В конце апреля из Москвы пришла печальная весть о внезапной кончине князя-освободителя М. В. Скопина-Шуйского. Некоторые монахини за спиной Ольги шепотом поговаривали, что полководец был отравлен на пиру Екатериной Григорьевной, ее теткой. Отравительница действовала в интересах своего мужа, князя Д. И. Шуйского. Он был родным братом царя Василия и стремился занять ведущее положение при дворе. М. В. Скопин-Шуйский был для него соперником, которого следовало оттеснить от престола. Получалось, что жена оказала ему неоценимую услугу. Эти известия больно задели Ольгу, но опровергнуть их она не могла. Не желая слушать сплетниц, она была вынуждена закрыться в своей келье и полностью отрешиться от мира, но ее затворничество продолжалось недолго. 17 июля 1610 года стало известно, что дворяне свергли царя Василия Шуйского и постригли в монахи вместе с молодой женой Марией Буйносовой. Власть взяли семь наиболее видных бояр. Это было чем-то непонятным и доселе неслыханным. Московские новости испугали всех монахинь. Возникал вопрос: кто же теперь будет их охранять и защищать? Последующие события показали, что их страх был вполне обоснованным.
Уже в августе к Москве двинулись полчища нового врага — польского короля Сигизмунда III, который решил воспользоваться Смутой и поживиться за счет русских территорий. Его ведущий полководец гетман Жолкевский разбил остатки царских войск и, не встречая отпора, вскоре подошел к Новодевичьему монастырю. Защищать его было уже некому. В страхе все монахини, включая и Ольгу, стали ждать поругания и неминуемой гибели. Однако Жолкевский предпочел вступить в переговоры с боярским правительством и предложил избрать на вакантный престол польского королевича Владислава. Эта перспектива показалась многим заманчивой, поскольку с другой стороны Москве угрожали шайки Лжедмитрия II, превратившиеся в настоящих грабителей и разбойников. Для всех принц крови был много предпочтительнее безродного авантюриста, прозванного Тушинским вором. Поэтому на этот раз беда миновала Новодевичий монастырь и его обитательниц. Никакого зла поляки им не сделали. Вскоре часть из них вернулась под Смоленск к королю, а часть была введена в Москву для ее защиты от самозванца. Переговоры об избрании Владислава на престол были продолжены.
Однако через некоторое время оказалось, что Сигизмунд III передумал посылать своего юного сына в Москву. Видя слабость Русского государства, он вознамерился силой присоединить его к своей короне. Отправленных к нему русских послов он арестовал и вынудил гарнизон Смоленска сдать город. В столице поляки начали наводить свои порядки. Страна оказалась на краю гибели. Но русские люди не желали сдаваться. Призываемые к новой борьбе патриархом Гермогеном, они начали создавать народное ополчение. Одним из главных руководителей патриотического движения стал рязанский воевода Прокопий Ляпунов. К нему присоединились не только отряды из многих городов, но и бывшие тушинцы: Д. Т. Трубецкой и казачий атаман И. М. Заруцкий, которые после гибели на охоте Лжедмитрия II были не у дел. Общими усилиями они смогли освободить от поляков часть Москвы, носившую название Белый город. Боярское правительство и оставшаяся часть гарнизона оказались в блокадном кольце.
Таким образом, рядом с Новодевичьим монастырем расположился лагерь ополченцев. Первое время это соседство не причиняло монахиням большого беспокойства. Во главе патриотов стояло правительство — «Совет всей рати», державшее казаков в узде и следившее за порядком. Однако атаману Заруцкому и его дружкам дисциплина была не по нутру. Им удалось настроить казачий Сход против Прокопия Ляпунова и убить его. В лагере началась полная анархия, казаки вспомнили о богатой обители и решили поживиться за счет монастырского имущества и знатных постриженниц. Ведомые Иваном Заруцким, они ворвались в монастырь и занялись грабежами. Сразу же была разворована ценная церковная утварь. С чудотворных икон сорвали дорогие оклады, из гробниц выломали золотые и серебряные кресты, из церквей вынесли всю ценную утварь. Ольга с Марфой заперлись в своих кельях, надеясь, что казаки их не найдут. Но все было напрасным, их обнаружили, и все украшения, ценная одежда и посуда стали добычей разбойников. Молодых и красивых монахинь ждала еще более печальная участь. Грабители надругались над ними и увели в табор для своей утехи.