В начале 1923 г. Сакен Сейфуллин возглавил организацию по проведению в Оренбурге торжественного собрания, посвященного 50-летию Ахмета Байтурсынова. На открытии собрания в своей речи он сказал: «Ахмет Байтурсынов — националист, по-настоящему любящий свою нацию. Из-за любви к своей нации он состоял в партии „Алаш“, по этой же причине, думая о судьбе своего народа, стал и коммунистом. Мало писателей национал-патриотов, любящих казахов по-настоящему, независимо от того, бедный он или богатый. Для казахов, чья литература бедна, он написал большой труд „Методы просвещения и языкознания“» (газета «Енбекшил казах», 30 января 1923 года).
После смерти Ленина Сейфуллин возглавляет делегацию Казахстана на его похоронах в Москве. После похорон выходит его статья в «Известиях» «В. И. Ленин и пробуждающийся Восток».
В ноябре 1924 г. Сейфуллина освобождают от должности главы правительства республики, осуждению подвергаются его лучшие произведения: «На пути к счастью», «Неукротимый скакун» и «Красные соколы».
В начале 1925 г. Сейфуллин, надеясь на поддержку Сталина, написал ему письмо, направленное против бывших алаш-ордынцев, в котором предупредил вождя о расколе в рядах киргизских большевиков. Он привёл в письме некоторые заявления правых, которые, по его мнению, доказывают отклонение бывших алаш-ордынцев от правильного пути.
7 апреля 1925 г. был назначен председателем академического центра при Казнаркомпросе.
С назначением 1-м секретарем ЦК Компартии Казахстана Филиппа Исаевича (Шая Ицикович Кукович) Голощекина (один из организаторов расстрела семьи императора Николая II и основной виновник голода в Казахстане 1932–1933 гг. (по некоторым оценкам от голода умерли более 1,5 млн. человек)) проблемы Сейфуллина усугубились.
Видимо желая угодить своим партийным боссам, он публикует поэму «Советстан».
В мае 1926 г. Сейфуллина назначают заведующим истпарта Казкрайкома ВКП (б). Истпарт — Комиссия по истории Октябрьской революции и РКП (б).
В декабре 1926 г. Сакен женился, его женой стала Гульбаhрам Батырбекова, которая училась в партийно-советской школе в Кызылжаре. Судя по имеющейся информации — это была глупая женщина. Старшая дочь Сейфуллина Лаура умерла из-за того, что Гульбаhрам с ребенком, поверив слухам о встречах Сакена с другой женщиной, поехала с маленьким ребенком в Москву, где та заболела и скоропостижно скончалась. После ареста Сакена Гульбаhрам ходила по чиновникам с целью добиться встречи с ним. В результате НКВД отправило ее с сыном Аяном в АЛЖИР. По дороге в лагерь мальчик заболел и умер. Сама Гульбаhрам отсидела в АЛЖИРе 7 лет.
В 1927 г. Сейфуллин был назначен ректором Кзыл-Ордынского института народного просвещения. Под его редакцией выходит альманах «Жыл құсты» («Первая ласточка»), составленный из произведений казахских писателей.
С мая 1928 г. Сейфуллин лектор Ташкентского казахского педагогического института, руководитель литообъединения казахской молодёжи, руководитель Казахского института просвещения. С августа 1929 г. доцент кафедры казахской литературы Казахского педагогического института.
После того, как на страницах различных изданий Сейфуллина обвинили в создании группы «сейфуллинцев», он опубликовал 2 сентября 1929 г. в газете «Енбекши казах» письмо-покаяние «О моих ошибках», в котором говорил, что «ошибался, когда шел вразрез с партией».
В 1931–1932 гг. Сакен Сейфуллин издал учебник «Казахская литература» и сатирический роман «Биздин турмыс» («Наш быт»). В 1932 г. в возглавляемом им журнале «Казак адебиети» («Казахская литература») были опубликованы отрывки из поэмы «Кызыл ат» («Красный конь»).
Позднее, по словам литературоведов, два последних произведения стали считаться трудами, в которых автор иронизировал над первым секретарем крайкома партии Филиппом Голощекиным, который, в свою очередь, скрытно преследовал Сакена Сейфуллина.
В начале 1934 г. Сакен Сейфуллин начал работать в Казахском научно-исследовательском институте национальной культуры (ныне — Казахский научно-исследовательский институт культуры). Под его руководством в институте стали создаваться секторы — историко-археологический; литературы и фольклора; лингвистики (по изучению казахского, уйгурского и дунганского языков); изобразительных искусств; музыки и хореографии; театра и кино.
12 июня 1934 г., за три месяца до открытия первого съезда писателей СССР, состоялся Первый съезд писателей Автономной Казахской Республики (входившей в то время в состав Российской Федерации), который объединил всех благонадёжных литераторов в Союз советских писателей Казахстана. Вступительное слово Сакен Сейфуллин произнёс как основатель Союза. Первым председателем был избран Ильяс Джансугуров.
В августе-сентябре 1934 г. участвовал в работе Первого Всесоюзного съезда советских писателей.
С сентября 1934 г. Сейфуллин профессор Казахского коммунистического института журналистики.
В 1935 г. он издал поэму «Социалистан» и повесть «Айша». Участвовал в декаде казахской литературы и искусства в Москве.