В сентябре 1910 года Владимир Ильич Ленин предложил МК РСДРП издавать ежемесячный философский и общественно-политический журнал «Мысль». Скворцов-Степанов принял самое активное участие в его организации и деятельности. В издании этого большевистского легального журнала и подготовке его номеров непосредственное участие принимали также В. В. Воровский, М. С. Ольминский и ряд других видных публицистов партии. Всего вышло пять номеров: журнал просуществовал с декабря 1910 года по апрель 1911 года. По существу, редакторские функции осуществлял В. И. Ленин, напечатавший в нем несколько статей.
Необходимо заметить, что в эти годы имело место примиренчество Ивана Ивановича по отношению к фракционной группе «Вперед», созданной в декабре 1909 года, в которую вошла группа бывших большевиков (ставших отзовистами) во главе с А. А. Богдановым, ультиматисты, махисты и богостроители. Под воздействием Владимира Ильича Ленина Иван Иванович все более критически оценивал их политические взгляды. В 1913–1914 годах колебания Скворцова-Степанова в отношении «впередовцев» были им полностью изжиты. Не прекращал в годы реакции Иван Иванович и лекционной работы. Он не только читал лекции в Москве и Подмосковье, но и принимал приглашения существовавшего тогда Лекционного бюро Комиссии по организации домашнего чтения, выступая с докладами о современном международном положении в народных университетах Москвы и ряда других городов — Воронежа, Самары, Николаева, Ростова-на-Дону, Екатеринослава. Эту работу Иван Иванович всегда считал важным партийным поручением и постоянно гордился ею. В качестве члена Центрального районного комитета РСДРП Москвы он писал революционные листовки и обычно сам же распространял их. Это он делал и позже, когда после создания Московского областного бюро РСДРП вошел в его руководящий состав.
В конце 1910 года сложил с себя полномочия депутата III Государственной думы от Москвы Ф. А. Головин. А когда встал вопрос о довыборах в Думу, Скворцов-Степанов вошел в так называемую «идейную комиссию» московских большевиков по подготовке выборов, которые были назначены на март 1911 года. Затем решено было выдвинуть Ивана Ивановича кандидатом в депутаты от РСДРП. (В комиссию по выборам вошли два большевика — В. А. Обух и М. И. Фрумкин и два меньшевика — Л. М. Хинчук и П. Н. Колокольников.)
Кандидатуру Ивана Ивановича Скворцова-Степанова держали в строгом секрете. Еще не разоблаченный тогда провокатор Малиновский настойчиво допытывался, кого выдвигают «эсдеки» в Думу, но от него скрывали, поскольку за последнее время он стал вести себя очень подозрительно. В числе первых заподозрил что-то неладное В. П. Ногин, вынужденный проживать тогда в Туле.
На беду появился другой провокатор (тоже до этого еще не разоблаченный) — Андрей Поляков, проходивший в охранке по кличкам «Кацап» и «Сидор». Для видимости Полякову определили 19 месяцев тюрьмы. Отсидев этот срок в Таганской тюрьме, он прибыл в Тулу к Ногину уже как агент ЦК по связи с думской фракцией.
Ногину бросилось в глаза, что, когда в начале зимы 1910 года он навестил свою мать Варвару Ивановну в Сокольниках, рядом с ее квартирой без предварительного оповещения поселился… Поляков, который при встречах отводил глаза в сторону, нервничал и суетился.
Однажды удивленный Ногин увидел его шепчущимся с Малиновским. Те, как позднее выяснилось, трудились «в поте лица». Пребывание Полякова в Туле дало результаты: тот все же пронюхал, что ЦК выдвигает кандидатуру Скворцова-Степанова на выборы в Думу. Такое известие агента не на шутку обеспокоило московскую полицию. Решено было нейтрализовать его. Но как?.. В этом вопросе мнения жандармов разделились: одни чины полагали, что большая популярность Скворцова-Степанова в журналистской среде, среди издателей и читателей служит явным препятствием к принятию «жестких санкций», другие считали, что недопустимо либеральничать с этим «писучим смутьяном», а третьи доказывали, что он не так уж опасен своими сочинениями, где «не все попятно при чтении», и что в интересах «гибкости политической линии» немного надо повременить. Но, разумеется, сторонники «крутых действий» не могли не возобладать. Московская полиция доносила своему начальству в Петербург, что «Скворцов пользуется исключительным авторитетом в рабочих кругах, особо влияя на них в смысле необходимости новых массовых выступлений». И во избежание всяких случайностей «нежелательного порядка» власти пришли к выводу о срочном отстранении Скворцова-Степанова от избирательной борьбы.
А 28 января 1911 года последовал арест Скворцова-Степанова. Во время обыска, которым руководил жандармский ротмистр Келлер, у Ивана Ивановича изъяли 65 книг и много рукописей. После формального допроса в 1-м участке Пресненской части московской полиции его посадили в одиночную камеру Бутырской пересыльной тюрьмы.