Царствование Эхнатона стало временем масштабной религиозной реформы, которая потрясла все устои древнеегипетской цивилизации. К своим революционным преобразованиям Аменхотеп IV привлек неродовитых служилых людей, так называемых немху (что означало «сироты»). Однако радикализм в реформах появился не сразу. Начальные преобразования Аменхотепа IV считаются не очень интенсивными, но для подчеркивания значимости своего правления, приступая к своим обязанностям, фараон добавил к своему имени формулу «исключительный для солнца». Культу солнца к тому времени, неизвестно по каким причинам, стали уделять намного больше внимания, чем раньше, об этом свидетельствуют изменения, произошедшие в оформлении гробниц знати. В самом начале своей деятельности Аменхотеп не порывал с традиционными культами, которых в те времена было множество. На первых памятниках своего царствования он ещё молится Амону. В конце приблизительно 4-го года правления, Аменхотеп поручает верховному жрецу Амона Маи добычу камня в каменоломнях Восточной пустыни для изваяния себя самого. Такое действие сразу же возвысило и жреца Маи, и что еще важнее, бога Атона подняв его из среды всех действовавших богов. Решение сделать ранее малоизвестного бога Атона, олицетворяющего солнечный диск, центром всей религии появилось где-то на 2-м году правления Аменхотепа, поскольку в этом году он повелел начать в Фивах строительство грандиозного храма, посвященного Атону, невдалеке от храма Амона.
На 6-м году царствования Аменхотеп IV в 300 км к северу от Фив, приказывает основать новую столицу – Ахет-Атон («Горизонт Атона», ныне городище Тель эль-Амарна). Фараон настолько проникся новою верою, что переименовывает себя в Эхнатона, («Полезный для Атона»). Новые личные имена получили также члены его семьи и его сановники. Фараон вместе со своим двором покинул не одобряющие его затеи Фивы и переехал в ещё недостроенную новую столицу.
В новом городе был сооружен огромный дворец Эхнатона, выстроенный в основной из белого камня. Размеры этого дворца считаются самым большим сооружением из всех гражданских зданий древности. Длина восточного фасада официальной части Главного дворца достигала почти 700 м. Стены дворца были покрыты сюжетными и орнаментальными росписями, отделаны цветными изразцами; полы, потолки, и лестницы красочно расписаны; колонны со сложными капителями раскрашены и инкрустированы цветным фаянсом. У входа в резиденцию Эхнатона стояла огромная, покрытая золотом статуя самого фараона.
Кроме главного дворца в Ахетатоне (так называлась новая столица) было построено ещё несколько дворцов, меньших по размеру, но также пышно отделанных, и конечно кварталы для простых жителей работавших на строительстве. Главный храм Атона, получивший название «Дом Атона» был еще грандиознее царского дворца. Состоял он из двух громадных каменных сооружений окруженных прямоугольной оградой, вытянутой в длину на расстояние более 800 м. Весь комплекс был окружён особняками царских сановников и огромными тенистыми садами.
Весь город Ахетатон был объявлен местом, которое не принадлежало ни богу, ни богини, ни властителю, ни властительнице. Город стал местом, которое само солнце избрало для себя. Пропорции города соответствовали пропорциям «Дома Атона». Таким образом, сам город становился сакральным. К этому времени прочие боги были забыты еще не полностью. Пограничные плиты города, высеченные при основании Ахетатона, упоминают богов и богинь. Однако позже, к 9-10 годам правления Эхнатона начинаются первые известные случаи преследования бога отверженной столицы – Амона, его имя попадает под запрет. Далее к 12-му года нетерпимость Эхнатона к другим богам доходит до крайности. Атон провозглашается единственным божественным началом, культы всех прочих богов становятся запретными, храмы закрываются. Судьба жрецов неизвестна. Можно допустить, что они переквалифицировались, но это только предположение. Стремясь пресечь почитание утративших силу богов, Эхнатон приказал повсеместно уничтожать их имена и изображения.
Тем временем Атону возводились храмы по всему Египту (Фивы, Ахет-Атон, Гем-Атон, Гелиополь, Мемфис, Гермополь, Фаюм). Эти храмы наделялись большими земельными массивами, охотничьими и рыбными угодьями, скотом, пастбищами, обеспечивались рабочей силой. Был учрежден большой штат жрецов – служителей культа Атона. Они, как это видно из памятников той поры, были в основном представителями новой служилой знати.
Причины реформ Эхнатона, которые иногда называют атонистической революцией, до сих пор остаются дискуссионными.
Высказывались предположения о том, что происхождение Аменхотепа, сына царицы Тейе, которая не принадлежала ни к царскому дому, ни, возможно, даже и к египетскому народу, в глазах египетской знати ставило легитимность его правления под сомнение. В связи с чем, предположительно, фиванское жречество было оппозиционно настроено к новому фараону.