Однако, когда гости разъехались, царь почувствовал дурноту. Внезапно из носа, рта и ушей у него хлынула кровь. Среди придворных началась паника, прибежали врачи, но смогли лишь уложить больного на кровать. Тот, чувствуя, что умирает, стал просить немедленно его постричь. Когда из царя он превратился в инока Боголепа, было разрешено войти в спальный покой жене и детям. Мария Григорьевна и Федор изо всех сил старались сохранить спокойствие. Ксения же была в полуобморочном состоянии. Слезы непрерывным потоком лились из ее глаз, и с этим она ничего не могла поделать. Слабеющим голосом умирающий благословил домочадцев и тихо угас. Тут только все смогли дать волю чувствам и громко зарыдать. Родственники, быстро собравшиеся во дворец, как могли, утешали вдову-царицу и осиротевших Федора и Ксению. Но времени на скорбь и печаль не было. Следовало брать власть в свои руки. В этот же день было официально объявлено о смерти царя Бориса и воцарении царицы Марии Григорьевны, царя Федора Борисовича и царевны Ксении. Русские люди должны были целовать им крест и клясться верно служить. Многие вполне искренне это вскоре сделали.
Похороны прошли необычайно пышно. За великолепно украшенным катафалком шли одетые в траур и громко рыдавшие Мария Григорьевна с Федором и все Годуновы. Ксения, будучи на выданье, прилюдно появляться не имела права. Поэтому она простилась с отцом дома. Многие москвичи также горько плакали, боясь неизвестного будущего. Гроб с телом Бориса положили в приделе Архангельского собора рядом с гробницами Ивана Грозного, царевича Ивана Ивановича и царя Федора Ивановича, правда, пролежал он там недолго. Траурные мероприятия продолжались шесть недель. За это время нищим и убогим было роздано несколько десятков тысяч рублей. Все известные монастыри и храмы получили щедрые вклады на помин души умершего монарха. Новые правители полагали, что вместе с ними скорбит вся держава, и совершенно забыли об угрозе с Запада, о своем опасном сопернике.
А Гришка Отрепьев не дремал. По всему государству скакали его эмиссары с «прелестными грамотами». Они убеждали простых людей в том, что настоящий царский сын жив и хочет занять свой отчий трон. Многие тут же согласились влиться в самозванческую армию и покончить с узурпаторами Годуновыми. Но Ксения, ее мать и брат, видимо, были далеки от всего этого. Они полагали, что давшие им клятву подданные будут верны до конца. К тому же они думали, что венчание Федора на царство окончательно закрепит за ним трон. В итоге Годуновы оказались совершенно не готовы ни к борьбе с самозванцем, ни к измене подданных, ни к восстанию против них москвичей.
Тем временем известие о смерти царя Бориса привело к тому, что стоящее под Кромами войско перешло на сторону Лжедмитрия. Попытавшиеся организовать оборону в районе Серпухова московские стрельцы были смяты своими же войсками. Оборонять царицу Марию Григорьевну, Федора и Ксению стало некому. 1 июня в Москву смело въехали два дворянина с грамотами от Лжедмитрия. Они собрали на Лобном месте народ и зачитали послание «истинного сына» царя Ивана Васильевича, в котором тот призывал простых людей встать на его сторону и схватить и держать в заточении Годуновых, незаконно захвативших власть. Москвичи с воодушевлением восприняли обращение «царя Дмитрия» и тут же бросились в Кремль громить узурпаторов.
Трудно поверить в то, что ни Мария Григорьевна, ни Федор, ни Ксения не знали о том, что происходит в городе. Ведь они были не одни, а в окружении многочисленных родственников и слуг. Тем не менее они ничего не сделали для своего спасения. Ворота Кремля были гостеприимно распахнуты, стражи не было даже у дворца. Может быть, царица и ее дети искренне верили в свою правоту, невиновность и Божью защиту? Поэтому только молились и просили Христа быть им судьей. Но, как известно, только «береженого Бог бережет». С яростью москвичи ворвались в царский дворец, схватили не сопротивляющихся Федора, Марию Григорьевну и Ксению и, посадив на водовозную телегу, под улюлюканье и оскорбления толпы отвезли на старый боярский дом в том же Кремле. Там пленников заперли в одной из комнат и поставили стражу. Федор и Мария Григорьевна стоически перенесли этот позор и пленение. Ксения же тихо плакала и лишь повторяла: «За что? За что?» Происшедшее так ее убило, что она даже не могла молиться. Упав на лавку, она забылась тревожным сном.