Однако для императрицы эпизод с Мировичем оказался не самым неприятным. Куда большая, хотя и скрытая угроза исходила от малороссийского гетмана К. Разумовского, поначалу с энтузиазмом поддержавшего Екатерину. На рубеже 1763–1764 года был поднят вопрос о наследственном гетманстве в роде Разумовских: инициативу проявили украинские полковники и старшины. Они мотивировали просьбу верностью этого рода престолу, а также ссылались на пример Богдана Хмельницкого, которому наследовал его сын Юрий. Из-за характера поднятой темы сам Разумовский предусмотрительно дистанцировался от петиции в Петербург. Хотя его интерес здесь очевиден: в случае утверждения наследственного гетманства в России фактически появлялась параллельная династия, которая вполне могла посматривать в сторону трона. Вне всякого сомнения, эти поползновения были бы поддержаны малороссийскими архиереями, души не чаявшими в родном разумовском клане. Екатерина II зримо почувствовала дыхание украинско-польской фронды. Разумовскому отказали от двора, со стороны императрицы начались мелочные придирки к его супруге. Закономерным итогом стал специальный манифест от 10 ноября 1764 года, извещавший об увольнении Разумовского от исполнения гетманских обязанностей. Тот предпочёл смириться, тем более что ему, видимо, в качестве компенсации достались огромные имения, причём не только на Украине.
Екатерина II решила не ограничиваться отстранением Разумовского, а поспешила вообще ликвидировать должность гетмана, вновь вернувшись к институту Малороссийской коллегии, правда декларируя это осторожно: «…пока время и опыт не даст нам о его (малороссийского народа) благе лучший учинить промысел». Коллегия состояла из восьми человек: четырёх украинцев и четырёх великороссов. Причём по правительственной инструкции на заседаниях им велено располагаться не напротив друг друга, как при Анне Иоанновне, а вперемежку, дабы способствовать единству. Председателем коллегии стал граф П. А. Румянцев, до этого командующий русскими войсками в Восточной Пруссии. Отец этого сановника слыл приближённым к Петру I, а крёстной была Екатерина I. Историки считают, что на Румянцева рассчитывал Пётр III, успев осыпать того высокими наградами. Однако дворцовый переворот, казалось бы, поставил крест на карьере. Находясь в немецких краях, Румянцев, который к этому времени завёл любовницу из Данцига, уже собирался перейти на службу к прусскому королю. Но указ Екатерины II, а также пожалование огромных поместий, изменили его планы. Малороссия была ему почти родной: до четырнадцати лет он жил и воспитывался там под руководством местного интеллектуала Т. Ю. Сенютовича. Теперь же настал черёд реализовывать неожиданные екатерининские планы по введению Украины в правовое поле Российской империи.
Одновременно с уничтожением гетманства ликвидировался и весь строй малороссийских земель, учреждалось новое губернское деление. После этого смогли провести полноценную ревизию территорий и имущества (так называемую румянцевскую опись), чего полковники и старшины благополучно избегали со времён Алексея Михайловича. Был отменён свободный переход крестьян от помещика к помещику, ведь действие Соборного уложения 1649 года не затрагивало Малороссию. До екатерининской поры здесь фактически не знали крепостного права, живя по разным вариантам литовских статутов, тексты коих существовали на латыни и на польском языке. Кроме этого, на Украину наконец-то распространялось в полном масштабе налоговое законодательство, а также вводились обязательные рекрутские наборы. Не удивительно, что такие преобразования сопровождались там вполне объяснимым раздражением.
Но всё-таки особенное негодование вызывала секуляризация церковных земель, что успел продекларировать ещё Пётр III. Екатерина II понимала, что контролировавшие РПЦ украинцы пока не являются её союзниками. В случае появления родственного по происхождению и духу претендента на престол эта «русская» церковь может «благословить» последнего. Эпопея с потомственным гетманством Разумовского продемонстрировала вероятность такого сценария. Поэтому актуальным вопросом стал подрыв малороссийского церковного клана, наиболее действенным путём к чему и явилась конфискация земельных владений. Планы императрицы получили отклик ютящегося на вторых ролях великорусского духовенства, увидевшего в развороте екатерининской политики долгожданную возможность пробиться наверх. И действительно, Екатерина II сразу сделала ставку на местных уроженцев, таких как архиепископ Дмитрий (Сеченов) или Гавриил (Петров), Платон (Левшин). Некоторые из них вошли в образованную комиссию по выяснению «истинных доходов от церковных имений». Малороссийские выходцы негодовали: они не могли смириться с мыслью о потере владений, поскольку считали их неотъемлемой частью церковного организма.