Объединение власти над всей Великороссией в руках единого вотчича на всех великих княжениях возводило его в положение
Московская смута, поставление на митрополию грека Исидора, дело о Флорентийской унии затянули на полтора десятка лет по смерти митр. Фотия тягостное и неопределенное положение дел русской митрополии. После низложения Исидора и его бегства осенью 1441 года во главе церковного управления встал нареченный митрополит Иона. Тяжелые времена напряженной внутренней борьбы, сложное международное положение и помимо церковных дел, запутанных судьбами унии, побуждали к решительной попытке обеспечить национальный характер и политическую надежность митрополии. В Москве остановились на решении выполнить избрание и поставление митрополита у себя, на Руси, но на первых порах искали возможности добиться права на этот акт с согласия Константинопольской церкви561.
Но от такой попытки пришлось отказаться, и московские власти пришли, не без колебания и борьбы с внутренними разногласиями562, к решению поставить митрополита собором русских епископов; поставление это и состоялось 15 декабря 1448 года563. Восстановление московского характера митрополии было наконец достигнуто. Митр. Иона явился восстановителем и завершителем традиций митр. Петра и Алексея, что и выдвинуто торжественным причислением Алексея к лику святых; Иона стал затем третьим святым московским митрополитом564. В памяти трех своих святителей Москва прославляла и освящала главные моменты и конечное торжество своей церковно-политической тенденции. Со времен Ионы митрополия входит органически в строй Московского государства; она встала во главе национальной поместной церкви ценой временного разрыва с Константинопольской патриархией, но выдержала и это испытание, поддержав связи с Греко-восточной церковью путем сношений с патриархом Иерусалима565.
На первых порах митр. Ионе удалось сохранить под своей властью и западнорусские епархии. Его поставление совпало с переговорами о мире между великими князьями московским и литовским; вопрос о единстве митрополии был в них поставлен и проведен, и в начале 1451 года Иона получил от в. к. Казимира грамоту на «столец митрополич киевскый и всея Руси»566. Но в 8-м году XVI века поставление на литовско-русскую митрополию Исидорова ученика Григория папой Калликстом III положило начало окончательному разделению митрополии567. Северная митрополия утратила перед великокняжеской властью внешнюю опору в тесной связи с Константинополем и более широких политических интересах и зажила местной великорусской жизнью – в мечтах и стремлении вернуть прежние, более широкие пределы своей церкви как всероссийской путей подчинения Москве русских областей, вошедших в состав польско-литовской Речи Посполитой. Судьбы и интересы церкви и государства великорусских слились. Падение Константинополя убило расшатанный авторитет греков, довершило фактическую автокефальность Русской церкви; и в ту же пору слагалась и крепла независимость Руси от татар, завершенная при Иване III утверждением внешнего самодержавия Великорусского государства.