Знамя борьбы поднял один из авторитетных архиереев той поры Ростовский митрополит Арсений (Мациевич), чей демарш наглядно иллюстрирует униатский менталитет украинцев с его латинством и польщиной. В марте 1763 года многие представители элиты съехались в Ростов на переложение мощей святого митрополита Дмитрия (Туптало), канонизированного при Елизавете I. Здесь Арсений публично произнёс речь в защиту церковной собственности, подкрепляя свои доводы историческими экскурсами. Он напомнил всем собравшимся, что в ходе борьбы с ересью жидовствующих конца ХѴ века в чин православия введена анафема тем, кто позарится на церковные имущества. Это был, по сути, прямой вызов: оставить подобное без внимания Екатерина И не могла и повелела арестовать пламенного трибуна. Однако тем овладел обличительный пыл, и он решил идти до конца, проявив на учинённом следствии «резкость в ответах». Состоялся суд Синода, где Арсению не дали сидячего места, как в своё время патриарху Никону на Большом соборе 1666–1667 года. Затем в монашеской одежде мятежного архиерея повезли в Ферапонтов монастырь — туда же, где коротал дни низложенный Никон. Очевидно, что подобная параллель удачно подкрепляла нынешнюю победу власти. Ошеломлённое украинское духовенство не решилось выражать несогласие. Манифест от 26 февраля 1764 года возвестил об упразднении поместного землевладения церкви, а все латифундии с населением передавались в административное, судебное, податное ведение Коллегии экономии. В общей сложности туда перешло свыше 900 тысяч душ, получивших название «экономических крестьян». Правда, что касается церковного землевладения в самой Малороссии, устроенного по законам Речи Посполитой, то тут с секуляризацией решили повременить, проведя там её лишь в 1786 году. Одновременно с ней потребовали от Киевской митрополии вести преподавание в духовных заведениях, включая знаменитую Киево-Могилянскую академию, на русском языке, что произвело эффект разорвавшейся бомбы.
Общий вектор екатерининского правления очевиден — приструнить украинско-польские круги. В этом же ключе можно оценивать и ещё одно важное событие — созыв в 1767 году Уложенной комиссии. Многие учёные усматривают в этом некое воспроизведение практики проведения земских соборов, которые канули в Лету как раз после Переяславской рады, одобрившей вхождение Малороссии в состав тогда ещё Московского царства. Представительство земель в глазах Романовых утратило смысл, поскольку религиозно-идеологический вектор стал выстраиваться вокруг Украины, объявленной подлинным источником веры и государственности. Поэтому инициатива императрицы призвать выборных всех территорий и сословий на совет говорила уже сама за себя. Но Уложенная комиссия имела важное отличие от земских соборов: в екатерининском варианте духовенство было представлено не мощной когортой, как в ХѴІ и первой половине ХѴІІ века, а лишь одним-единственным депутатом от Синода. Символично, что местом заседаний комиссии, собравшей 460 человек, была определена Москва.
Предубеждение к украинской теме сквозило в Екатерине II буквально во всём. В ходе поездки по югу России она посетила Киев, который ей очень не понравился; в её письмах «славный град» характеризовался «странным городом». В идеологическом плане неприятие украинства выразилось также в безоговорочной поддержке императрицей норманнской теории, провозглашавшей строителями древнерусского государства варягов, то есть иностранцев. Спор о происхождении Руси, продолжавшийся между М. В. Ломоносовым и А. Шлёцером, окончательно разрешён в пользу последнего. Ломоносов был отдалён от двора и скончался от расстройств в 1765 году. Вплоть до середины ХІХ столетия норманисты господствовали в отечественной исторической науке. С учётом всего сказанного не удивительно, что из всех правителей дома Романовых — от Михаила Фёдоровича до Николая II — Екатерина II является самой нелюбимой для украинской публики. Недобрая память о ней запечатлена известной песней: «Катэрына — вражда маты, шо ты наробыла. Стэп широкий, край весёлый та и занапостыла!»