После того, как результаты переписи стали известны, руководство страны попыталось противостоять «церковной угрозе». 20 мая 1937 года Маленков направил Сталину записку, в которой предложил отменить декрет ВЦИК от 8 Апреля 1929 г. «О религиозных объединениях», в соответствии с которым религиозное общество могло быть зарегистрировано при наличии заявления от 20 чел. Маленков писал, что декрет способствует нежелательному для власти организационному оформлению «церковников» (в форме двадцаток), поэтому необходимо изменить порядок регистрации религиозных обществ и вообще покончить с органами управления «церковников» в том виде, в котором они сложились к концу 1920-х гг. Отмечалось, что всего по СССР в двадцатках состояли около 60 тыс. чел. С запиской были ознакомлены члены и кандидаты в члены Политбюро.
Иными словами, была сделана попытка лишить церковные организации последних остатков легальной деятельности. Ответил на записку Маленкова нарком внутренних дел СССР Н.И. Ежов. Второго июня 1937 г. он написал Сталину, что считает идею Маленкова правильной, потому что система «церковных двадцаток» укрепляет церковь, создавая законную возможность существования церковного актива. По его мнению, церковь использует «церковные двадцатки» как готовые организационные формы, а так же в качестве прикрытия для проведения контрреволюционной деятельности. Кроме того, он советовал отменить инструкцию постоянной Комиссии при Президиуме ВЦИКа по вопросам культов «О порядке проведения в жизнь законодательства о культах», так как, по его мнению, «… ряд пунктов этой инструкции ставит религиозные объединения на положение едва ли не равное с советскими общественными организациями, в частности, имею в виду пункты 16 и 27 инструкции, которыми допускаются религиозные уличные шествия и церемонии, и созыв религиозных съездов»
Вслед за этим в регионах должна была быть активизирована работа по «церковникам и сектантам». Была принята директива НКВД УССР от 8 июня 1937 года № 24451, обязывающая принять «решительные меры по борьбе с церковно-сектантским к[онтр]р[еволюционнымого] подпольем». Есть все основания считать, что эта директива была принята по инициативе Москвы. Этот вывод нам позволяет сделать следующее обстоятельство. Дело в том, что нарком НКВД УССР, кандидат в члены ЦК ВКП(б), комиссар 1-го ранга В.А. Балицкий еще 11 мая был снят со своего поста и направлен на Дальний Восток. В начале июня в Киев прибыли гости с Лубянки: заместитель Ежова М.П. Фриновский, бывший руководитель УНКВД ДВК Т. Дерибас и комиссар ГБ второго ранга И. Леплевский. Дерибас пробыл в Киеве недолго — 19 июня было принято решение вернуть его в ДВК. А вот Леплевский 14 июня был назначен наркомом внутренних дел УССР и остался в Киеве до 25 января 1938 года.
Поэтому есть все основания считать, что директива № 24451 была принята по инициативе «московской бригады». Иными словами, скорее всего, это была позиция наркома Ежова.
Однако Политбюро решило не отменять декрет ВЦИКа от 8 апреля 1929 г., события пошли по другому сценарию. 3 июля 1937 года Сталин направил телеграмму секретарям региональных партийных организаций, которая легла в основу знаменитой «кулацкой операции» НКВД, в рамках которой и была уничтожена значительная часть духовенства (хотя в телеграмме Сталина и постановлении ПБ духовенство не упоминалось!).
При перечислении целевых групп репрессий про верующих говорится в 6 и 9 пунктах. Контингенты, подлежащие репрессии, были обрисованы достаточно точно:
«6. Наиболее активные антисоветские элементы из бывших кулаков, карателей, бандитов, белых, сектантских активистов, церковников и прочих, которые содержатся сейчас в тюрьмах, лагерях, трудовых поселках и колониях и продолжают вести там активную антисоветскую подрывную работу…
9. Репрессии подлежат все перечисленные выше контингенты, находящиеся в данный момент в деревне — в колхозах, совхозах, сельско-хозяйственных предприятиях и в городе — на промышленных и торговых предприятиях, транспорте, в советских учреждениях и на строительстве».
Реализация приказа № 00447 по отношению к верующим не заставила себя долго ждать. Подводя итог первому месяцу операции, Ежов 8 сентября 1937 г. направил Сталину спецсообщение № 59750 о первых итогах операции по репрессированию антисоветских элементов. В нем уже во втором пункте говорится о том, что, по показаниям арестованных, на 1 сентября 1937 вскрыто и ликвидируется: «Церковно — сектантских повстанческих и фашистских групп и организаций 43 с числом участников 710 человек». Причем они, с точки зрения наркома, стоят по значимости уже на втором месте. Ежов прямо пишет о новом направлении оперативного поиска: «Заслуживает серьезного внимания наличие выявляемого сейчас широкого церковно-сектантского повстанческого подполья».