Некоторые исследователи выдвигали предположения, что реформа была необходима для создания единой общей религии чтобы более тесно сплотить обширную Египетскую державу, где в те времена в каждом городе почитался свой бог, нередко являющийся враждебным по отношению к богу другого города. Такое многобожие гипотетически мешало объединению египетского народа в единое целое.
Египтологи также склонны усматривать причины реформ в личности самого Эхнатона. С их точки зрения его действия свидетельствуют о стремлении сосредоточить в своих руках исключительную власть. Центром его религии был он сам. Проявлял мало интереса к внешней политике, больше заботился о себе, чем о государстве. Эти обстоятельства интерпретируются как свидетельство эгоцентризма и крайнего властолюбия фараона, переходивших все разумные границы.
По мере углубления фараона во внутренние дела и в самого себя внешняя политика государства Египет постепенно приходили в упадок. Отношения с крупными государствами Ближнего Востока ухудшались. Эхнатон уже не хотел посылать туда золото взамен на встречные подарки в таких объемах как его отец. Он предпочитал использовать золото для отделки новых зданий и раздачи послушным сановникам. Вавилонский царь Бурна-Буриаш II жаловался на то, что его египетский «брат» неоднократно отпускал вавилонских послов без ответных подарков, а если и присылал золото, то его было мало, и оно оказывалось неполновесным.
По мере ослабления внешнеполитических связей и отсутствия контроля со стороны центральной власти, слабело влияние египетских сановников на покоренных территориях, представители египетской власти на местах не справлялись с возложенными на них обязанностями. В Сирии и Ханаане, местные властители стали нападать на вавилонских купцов и грабить их караваны. Для дочки вавилонского царя, которую должны были привезти в жены фараону, Эхнатон оскорбительным образом послал в сопровождение всего-навсего 5 колесниц, тогда как при Аменхотепе III вавилонскую царевну, его будущую жену, сопровождали, по официальным текстам, 3 тысячи человек. К тому же Эхнатон заключил дипломатические отношения с Ассирией, что также вызвало недовольство Вавилонии, которая сохраняла свои притязания на верховную власть в Ассирии.
Бурна-Буриаш II в одном из своих писем даже заявил протест фараону, но безрезультатно. После этого Бурна-Буриаш II разорвал союз с Египтом и начал ориентироваться на враждебное ему Хеттское царство. А отношения Эхнатона с митаннийским царём испортились настолько, что, как пишет царь Библа Риб-Адди фараону, Тушратта двинул свои войска на Финикию, но отступил вследствие засухи.
Впрочем, неудивительно, что Эхнатон мало заботился о поддержании добрососедских отношений с большими царствами Ближнего Востока, если его не слишком волновала даже опасность потери значительной части своих сирийских владений. При содействии изменивших египетскому фараону царя Амурру сына Абди-Аширты, Азиру и князя Кадеша Айтакамы хетты овладели равниной Амки (в долине Оронта, южнее Кадеша).
Три верных вассальных князя из соседних областей выступили против них, чтобы вернуть фараону утраченные земли, но были встречены Аитакамой во главе войска хеттов и отброшены назад. Все трое немедленно написали фараону о смуте и жаловались на Аитакаму. А сам Аитакама в свою очередь обвинял Бириавазу, правителя Дамаска, который окружил себя отрядами хапиру, отнял у него землю и опустошил города.
Обстоятельства смерти Эхнатона неизвестны. После него последовал период быстрой смены правителей, завершившейся в конечном счете появлением новой династии фараонов, что свидетельствует о том, что итогом правления Эхнатона стал политический кризис.
Личность Аменхотепа IV противоречива, поэтому у египтологов не существует единого мнения относительно мотивов и характера фараона-реформатора – диаметрально противоположные характеристики Эхнатона даются разными исследователями. Фараона изображают то идеальным правителем, мудрым и миролюбивым человеком, намного опередившим своё время, то выдающимся философом-мечтателем, не блещущим талантами государственного деятеля, то душевнобольным фанатиком. В частности, Борис Александрович Тураев называл Эхнатона одним из самых жестоких египетских владык, а Джеймс Генри Брэстед писал о нём как о «первой личности в мировой истории» и «отважной душе, бесстрашно действовавшей наперекор незапамятной традиции». Исследователи приводят натуралистические стихи, мистические оды, составленные в честь Атона-Ра Эхнатоном.
Как бы там ни было все же Эхнатон, опираясь в своих преобразованиях на неродовитых людей, становясь центром религии сам, убирал ступени носителей божественной воли. Схема воплощения божественной воли стала заметно проще, но скорее всего не эффективнее, так как продолжения совершённые преобразования не получили. Даже выдающаяся личность, которой, несомненно, был Эхнатон не способна удерживать в одних руках столько власти. Эхнатон не справился с возложенными на него обязанностями.