Фефер и сотрудница редакции Теумин после оглашения обвинительного заключения признали себя виновными, Маркиш, Лозовский, Брегман и Шимелиович настаивали на своей невиновности. Юзефович, Квитко, Бергельсон, Гофштейн, Ватенберг, Зускин, Таль-ми и Ватенберг-Островская признали вину «частично». Штерн признала себя виновной в том, что была членом Президиума Еврейского антифашистского комитета и, как член партии, совершенно не занималась собственными задачами комитета.
Первым из обвиняемых допрашивали Фефера. Если не считать Гоф-штейна, которого рассматривали как фигуру малозначительную в политическом отношении, он был и первым арестованным. В то же время как осведомитель МГБ Фефер являлся важнейшим свидетелем обвинения. С помощью его показаний, так же как в ходе предварительного следствия, предполагалось сразу же заставить остальных обвиняемых уйти в оборону. Фефер изложил свою биографию, подтвердил, что в 1917 г. вступил в Бунд и состоял в нем на протяжении полутора лет. В 1920 г. познакомился с «еврейскими националистами Бергельсоном, Гофштейном, Квитко», взгляды которых проявлялись в их националистически окрашенных стихотворениях.
Таким образом, Фефер, как от него и ожидали, сразу же начал с обвинений, которые адресовал и себе самому. Несмотря на все ошибки, говорил обвиняемый, он не был настоящим врагом Советской власти, его национализм проявился лишь тогда, когда он перед лицом массовой ликвидации еврейских школ, газет и других учреждений в 1930-е гг. возмущался прогрессом «ассимиляции». Он с большой завистью наблюдал за декадой узбекской культуры. Если сам он несколько раз бывал в синагоге, то не в силу религиозности, а из любви к еврейским традициям. Националистической была, по словам Фефера, также его работа в «Эйникайт», поскольку распространение материалов о героизме евреев противоречило задачам освещения героизма советского народа. Он не упомянул о том, что это делалось по поручению ЦК.
Затем Фефер перешел к следующему преступлению ЕАК. Поднять вопрос о Крыме означало затронуть крайне опасную тему, ибо, согласно обвинению, крымские планы обсуждались по поручению американцев. Дж. Розенберг, с которым члены комитета беседовали о возможной помощи «Джойнта», по словам Фефера, обосновывал интерес американцев к Крыму тем, что он граничит с Черным морем, Балканами и Турцией. Превращение Крыма в плацдарм напрямую не обсуждалось, но он, Фефер, может быть, неправильно понял всю важность этой беседы.
Его спрашивали и о «Черной книге», которая, несмотря на запрет, вышла в США. На это он ответил, что материалы были в 1944 г., еще до запрета, посланы в США наркоматом иностранных дел. Допрос Фефера, как позже и других обвиняемых, все время перескакивал с темы на тему — от национализма к шпионажу. Еврейский театр, по словам Фефера, тоже был трибуной националистической пропаганды. Здесь обвинение почуяло возможность уличить мертвого Михоэлса. Фефер, однако, взял под защиту председателя ЕАК, который, правда, захватил с собой в США в агитационных целях Библию, но ведь Библия — «один из величайших памятников еврейской культуры». Обвинение в использовании библейских мотивов он парировал указанием на то, что культурное наследие любого народа ценно, а потому вряд ли следует отказываться и от Соломона.
Примером еще одного националистического заблуждения Фефер назвал свое стихотворение «Я — еврей». В пылу самообвинения он даже упомянул имя Сталина, очень редко звучавшее в ходе разбирательства:
«Я говорил, что люблю свой народ. А кто не любит своего народа? Я хотел видеть свой народ, как все остальные. А когда я увидел, что все закрывается, все ликвидируется, мне было больно, и это меня восстановило против Советской власти. Этим и продиктованы мои интересы в отношении Крыма и Биробиджана. Мне казалось, что только Сталин может исправить ту историческую несправедливость, которую допустили римские цари. Мне казалось, что только советское правительство может исправить эту несправедливость, создав еврейскую нацию. А против советской системы я ничего не имел. Я сын бедного учителя. Советская власть сделала из меня человека и довольно известного поэта… Я говорил и о том, что мы пили из Сталинского кубка и утверждали, что славяне наши друзья. Мои стихотворения нацеливали на то, что мы еще будем плясать на могиле Гитлера… Вы не найдете никакого другого народа, который столько выстрадал бы, как еврейский народ. Уничтожено 6 миллионов евреев из 18 миллионов — одна треть. Это большие жертвы, и мы имели право на слезу, и боролись против фашизма».
Давая такие показания, Фефер защищался от критики со стороны судей — ведь на предварительном следствии он ясно охарактеризовал ЕАК как националистический центр. Затем он снова быстро сдал позиции и объявил Шимелиовича, который был ближайшим советником Михоэлса, агрессивным националистом.