Нашествие монголов, губительно отразившееся на всех сторонах общественной и государственной жизни России, не имело особенного влияния на развитие церковной жизни и, следовательно, и на положение духовенства, так как монголы отличались уважением к чужой религии, и некоторые из ханов не утратили своей религиозной терпимости, даже приняв мусульманство. Духовенство не платило дани монголам; церковные земли, люди, книги и вещи были объявлены неприкосновенными; за хулу на православную церковь полагалась смертная казнь. Хан Узбек расширил эти права духовенства, а именно: по всем делам, включая сюда и уголовный, церковные люди отвечали только перед судом митрополита. Поэтому развитие церковной жизни в монгольский период шло своим путем. С внешней стороны оно обнаружилось в ряде важных церковных событий, как то: перенесение митрополии из Киева сначала во Владимир, а затем в Москву, освобождение русской церкви от подчинения Константинопольскому патриарху, образование на юге отдельной киевской митрополии. С внутренней – в окончательной организации форм жизни духовенства. Так, в этот период в жизни черного духовенства наряду с общежительными монастырями слагается новый своеобразный тип монастырей, началом для которого послужила склонность русского народа к отшельничеству.
Монастыри по-прежнему были свободны от всяких повинностей в пользу государства. Количество монастырских угодий настолько увеличилось, что правительство начало подумывать об ограничении дальнейшего расширения монастырской земельной собственности. Но увеличение материального благосостояния монастырей вредно отразилось на нравственной стороне монастырской жизни. Падает дисциплина, многие монахи живут в частных домах. В монастырь идут, как в прибежище и избавление от государственных повинностей, чтобы избежать тягла и службы государству.
Три собора – Владимирский (1274 г.), Виленский (1509 г.) и Стоглавый (1551 г.) выработали ряд мер к тому, чтобы преградить доступ к занятию священнических мест лицам порочной жизни, малограмотным и несведущим.
Материальное положение низшего духовенства было весьма незавидным. Новых источников дохода по сравнению с домонгольским периодом не прибавилось, а расходы как в пользу государства, так в пользу высших духовных властей увеличились в невероятной степени. В пользу государства оно, несмотря на свое привилегированное положение, которое было признано и монголами, вносило все подати, падавшие на так называемые «черные» земли, участвовало в расходах на ратное дело, на городское строительство. С другой стороны, оставаясь тяглым по отношению к архиерею, оно должно было нести на себе бремя расходов на содержание архиерейского двора, которое тоже с течением времени возрастало, так как епископы в своей жизни подражали митрополиту, а двор митрополита по роскоши был похож на двор удельных князей. На этой почве часто происходили насилия, побоища и бунты. В монгольский же период рельефно наметилось и обособление духовенства от других сословий, и выделение его в отдельное сословие – духовное, которое вполне сложилось в последующие периоды жизни государства. Выделение духовенства из других сословий происходило постепенно и естественным путем. Духовенство более других сословий учило своих детей Священному Писанию и порядку отправления церковных служб, а потому именно в семьях духовенства всегда было наибольшее число кандидатов священства.
Положение высшего духовенства в этом периоде продолжает оставаться столь же почетным и высоким, как и в первый, домонгольский период. Высшее духовенство – епископы и митрополиты помогают светской власти при ее сношениях с татарами, при ближайшем участии духовенства пишутся княжеские грамоты, которые начинаются словами «по благословению отца нашего митрополита» и скрепляются митрополичьей подписью и печатью; митрополит разбирает ссоры князей, перед ним они заключают договоры между собой.
К концу монгольского периода привилегии высшего духовенства заметно сокращаются, что объясняется возвышением власти московского князя. В льготных грамотах митрополитам предоставляется уже меньше прав по сравнению с древними уставами и ярлыками. В своем отношении к митрополитам великие князья часто стараются проявить свое преимущество и власть над ними. Иоанн III за неподчинение и самостоятельность едва не отказал митрополиту Геонтию в кафедре, а Василий III заточил в монастырь митрополита Варлаама. При Иоанне IV митрополит Филипп умер насильственной смертью, и высшая церковная власть не могла протестовать против такого явного нарушения канонических правил, как женитьба Иоанна IV в 6-й раз. При Василии III и Иоанне IV нарушается обычай утверждения великим князем выбора церковного собора. И тот, и другой иногда назначают митрополитов самостоятельно, руководствуясь лишь своим желанием.