Донос был представлен государю. Александр II приказал произвести строгое расследование. Генерал-майору свиты его величества Сколкову велено было выехать в Тобольск и выяснить на месте следующее: сколько времени находился Михайлов в Тобольске и почему он не был отправлен в дальнейший путь немедленно; по чьему распоряжению он был освобожден от оков; на каком основании и кто разрешил ему отлучки из тюремного замка в частные дома; действительно ли кандалы его были при отъезде из Тобольска разбиты лекарем Анучиным и розданы присутствовавшим; был ли затем Михайлов вновь закован при отправлении его из Тобольска, или он следовал далее без оков.
К следствию были привлечены смотритель тюремного замка, полицмейстер, губернатор, вице-губернатор и, наконец, тобольский прокурор.
Из показаний смотрителя тобольского тюремного замка Козакова.
Михайлов содержался не на кандальном дворе, а во флигеле для подсудимых арестантов из дворян, с разрешения тобольского вице-губернатора. Камера его не запиралась. Его посещали: вице-губернатор Соколов, полковник Ждан-Пушкин с женою, лекарь сибирского казачьего войска Анучин с женою, учитель тобольской гимназии Плотников, надзиратель той же гимназии Каталинский, товарищ председателя тобольского губернского суда Андроников, бывший советник того же суда Губарев, учитель тобольской духовной семинарии Знаменский, учитель тобольской гимназии Белорусцев, студенты, исключенные из Казанского университета, Семенов и Добродеев, директриса тобольского женского попечительного о тюрьмах комитета купчиха Пиленкова и учительница танцев Затопляева. Все эти лица заходили к Михайлову с дозволения тюремного начальства…Из показаний полицмейстера Кувичинского.
Преступник Михайлов содержался не на кандальном дворе, а во флигеле для подсудимых арестантов из дворян; но это было сделано по издавна заведенному порядку в тобольском тюремном замке, где отделялись преступники привилегированных сословий от простого. Давал ли он прямо приказания смотрителю замка Козакову о содержании Михайлова во флигеле подсудимых дворян, то он этого не помнит; но, может быть, и давал… Отдавал ли он приказание смотрителю расковать Михайлова по прибытии его в Тобольск, не помнит, но не отрицает, что мог и отдавать, уважая в преступнике дворянское сословие, к которому последний прежде принадлежал. В самый день отправления Михайлова из Тобольска к месту ссылки он дозволил ему быть в доме Ждан-Пушкина, откуда Михайлов отправился в Нерчинск, а не заковал его при отправлении потому, что не пришло это в голову.Из показаний тобольского губернатора Виноградского.
О послаблениях Михайлову он совершенно ничего не знал; сам же он не мог бы допустить их, потому что хорошо знает, что всякое послабление, оказываемое таким преступникам, как Михайлов, есть протест против правительства. Об этих послаблениях он не мог иметь даже частных сведений, потому что не имел никаких частных сношений с обществом; все время его поглощалось служебными занятиями, в которых он, как человек бедный, видел всю цель своей деятельности.Из показаний вице-губернатора Соколова.
Как председатель губернского правления, он постоянно занимался делами о преступниках; как директор попечительного о тюрьмах комитета, он постоянно бывал в тобольском тюремном замке для наблюдения за помещением арестантов, а как доктор (по образованию) считал своею обязанностью всегда помогать преступникам в их недугах, а Михайлова он сожалел как больного человека. Он видел в Михайлове не только больного, достойного сожаления, но и интересного субъекта для изучения со стороны науки; знал он его только по литературным трудам, и, в особенности, по его статьям о женщинах. На квартиру к себе Михайлова он, действительно, призывал для подаяния медицинского пособия; а так как Михайлов являлся к нему к 4 часам, то он оставлял его у себя обедать, но в 6 часов отправлял в замок, под присмотром полицейского чиновника, который его к нему и привозил. Что касается прощания с Михайловым за заставою, то происходило оно следующим образом: он поехал с женою своею, по случаю болезни последней, в загородный монастырь; но, не доезжая до монастыря, должен был возвратиться назад по причине усилившегося вдруг холода и ветра. На возвратном пути увидел он ехавшую по направлению от города повозку, но не знал, кто в ней сидит, а когда подъехал к ней, то увидел сидящего в повозке Михайлова и потому остановился проститься, причем отдал последнему бывшую е ним коробку с 5 рябчиками; но это было подаяние, которое закон не воспрещает давать преступникам и которое делается в России повсеместно.