Из этой почти безвыходной ситуации еще можно было спастись. Взбунтовавшиеся москвичи вскоре пресытились погромами, своей яростью и многочисленными спиртными напитками, которые они обнаружили в царских подвалах. Из винных бочек выбивались днища, после этого заморские напитки черпали шапками, сапогами и башмаками. Напившись, погромщики тут же засыпали в обнимку с бочонками. Уже ночью сложилась подходящая обстановка для бегства. Но Федор твердо заявил, что бежать — значит признать себя виновным и неправым и пойти на поводу у обманщика-самозванца. Честный юноша этого себе позволить не мог. Хотя Ксения умирала от страха и желала очутиться подальше от Кремля, но с доводами брата была вынуждена согласиться. Оставалось ждать дальнейших событий.
Тем временем погромщики нашли в одном из подвалов восковую фигуру ангела, служившую моделью для отливки золотой статуи. Невиданное изображение повергло многих в изумление. Наиболее пьяные завопили, что именно такая же фигура была положена в гроб вместо царя Бориса. Сам же он, видимо, бежал за границу. Это послужило сигналом к тому, чтобы броситься громить гробницу недавно похороненного царя. Его тело выкинули из царской усыпальницы и со всевозможными надругательствами перетащили в маленький и бедный Варсонофиевский монастырь на окраине города, а по дорогам на всякий случай отправили стражников для поимки возможно сбежавшего царя Бориса.
Вскоре в Москву прибыли посланцы Лжедмитрия — бояре В. В. Голицын, В. М. Мосальский и несколько дворян. Им было поручено решить судьбу пленных Годуновых и приготовить все необходимое к въезду в город «законного государя». Для самозванца Мария Григорьевна и Федор были соперниками, от которых следовало избавиться. Ксения же не представляла угрозы, напротив, вызывала у него большой интерес, поскольку слыла необычайной красавицей и умницей. Поэтому посланцем было приказано первых убить, царевну оставить в живых, на забаву «царевича».
7 июня в дом, где содержались под стражей плененные Годуновы, ворвались стрельцы, руководимые Голицыным и Мосальским. Они вывели Ксению в другое помещение, а потом набросились на Марию Григорьевну и Федора. Царица тут же упала бездыханной, а Федор не желал сдаваться без боя. Но все же силы были неравными, и он был убит. Москвичам было объявлено, что Мария Григорьевна с царевичем от страха перед законным государем отравились, а царевну удалось спасти. Трупы без всяких почестей, как самоубийц, отвезли в Варсонофиевский монастырь и захоронили подле Бориса. Ксения же превратилась в пленницу в доме В. М. Мосальского. Вскоре бедная девушка поняла, как ужасна участь — быть поруганной Гришкой Отрепьевым и стать его наложницей. Для царской дочери, воспитанной в чистоте и благочестии, это было хуже смерти. Но помочь ей уже никто не мог. Все оставшиеся в живых родственники были схвачены и помещены в тюрьмы. Немногочисленные сторонники отца в страхе затаились. Остальные с радостью ждали приезда «царя Дмитрия».
20 июня под перезвон всех московских колоколов самозванец въехал в столицу. Для несчастной Ксении этот звон был погребальным. Только на миг ей показалось, что Бог услышал ее молитвы. Когда Гришка Отрепьев въехал на мост через Москва-реку, внезапно большая туча закрыла солнце, поднялся сильный вихрь, запорошивший всем глаза. Но ни молнии, ни грома, которые должны были поразить обманщика, не последовало, и он благополучно достиг Кремля. Правда некоторые особенно боязливые и богомольные люди запомнили небесное знамение и стали ожидать от правления нового царя только несчастий. И они в конце концов оказались правы. Не сразу, а только почти через год унижений и мучений Бог внял молитвам несчастной царевны.
В доме новоиспеченного боярина Мосальского Ксении даже не позволили оплакать близких. Ей было велено красиво одеваться и ждать визита того, от кого зависела вся ее дальнейшая жизнь. Как только отгремели пиры и празднества, связанные с «благополучным возвращением отцовского престола», Лжедмитрий вспомнил о своей прекрасной пленнице и отправился в дом князя Мосальского. Желая произвести на Ксению хорошее впечатление, он постарался приукрасить свою неказистую внешность: надел высокую шапку с пышным мехом и драгоценными камнями, на свой крепкий и мускулистый торс натянул парчовый кафтан, поверх которого накинул на европейский манер богато расшитый плащ. Поскольку рост его был ниже среднего, то на ноги он надел сапоги на каблуках. Лицо у него было чисто выбрито, волосы, рыжие и жесткие, коротко острижены. Последнее было сделано для того, чтобы прежние знакомцы не признали в нем монаха Гришку Отрепьева.