Принцип федерального (вертикального) построения данной службы являлся наиболее оптимальным и обеспечивал наибольшую эффективность в борьбе с преступными сообществами, обладавшими межрегиональными и международными связями. Руководители государственных органов края, области, республики уже не могли беспрепятственно оказывать негативное влияние на работу сотрудников, осуществлявших раскрытие организованных преступлений, к которым зачастую местные чиновники или их знакомые имели отношение.
В соответствии с принятым Верховным Советом РСФСР 18 апреля 1991 года Законом «О милиции» оперативно-розыскные службы выводятся из подчинения органов исполнительной власти, и они стали подчиняться только по «вертикали». Такое положение затрудняло вмешиваться законодательным и исполнительным органам государственной власти, не имеющим на то полномочий, в работу оперативных служб. Это позволяло объективно проводить раскрытие и расследование преступлений, совершаемых организованными формированиями, в том числе имеющими коррумпированные связи в органах власти и управления.
Закон предоставлял право работникам милиции при наличии данных, свидетельствующих о нарушении правовых норм, регулирующих финансовую, хозяйственную, предпринимательскую и торговую деятельность, беспрепятственно входить в помещения предприятий, учреждений, организаций независимо от подчиненности и форм собственности. Также проводить осмотр производственных, складских, торговых и иных служебных помещений, транспортных средств. Изымать необходимые документы на материальные ценности, денежные средства, кредитные и финансовые операции. Осуществлять контрольные закупки, требовать обязательного проведения проверок, ревизий производственной и финансово-хозяйственной деятельности предприятий, учреждений. Получать от должностных лиц сведения и объяснения по фактам нарушения законодательства. Приостанавливать до устранения допущенных нарушений деятельность предприятий торговли, граждан, осуществляющих предпринимательскую деятельность в сфере торговли, в случаях неисполнения ими законного требования работников милиции.
Наличие указанных прав у сотрудников оперативных служб затрудняло безнаказанно совершать различного рода преступления в сфере экономической деятельности. Спустя некоторое время коммерческие структуры, осуществлявшие свой бизнес, как правило, с нарушениями законодательства, под различными предлогами стали постоянно обращаться в высшие государственные органы с целью принятия мер по сокращению проверок финансово-хозяйственных функций.
Через семнадцать лет, в период продолжавшейся либерализации коммерческой деятельности и ослабления контроля со стороны государственных органов, федеральным законом от 26 декабря 2008 года пункт 25 статьи 11, содержавший указанные правовые нормы, в угоду недобросовестным коммерсантам был отменен. Пункт 4 данной статьи, позволявший сотрудникам милиции получать от граждан и должностных лиц необходимые объяснения, сведения, справки, документы и копии с них, остался без изменений. По сути дела, только эта правовая норма позволяла оперативным сотрудникам гласным путем без возбужденного уголовного дела проводить проверку информации о подготавливаемых преступлениях в сфере экономики.
Законом «О полиции» от 7 февраля 2011 года имевшийся правовой пробел в какой-то степени был устранен. В соответствии со статьей 13 сотрудникам полиции предоставляется право требовать по письменному запросу уполномоченных должностных лиц от организаций, независимо от форм собственности, предоставления образцов и каталогов своей продукции, техническую документацию и другие информационные материалы. Также проводить исследования предметов и документов при наличии признаков подготавливаемого, совершаемого или совершенного противоправного деяния.
В соответствии с данным законом сотрудники имеют право на применение физической силы, спецсредств и огнестрельного оружия, а в случае необходимости проникать в помещения, занимаемые организациями. Принятый Закон от 22 февраля 1995 года «О Федеральной службе безопасности» наделяет сотрудников ФСБ правом на применение боевой техники, оружия, спецсредств и физической силы, а при необходимости проникать в помещения организаций.
В 1990-е годы, несмотря на наличие прав, позволяющих правоохранительным органам при необходимости входить в помещения предприятий, организаций независимо от форм собственности и проводить проверку финансово-хозяйственной деятельности, некоторые коммерческие структуры оказывали им агрессивное сопротивление. В особенности этим страдали банки, нефтяные компании и другие крупные фирмы. Как правило, подобное поведение было продиктовано тем, что их службы безопасности в основном возглавляли бывшие сотрудники ОВД или ФСБ, в том числе ранее занимавшие высокие должности, либо прикомандированные сотрудники этих ведомств.