Весть о смерти молодого полководца-освободителя всколыхнула всю Рязанскую землю. Ненависть к царю Василию достигла предела, поскольку всем было ясно, что он приложил руку к гибели Скопина. Братья Ляпуновы решили свергнуть коварного убийцу. Они стали ссылаться с московскими боярами, которые, по их сведениям, не испытывали симпатий к Шуйскому. Их затею горячо поддержал князь В. В. Голицын, мечтавший о престоле. Прокопий же полагал, что престол следует отдать «царю Дмитрию» или тому, кто принял его имя. Однако переписка £ городами показала, что Тушинского вора почти никто не хочет считать государем. Нового царя следовало избрать общим советом — на Земском соборе.
После разгрома царских войск под Клушиным стало ясно, что ненавистного всем царя Василия пора ссадить с престола. Прокопий отправил к брату Захарию в Москву гонца с приказом действовать быстро и решительно. 17 июля 1610 года 3. Ляпунов во главе дворян отправился на Лобное место и заявил собравшимся москвичам, что время правления «шубника» закончилось. Все вместе они отправились в Кремль к царскому дворцу. Только патриарх Гермоген пытался их остановить, но его насильно вывели из Кремля. Сначала В. И. Шуйского с женой отвели на старый боярский двор, а потом и постригли в Чудовом монастыре.
Но последующие события стали разворачиваться не так, как планировал Прокопий. Земский собор для царского избрания собрать не удалось: под стенами Москвы стояли два грозных войска: Жолкевского и Лжедмитрия II. Из двух зол выбрали наименьшее — провозгласили новым государем королевича Владислава. В Смоленск для переговоров с королем отправилось представительное посольство. В его состав был включен Захарий Ляпунов.
Поначалу Прокопий не возражал против воцарения королевича и даже присылал продовольствие для польского гарнизона, обосновавшегося в столице. Однако от брата он вскоре узнал о том, что король Сигизмунд не собирался давать юного сына, а планировал сам завладеть Русским государством, лишив его национальной независимости. Чтобы поточнее выведать планы поляков, Захарий притворился их ярым сторонником и часто принимал участие в совместных застольях. Правда, потом король выяснил, что Ляпунов был тайным соглядатаем, и приказал его арестовать.
Получив известия от брата, П. П. Ляпунов решил действовать самостоятельно. Он начал рассылать по городам грамоты, в которых рассказывал о положении в стране и о тайных планах польского короля. Он разоблачал московских бояр, которые ради чинов и поместий предали интересы Отечества. Только Гермоген, как несгибаемый столп, один с помощью креста и веры отважился противодействовать врагам. Именем патриарха Прокопий запрещал русским людям целовать крест и приносить присягу Владиславу. Он призвал всех объединиться и очистить государство от интервентов.
Инициатива рязанца нашла отклик у многих городовых воевод. Они безоговорочно признали его лидерство и стали присылать в Переяславль-Рязанский своих представителей, чтобы поговорить о «добром деле и совете». В войско ополченцев приглашались даже холопы и крепостные: «А которые боярские люди крепостные и старинные, и те бы шли безо всякого сомнения, всем им воля и жалование будет».
Узнав о деятельности Ляпунова, московские бояре сочли ее крамольной и даже отправили к Рязани отряд казаков для наказания ослушника. В октябре 1610 года тем удалось взять Пронск и осадить рязанскую столицу. Но Прокопий был уже не один. Ему на помощь пришел зарайский воевода Д. М. Пожарский и отогнал московские войска. Патриарх Гермоген радостно приветствовал действия патриотов. Он дал им свое благословение и попросил поторопиться с освобождением Москвы, в которой хозяйничали интервенты. Получив от патриарха грамоту с рассказом о его бедственном положении, Ляпунов направил «седьмочисленным» боярам гневное письмо, в котором требовал прекратить гонения на православного пастыря и восстановить его в прежнем высоком статусе. Но эта грамота лишь ухудшила положение Гермогена — он был взят под стражу.
В начале 1611 года стало ясно, что патриотическое движение охватило многие центральные города. Все они поддерживали тесные контакты с рязанским воеводой. На февраль был назначен общий сбор. По плану Прокопия, следовало подойти к столице со стороны Коломны и Серпухова, хотя многие городовые дружины шли с севера: из Ярославля, Вологды, Костромы. Когда основное войско собралось, был создан военный совет из главных воевод. В него вошли: сам П. П. Ляпунов, тушинцы Д. Т. Трубецкой и И. М. Заруцкий, городовые воеводы Ф. И. Волконский, И. И. Волынский, Ф. Ф. Козловский, В. Ф. Мосальский и ряд других. Все они поклялись «стоять за один, быть в любви и братстве». Своей целью они ставила полное освобождение Русского государства от польских и литовских захватчиков во главе с королем Сигизмундом.