быстро устанавливается в любом вагоне; он занимает мало места в вагоне, не препятствуя свободному передвижению медицинского персонала, укладывание и снимание раненых производятся довольно просто; тряска вагона ранеными не ощущается; станок разбирается и складывается в течение нескольких минут.
Это приспособление могло принести немалую пользу не только в поездах, но и на простых санитарных повозках. Однако Склифосовский в работе «Перевозка раненых на войне» пишет с большим сожалением, что станков было всегда недостаточно, и вне поездов они встречались крайне редко. «Большей частью раненые перевозились по грунтовым дорогам в необорудованных крестьянских телегах, в которых хорошо, если можно было достаточно подослать соломы; не то и без соломы обходилось». Такой способ перевозки раненых причинял огромный вред раненым, особенно оперированным. Отрицательные результаты лечения раненых и больных после битвы под Плевной 18 июля 1877 года как раз объяснялись неприемлемой транспортировкой. «Под влиянием паники 19 июля раненых наших провезли верст 5–6 вскачь, многие из них бежали пешком. Раненые прибыли в Зимничу через двое и через трое суток. Перевозились они тем же первобытным способом. Последствия были самые печальные».
На личном опыте Николай Васильевич убедился в важности рассредоточения раненых и больных в госпиталях. Концентрация большого количества пациентов в одном месте неизбежно приводила к возникновению внутригоспитальной инфекции и большим, совершенно неоправданным потерям. Склифосовскому принадлежит идея создания подвижных «летучих команд», которые работали в местах наибольшего скопления раненых, чтобы уменьшить нагрузку на госпитали. Также он всячески продвигал идею санитарных рот, укомплектованных специально подготовленными санитарами-носильщиками.
Именно он одним из первых хирургов понял важность раннего наложения иммобилизирующих повязок при ранениях конечностей с повреждением костной ткани и считал самым надежным использование гипсовой повязки, которое предупреждало развитие тяжелых местных осложнений. Сегодня его предположения стали аксиомами.
Одним из первых врачей в России наш герой применил антисептику на фронте. Это стало началом истории внедрения антисептического метода (а в последующем и хирургической асептики) в российскую хирургию. Всегда оставаясь ученым-практиком, Николай Склифосовский обобщал свой опыт в статьях, печатавшихся в «Военно-медицинском журнале», газете «Медицинский вестник». По этим текстам хорошо видна его привычка мыслить шире границ своего ремесла. Во многих работах красной нитью проходит мысль о недостаточной эффективности медицинского обеспечения войск. Решение этой проблемы он видел в гибкости управления и высокой компетентности руководителей медицинской службы.
В своем «Дневнике военного хирурга» Николай Склифосовский пишет: «Никакое правительство не может обладать достаточными средствами, чтобы создать санитарные учреждения в таких размерах, при которых можно было бы оказать помощь всем раненым и больным при современных войнах. Только содействием всего народа, путем широкой частной благотворительности можно пополнить недостаток в санитарных учреждениях, который неизбежно обнаруживается с первыми битвами. Отсюда становится понятным громадное значение частной помощи во время войны. Частная благотворительность должна прийти на помощь для устройства лазаретов, снабжения их госпитальными принадлежностями, перевязочными средствами; она должна взять на себя заботы и о пополнении санитарного персонала. На войне всегда бывает недостаток во врачах. Вдруг нельзя создать средства, которые дали бы возможность удовлетворить указанным нуждам. Общество должно заранее подготовляться: и материальные средства, и люди должны быть готовы по первому требованию. Роль Общества Красного Креста громадна. Сфера деятельности его должна расширяться все более и более; это вытекает естественным образом из того, что война нашего времени есть война всего государства, всего народа, потому что войско современное есть народ».
Подытоживая «военные» достижения нашего героя, можно сказать, что он действительно стоял у истоков целой системы в военной хирургии. Он разработал и внедрил ряд принципов, определяющих характер медицинской помощи на фронте. Продумал и сформулировал порядок этапов — от транспортировки раненых с поля боя на главный перевязочный пункт, и далее в передовой военно-временный госпиталь для тяжелораненых до последующей эвакуации в тыловые медицинские учреждения. Систему сортировки, уже практиковавшуюся ранее, Склифосовский усовершенствовал с учетом клинической картины и происхождения ранений.