26 октября царь Борис лично навестил больного Иоганна, хотя это было небезопасно для его собственного здоровья и не полагалось по придворному этикету. Вид исхудавшего и пылавшего от жара юноши поверг его в глубокое уныние и тоску. Вернувшись во дворец, он горько заплакал и стал искренне сожалеть о том, что из-за его честолюбивых замыслов погибает юный отпрыск королевского дома. Вместе с отцом зарыдала и Ксения. Ей также было очень жаль своего красивого жениха. Ведь им даже не удалось познакомиться. 28 октября Иоганн скончался. Печаль охватила не только царский дворец, но и всю столицу. Веселый и красивый принц был симпатичен многим. Ксения надела траурные одежды и заперлась в своем тереме. Участвовать в похоронной церемонии ей было не положено. Поскольку гость не успел принять православие, то хоронить его следовало по протестантскому обряду, в кирхе Немецкой слободы. Везти его тело в осеннюю распутицу в Данию не представлялось возможным. Врачи, решившие забальзамировать тело для лучшей сохранности, были удивлены странному темно-лиловому цвету его кожи, особенно на ногах. У некоторых возникло подозрение, что принц был отравлен каким-то медленно действующим ядом. Возможно, в его смерти были повинны какие-то тайные недруги царя Бориса, не желавшие укрепления его трона с помощью династического брака дочери.
Для погребения приготовили три гроба: из ели, меди и дуба; еловый поставили в медный, медный — в дубовый. Последний был обтянут черным бархатом и по ребрам окован серебряными пластинами. На крышку прибили серебряное распятие, изображение отцовского и материнского гербов и пластину с именем и годами жизни принца. В день похорон у дома Иоганна собралась вся знать и иноземцы. Прибыли и царь Борис с царевичем Федором. Пешком они проводили процессию до поворота, потом сняли шапки и поклонились три раза до земли в сторону колесницы, на которой стоял гроб, хотя это и не было положено по этикету. За всем этим со слезами на глазах наблюдала Ксения с матерью из потайной башенки. Ей хотелось громко зарыдать, но сделать это она не смела. Со смертью принца рушились ее планы на удачный и счастливый брак. О других возможных женихах ей даже не хотелось слышать.
Для москвичей похороны Иоганна представляли невиданное зрелище. Впереди вели восемь коней, покрытых черными бархатными попонами, затем шли три датских дворянина с тремя гербами принца. Далее несли его корону и скипетр, за ними 20 дворян несли по гербу и черной зажженной свече. Следом ехали трое верховых с тремя знаменами с гербами, за ними — трубачи и барабанщики. Наконец, двигалась траурная колесница, запряженная в четверку вороных коней. За ней адмирал нес гербы Дании, Норвегии и Готии, где правили родственники его отца и матери. Процессию замыкали придворные принца и русские бояре и дворяне. Иоганн был похоронен внутри кирхи; лишь много позднее его гроб был перевезен на родину.
Смерть датского принца произвела в Европе неприятное впечатление. Многие стали поговаривать, что Иоганн был отравлен и что при дворе Бориса Годунова не все благополучно. В этих условиях найти нового жениха-иностранца было сложно. Кроме того, отцу приходилось торопиться, поскольку девичий век был достаточно короток — Ксении было уже 20 лет. К тому же пришло время и для женитьбы царевича Федора. Наследник престола нуждался в достойной партии. Породниться же с кем-нибудь из русской знати тщеславному Б. Ф. Годунову не хотелось. Он решил пойти по пути Ивана Грозного и поискать будущих родственников на Кавказе. Туда было отправлено русское посольство во главе с М. И. Татищевым. В помощь ему были даны 40 слуг и охрана. Послам следовало посетить несколько закавказских княжеств и доехать до Кахетии, принявшей русское подданство. Сначала их путь шел вниз по Волге, далее к русским крепостям на Тереке. Однако Татищев обнаружил, что многие кавказские княжества малы, бедны и до сих остаются языческими. Найти в них невесту для Федора было невозможно. Только в Кахетии русских послов ждала удача. Сын грузинского государя Александра Теймураз был не прочь посвататься к царевне Ксении. Он исповедовал православие, был достаточно молод и хорош собой. К тому же д ля русского царя было выгодно родство с грузинскими правителями, чтобы закрепить свои позиции на Кавказе. Но и этому браку не суждено было состояться. Пока шли переговоры, у царя Бориса появился очень опасны враг — самозванец, назвавшийся именем давно умершего царевича Дмитрия. В этих условиях Теймураз не рискнул приехать в Россию.
Таким образом, несмотря на все усилия царя Бориса, за шесть с небольшим лет своего царствования он не смог найти для дочери достойного супруга. К моменту его смерти в апреле 1605 года Ксении уже было 23 года, и, по меркам того времени, для невесты она была уже старовата.
Во власти Лжедмитрия