Образ жизни царевны Ксении, по традиции, был достаточно замкнутым, поэтому вряд ли она знала, что в русском обществе зреет недовольство ее отцом. Внешне это никак не проявлялось. Возможные соперники — бояре Романовы — постепенно почти все умерли в ссылке, аристократическая Боярская дума ни в чем не перечила царю, народ безмолствовал, в кремлевских покоях жизнь шла своим размеренным чередом.
Желая возвеличить себя на века, Борис приказал надстроить верх колокольни Ивана Великого и под куполом золотыми буками написать свое имя с полным титулом. На свободной территории началось строительство храма Святая Святых, точной копии Иерусалимского. Для его украшения из чистого золота отливались фигуры Иисуса Христа, ангелов и апостолов. Ксения с матерью активно занялись изготовлением для нового храма плащаниц, «воздухов» и пелен. Следовало подумать также о красивой церковной посуде, подсвечниках, канделябрах и прочей утвари. Вся семья надеялась, что замечательный собор прославит династию Годуновых во всем православном мире. Однако и этим замыслам не суждено было воплотиться в жизнь. В соседней Речи Посполитой самозванец Гришка Отрепьев уже вербовал войско для борьбы с царем Борисом.
Поначалу вся авантюра с Лжедмитрием казалась несерьезным и неопасным делом. Ведь многим было хорошо известно, что истинный царевич Дмитрий погиб много лет назад в Угличе. Ищейки патриарха Иова установили, что сыном Ивана Грозного назвался беглый чудовский монах Гришка Отрепьев. Удивляло, что польская знать, вопреки фактам, верила в истинность «царевича Дмитрия». Царь Борис несколько раз писал королю Сигизмунду о «ложном царевиче», отправлял к нему своих дипломатов. Но результата это не давало. Ведь главным было не то, как достоверно или не достоверно исполнял свою роль самозванец, а то, что зрители хотели ему верить. Обедневшая польская знать увидела в Лжедмитрии предводителя, который поведет ее грабить богатые русские города. В самой России было также немало людей, недовольных правлением тщеславного, мнительного и жестокого Б. Ф. Годунова. С помощью самозванца они могли отомстить за все обиды ненавистному царю и от нового получить чины и поместья.
Осенью 1604 года Лжедмитрий вторгся на русскую территорию. К нему сразу же стали переходить жители северских городов. Посланная против него царская армия долгое время не могла добиться успеха. По всему было видно, что внутри нее зреет измена. Борьба с самозванцем окончательно подточила и без того слабое здоровье царя Бориса. Ксения с тревогой замечала, что отец все чаще впадает в уныние, едва ходит, иногда надолго запирается с близкими родственниками Степаном Васильевичем и Семеном Никитичем Годуновыми. На эти тайные совещания не приглашался даже царевич Федор, которому приходилось постоянно замещать отца на заседаниях Боярской думы и приемах иностранных послов. Постепенно тревога наполнила царский дворец и прочно в нем обосновалась.
Давно замечено, что судьбоносные дни ничем не отличаются от простых и люди не могут заранее предугадать грядущего несчастья. 13 апреля 1605 года началось для всех кремлевских обитателей как обычно. Царь и царица проснулись рано и долго молились в своих крестовых палатах (небольшие помещения рядом со спальнями, в которых было много икон, ларцев с мощами святых, крестов) о даровании победы над Лжедмитрием. Потом все спустились в придворный Благовещенский собор к заутрене. Завтракали все отдельно, в своих покоях. Затем царь Борис с царевичем Федором отправились на заседание Боярской думы. Мария Григорьевна пошла в поварню, чтобы распорядиться насчет обеда к нему были приглашены иностранные гости, и следовало подумать об изысканной сервировке стола и особых блюдах. Ксения в своей светлице продолжила вышивать новый покров для подарка одному из монастырей. Во второй половине дня во дворец прибыли иностранные дипломаты и купцы, с которыми царь хотел обсудить за обедом ряд важных вопросов. Яства, как всегда, были вкусными, вина — самыми лучшими. Поэтому все много ели и пили, произнося тосты за царское здоровье и победу над всеми супостатами. Борис был весел и радушен.