Основной недостаток в организации функционирования специальных подразделений в составе уголовного розыска заключался в том, что фактически вся их деятельность сводилась к раскрытию отдельных тяжких видов общеуголовных преступлений, зачастую совершаемых одним лицом либо небольшими группами. Аналогичные структуры, входившие в управления по экономическим преступлениям, вели работу по своему направлению и практически не уделяли внимания общеуголовным формированиям. Только те подразделения, которые функционировали как самостоятельные, могли осуществлять свою деятельность независимо от задач, стоящих перед другими оперативно-розыскными субъектами. Однако многие из них, в силу ряда причин, дублировали уголовный розыск и службу по экономическим преступлениям. То есть занимались раскрытием совершенных преступлений.
Результаты изучения имевшегося опыта свидетельствуют, что наиболее эффективно борьбу с организованной преступностью способны вести самостоятельные оперативные подразделения. Основным аргументом в придании специальной службе МВД приоритетного положения в этом направлении являлось то, что в обязанности сотрудников не входило оперативное обслуживание каких-либо отраслей, объектов, линий. Поэтому им в процессе выполнения функциональных обязанностей не нужно было устанавливать и поддерживать постоянные контакты с работниками экономических объектов, должностными лицами органов государственной власти. У них не существовала необходимость проводить какие-либо проверки финансово-хозяйственной деятельности экономических структур с различными формами собственности. Подобные мероприятия осуществлялись только с целью получения доказательств противоправной деятельности конкретных группировок, а не для проверки функционирования объектов как таковых. При необходимости они проводились с зашифрованной целью.
В связи с этим уменьшалась возможность оперативникам попасть в определенную зависимость от должностных лиц различного рода структур, в которой чаще всего оказываются сотрудники подразделений по экономическим преступлениям при выполнении служебных задач.
В обязанности службы БХСС и первоначально в функции подразделений по экономическим преступлениям входило периодическое проведение различных проверочных мероприятий на обслуживаемых объектах в зависимости от криминогенной обстановки. Оперативное обслуживание имело трехуровневый режим. «Высокий», «умеренный» и «низкий». «Высокий» уровень предусматривал постоянный оперативный контроль за деятельностью экономических структур. «Умеренный» предполагал периодическое проведение оперативных и гласных мероприятий. «Низкий» ограничивался проведением одного или двух раз в год гласных и оперативных мероприятий.
По мере перехода к рыночным отношениям, уменьшения государственной собственности изменились и принципы деятельности службы экономической безопасности. В настоящее время даже при наличии информации о совершаемых правонарушениях в коммерческих структурах оперативники имеют право проводить проверки только с письменного разрешения руководства подразделения. В отношении некоторых организаций вообще не рекомендуется осуществлять подобные мероприятия. В бытность Советского Союза достаточно было устного согласия начальника отдела или его заместителя для проведения проверки курируемого объекта, вызванной служебной необходимостью.
При нынешнем подходе уменьшается возможность совершения злоупотреблений, но, с другой стороны, бесконтрольность может привести к человеческим жертвам. Как это постоянно происходит в последнее время на коммерческих объектах. К примеру, в Кемерово при пожаре в торгово-развлекательном центре, в котором в связи с налоговыми каникулами запрещалось проведение любых проверок, включая противопожарную безопасность. В результате погибло свыше семидесяти человек, более половины из них были дети.
Несовершенство структурно-функционального построения службы экономической безопасности и противодействия коррупции, а также отсутствие научных критериев оценки деятельности сотрудников не способствуют повышению эффективности их работы. Кроме того, оперативники, независимо от уровня подразделений, традиционно много сил и времени затрачивают на постоянное исполнение заявлений, обращений, указаний, поручений, на участие в проведении различного рода несвойственных мероприятий. При таком подходе весьма сложно выявлять и осуществлять глубокую разработку участников организованных формирований. Попросту не хватает ни сил, ни времени, а зачастую и технических возможностей. Подразделения по борьбе с организованной преступностью такими вопросами не занимались.