В предисловии к сборнику статей «Коммунизм и религия» (1922 г.) Иван Иванович обратил внимание на то, что поповщина неплохо использовала трудности объективного порядка в стране и субъективные настроения, «развив религиозную агитацию и пропаганду до крайних пределов напряженности». Учитывая это, МК РКП(б) образовал специальную Комиссию по организации антирелигиозной пропаганды, выпуску атеистической литературы, подготовке кадров антирелигиозников. Во главе со Скворцовым-Степановым комиссия развернула активную работу среди верующих. В антирелигиозную пропаганду были вовлечены лучшие силы Московской партийной организации. Успешно выполнял Иван Иванович и другое поручение Центрального Комитета РКП(б) на этом участке идеологического фронта, который был основным наравне с хозяйственным и военным: с декабря 1921-го и до самой своей кончины Скворцов-Степанов активно участвовал в работе Антирелигиозной комиссии при Агитпропе ЦК партии. 19 октября 1922 года в присутствии В. И. Ленина на заседании Политбюро комиссия была утверждена в новом составе. В нее вошли: И. И. Скворцов-Степанов, А. В. Луначарский, Г. В. Чичерин, В. Р. Менжинский, Е. М. Ярославский, П. А. Красиков, В. Д. Бонч-Бруевич, П. Г. Смидович и другие.
Разоблачительные речи и статьи Ивана Ивановича вызывали ярость церковников. Письма с угрозами и проклятьями не раз приносила ему почта. Однако эти действия священнослужителей и их подпевал не смущали убежденного атеиста-большевика. «Неистовствами церковников, — как-то признался он Владимиру Дмитриевичу Бонч-Бруевичу, — я вполне удовлетворен. Значит, мои стрелы попадают в цель».
В другой публикации в этом журнале об итогах антирелигиозной борьбы Скворцов-Степанов постоянно обращал внимание на то, что агитационная антирелигиозная работа должна быть всегда систематической и непрерывной. Она не должна отставать от стихийного, бурного роста антирелигиозных настроений. И лектор-атеист обязан владеть материалистическим пониманием природы, уметь научить слушателей наблюдать, самостоятельно схватывать суть явлений окружающего мира. Таким образом, заключал он, партия большевиков антирелигиозную работу тесно связывает с борьбой за научное мировоззрение. Всякая толковая лекция, беседа неизбежно базируются на знании астрономии, основ антропологии, биологии, химии, физики и других наук о природе и наук об обществе, законах его развития.
Несмотря на трудности военных лет, разруху, «бумажный голод», уже в первые годы Советской власти атеистические работы Скворцова-Степанова были изданы не только в Москве и Петрограде, но и в Твери, Курске, Екатеринбурге, Вятке, Харькове, Полтаве, Одессе и других городах страны.
Одним из центральных теоретических произведений Ивана Ивановича по научному атеизму была его статья «Религия и общественный строй» (1920 г.), где анализируется роль религии в истории общества. Давно миновала пора, когда буржуазные философы и ученые склонялись к неверию. Придя к власти, буржуазия решила, что без бога слишком трудно управлять народными массами. И чем быстрее приближается крах капиталистического общества, тем сильнее тянется буржуазия к религии. Ее ученые и философы, «смущенные, запуганны!' грандиозными переворотами, назревающими в глубинах общества», хотят задержать эти перевороты, стремятся во что бы то ни стало поставить предел человеческому мышлению и познанию. И находят этот предел в идее бога — последнем якоре спасения гибнущего старого мира. В действительности это не якорь, а соломинка для утопающего.
«В числе первых докладов и сообщений, — рассказывал Михаил Горев-Галкин, — с которыми познакомился только что вновь приступивший к работе в 1922 году Владимир Ильич Ленин, был доклад Ивана Ивановича о «каких-то диковинных «советских попах».
Через несколько дней Иван Иванович выступил с чтением своей новой статьи-книжки «О живой церкви». Искусной рукой он смывал грим — румяна и белила — с молодящейся старушки, появление «живых церквей» определил как политическую мимикрию поповства, призывал к борьбе со всякими церквами, прорвав тем самым «заговор молчания» печати по отношению к карточным домикам «живых церквей».
Агитпроп ЦК РКП(б), отметил он, дал четкую и ясную оценку обновленческого движения в православии, имевшего место в то время: «Живая церковь» остается церковью, измененная, обновленная религиозная догматика остается догматикой, находящейся в непримиримом противоречии с наукой, сама по себе церковная организация остается эксплуататорской организацией, строящей свое материальное основание на умелом использовании темноты и невежества масс».
Остановившись на этой партийной характеристике «живой церкви», Скворцов-Степанов перешел к сравнительной оценке старой церкви и обновленчества. «По историческим условиям своего развития, — подчеркнул он, —