Митр. Иона поставлен русскими епископами – по избранию великого князя, по совету с в. к.матерью, с братьями, всеми русскими князьями, духовенством и боярами568. И после него преемство на митрополии внешне определяется благословением преемника митрополитом-предшественником, а по существу выбором великого князя. При новом укладе всего политического строя значение митрополита далеко не то, что было при Петре и Алексее. Русский митрополит, независимо от степени его личного влияния, служит своим авторитетом светской власта, являясь послушным орудием ее политики. Вся пастырская деятельность митр. Ионы тесно сплетена с этой политикой, и он выступает с посланиями от своего имени и от имени всего освященного собора – то для укрощения мятежного Дмитрия Шемяки, то для усмирения буйных вятичей, то для внушения вольному Пскову покорности их «отчичу и дедичу». Авторитет священного сана ставил митрополита высоко в строе общественных отношений. Но избираемый великим князем из людей, ему подвластных, бессильный перед вотчинной властью государя, он лишен устойчивых правовых гарантий своего положения. Как поставление на митрополию по канонической форме соборного деяния свелось к простому выполнению решения светской власти, так великий князь мог довести митрополита до мнимо-добровольного отречения или до низложения по постановлению покорного епископского собора. Третий из митрополитов в правление Ивана III, преемник Феодосия и Филиппа, Геронтий испытал на себе всю тягость зависимого положения. Так, в споре о хождении крестным ходом «посолонь» или против солнца, который поднялся по поводу освящения вновь отстроенного Успенского собора, в деле церковно-обрядовом личное мнение в. к. Ивана, противоречившее и русской старине, и греческому обычаю, года на два оставило новые церкви без освящения, довело митрополита до бегства с митрополии в монастырь, а кончилось компромиссом, ибо великий князь хоть и уступил ввиду поддержки митрополита всем духовенством, кроме двух-трех лиц, но не допустил уставного постановления по спорному вопросу. Так, в споре ростовского епископа Вассиана с митр. Геронтием по поводу изъятия Кирилло-Белозерского монастыря из-под епископской власти в. к. Иван выступает властным руководителем церковного собора, причем каноническая функция этого собора не умаляет, как и в деле поставления на митрополию, зависимости церкви от светской власти: великий князь «повелевает» быть собору, ставить ему задание, властно входит в его делопроизводство, сообщает его решениям правовую силу своим утверждением. Так, в 80-х годах в. к. Иван пытался использовать временное удаление митр. Геронтия по болезни в монастырь, чтобы заменить его на митрополии другим лицом, «не восхоте его», когда митрополит решил вернуться на митрополию; но Геронтий «неволею не остави митрополии», хотя его «имали» силою и водворяли обратно, когда он «многажды» убегал из монастыря; только отказ продолжать недостойное состязание со стороны великокняжеского кандидата, Паисия Ярославова, заставил в. к. Ивана вернуть Геронтию его кафедру. Все эти эпизоды малозначительны, но они характерно освещают стремление великокняжеской власти водворить поистине вотчинный абсолютизм и в управлении церковными делами. Проба сил не всегда была для нее удачной. Приходилось отступать перед святостью сана, церковным каноном, святоотеческим преданием, приспособляясь к роли их защитника и покровителя. Русская церковь, как и русское общество, подлежала еще долгому перевоспитанию, пока вошла в новый строй отношений.
Таково было положение великокняжеской власти в отношении церкви и в том важнейшем для нее вопросе, который надолго взволновал Московскую Русь, – в вопросе о церковном землевладении. Коснусь только некоторых его принципиальных сторон, поскольку он связан, как и все отношение великокняжеской политики к землевладению, с основным процессом собирания власти.