Сообщение об аресте кандидата в депутаты III Государственной думы от РСДРП быстро попало в московские и петербургские газеты и вызвало протесты общественности, тем более что при обыске у арестованного не нашли ничего компрометирующего: Иван Иванович предвидел налет жандармов к заранее соответствующим образом к этому «подготовился» — все нелегальные книги и документы были надежно спрятаны. 31 января 1911 года социал-демократическая фракция Думы внесла срочный запрос относительно антизаконных действий московского охранного отделения. Запрос подписали 32 депутата, которые отметили, что «арест И. И. Скворцова приобретает огромное принципиальное и политическое значение», ибо, по существу, он был произведен «лишь за то, что он намечен был кандидатом от социал-демократических избирателей». Среди подписавших наряду с социал-демократами были даже некоторые лидеры кадетов.
Как и ожидалось, правое большинство Думы отклонило «спешность запроса» и передало его в комиссию для обычного «спускания на тормозах». Однако неожиданно для правых комиссия Думы по запросам составила письмо в министерство внутренних дел, в котором… осуждался арест Скворцова-Степанова. Подобного исхода царский департамент полиции явно не ожидал, недооценив авторитет и популярность большевика-публициста в журналистских кругах и среди широких читателей. 1 февраля 1911 года вице-директор департамента полиции Виссарионов раздраженно запросил начальника московской охранки Заварзина о «причинах этого ареста» (хотя сам санкционировал его заранее). Заварзин телеграфировал, что И. И. Скворцов, «объединяя социал-демократические элементы Москвы, внушил опасение, что вовлечет рабочую массу в солидарные со студенчеством противоправительственные выступления. Сопоставляя прошлое и настоящее Скворцова, — заключил Заварзин, — градоначальник представил его высылке на три года в северные губернии…».
А в подробном письменном обосновании ареста Ивана Ивановича шеф московской охранки выдвинул еще одно обвинение — «сношение с уполномоченными ЦК РСДРП В. П. Ногиным и И. Ф. Дубровинским». В то же время охранка считала Скворцова-Степанова самой видной фигурой среди московских большевиков. «В настоящее время, — докладывал Заварзин, — Скворцов является лидером местных представителей РСДРП, находящихся в непосредственных сношениях с заграничным партийным центром, исполняет обязанности ответственного корреспондента заграничных партийных органов, является базой для прибывающих из-за границы в пределы империи особо законспирированных партийных работников и представителей заграничных верхов партии. Пользуется исключительным авторитетом в рабочей среде, особо влияя на нее в смысле необходимости новых массовых выступлений революционного характера».
Департамент полиции «принял сообщение к сведению». Одновременно по соответствующим каналам из Петербурга был сделан выговор начальнику московской охранки за слишком тупую работу, а также за то, что «момент для ликвидации выбран был крайне необдуманно и неудачно». Заварзину указывалось, что «борьба с революционными организациями не должна носить характера борьбы с выборами нежелательных правительству лиц…».
Далее следовало поучение: «Нельзя допускать в широких общественных кругах мысли о давлении правительственных властей на выборщиков в целях лишения их возможности провести в Государственную думу кандидата, не соответствующего взглядам правительства».
Разумеется, все это было сплошным лицемерием: Заварзина лишь пожурили, а 26 февраля департамент полиции санкционировал высылку И. И. Скворцова с одной лишь поправкой — Север был заменен Астраханской губернией.
Журналист П. И, Подлящук нашел ряд интересных документальных материалов о причинах ареста И. И. Скворцова-Степанова. Из них вытекало, например, что власти прежде всего были встревожены ростом популярности Ивана Ивановича в массах, его общественно-политической активностью. Ведь, несмотря на арест, за Скворцова-Степанова проголосовало 1072 избирателя из 14 666 участвовавших в выборах, хотя многие из них не питали иллюзий, прекрасно понимая, что он не будет избран! Это, несомненно, была своеобразная политическая демонстрация.
В первых числах марта 1911 года Скворцову-Степанову было официально объявлено, что распоряжением Особого совещания при департаменте полиции он высылается на три года в Астраханскую губернию. В казенной бумаге, предъявленной Ивану Ивановичу в день высылки, значилось, что он «изобличен в принадлежности к Центральному Комитету московской организации социал-демократической партии». (То, что московского «Центрального Комитета» не существовало в природе, для охранки не имело какого-либо значения.)