В маленьком северном монастыре монахиня Ольга наконец-то смогла вволю наплакаться, скорбя и по умершим родственникам, и по своей несчастной доле. Совсем еще недавно она имела все: любовь родителей и брата, богатство, честь, красоту, молодость. Ее женихами были принцы из европейских королевских домов. Но по воле судьбы она лишилась всего и оказалась одна-одинешенька в убогой келье всеми забытой обители. Только молитвы, чтение священных книг, пение и рукоделие спасали молодую монахиню от полного отчаяния. Но в Москве о Ксении-Ольге не забыли, и ее пребывание в северном монастыре оказалось недолгим.
После женитьбы Лжедмитрия на католичке Марине Мнишек недовольство московской знати достигло предела. Против самозванца был организован заговор: он был свергнут и убит. Новый царь, Василий Шуйский, чтобы убедить простых людей в обоснованности и законности государственного переворота, устроил несколько акций по разоблачению самозванчества «царя Дмитрия» с демонстрацией его жестокости и еретических наклонностей. Одной из них стало перезахоронение останков царя Бориса и его семьи — жертв произвола самозванца. Для участия в нем монахиню Ольгу уже летом 1606 года перевезли из Белозерья в Москву.
Хотя Ксения никогда не была мстительной, но ее обрадовало, что Гришка Отрепьев свергнут с престола и вся его авантюра разоблачена. В Москву она возвращалась с легким сердцем. Однако очень скоро ее постигло горькое разочарование. Оказалось, что перенос останков ее родственников был очередной мистификацией, но теперь уже Василия Шуйского. Он официально объявил, что истинный царевич Дмитрий был убит по приказу ее отца Бориса Годунова, поэтому как цареубийцы ни отец, ни мать, ни брат Федор не достойны быть похоронены в царской усыпальнице — Архангельском соборе. Но, поскольку они пали от рук палача Гришки Отрепьева, то могут быть перезахоронены в Троице-Сергиев монастырь.
Это было, конечно, лучше, чем в убогом Варсонофиевском, но Ксению возмутила наглая ложь Василия Шуйского, который сам когда-то возглавлял Угличскую следственную комиссию и прекрасно знал, что ее отец не имел никакого отношения к смерти царевича Дмитрия. Однако новый царь не желал реабилитировать своего предшественника. Во-первых, царевича Дмитрия, как самоубийцу, нельзя было объявлять святым и с помощью его чудотворных мощей разоблачать нового самозванца. Во-вторых, всех сосланных Годуновых следовало бы тогда вернуть на прежние должности и с прежними земельными владениями, которые уже давно были розданы другим представителям знати. Свой прежний статус царевны должна была получить и Ксения. Но во дворце она уже была никому не нужна, и места там для нее не было. С Василием Шуйским к власти пришли его родственники и приближенные. Им нужны были новые дома в Кремле и обширные земли. Все это Ксении обстоятельно объяснила ее тетка по линии матери Екатерина Григорьевна, жена Д. И. Шуйского, брата нового царя. Поэтому бедной монахине пришлось вновь смириться и выполнить ту роль, которая была ей отведена «сильными мира сего».
Перенос останков Годуновых превратился в особое зрелище для простых горожан. К Варсонофиевскому монастырю подвезли три затянутых черной материей повозки. На них установили гробы царя Бориса, его жены и сына Федора. Новый патриарх, Гермоген, освятил все действо. Царь Василий выступил с речью о злодеяниях самозванца Гришки Отрепьева. Ксения-Ольга плакала и причитала: «Горе мне, бедной, горькой, покинутой сироте! Наглый вор, плут и изменник, назвавшийся Дмитрием, истинный обманщик и соблазнитель, погубил моего отца, мать, брата и всех родственников и друзей!» Горькие рыдания прекрасной монахини вызывали у всех слезы искреннего сочувствия. Хитрый царь Василий видел, что задуманная им акция дает свой результат. Вполне вероятно, что именно после нее в народе были сочинены песни-плачи о горькой судьбе царевны Ксении. Повозки с гробами медленно двинулись в сторону Троице-Сергиева монастыря. За ними в закрытой черной карете поехала и царевна. Она решила навсегда переселиться в монастырь, где будут могилы ее родителей и брата.