В 1636 г. брат Бойбегуса, Гуши-хан, отправился искать удачу в район Кукунора, где выкроил себе княжество вокруг этого озера и Цайдама. Он округлил свои завоевания в сторону Хамдо, или Восточного Тибета, который подчинил одновременно своей светской власти и духовной власти Желтой церкви. Гуши-хан, как и все хошутские принцы, был очень набожным ламаистом. В тот момент Желтой церкви угрожала большая опасность. Тибетский принц Десрид де Гцанг, покровитель старого красного духовенства, овладел Лхасой (между 1630 и 1636 гг.). Глава Желтой церкви, далай-лама Нгаванг Лобсанг, обратился за помощью к Гушихану. Гуши-хан тотчас сформировал для защиты Желтой церкви «священную лигу», к которой присоединились все калмыцкие князья: его племянники Учирту-сэцэн и Аблай-тайши, Батур-хунтайджи, вождь чоросов, правивший на Урунгу, Черном Иртыше, Эмеле и в Тарбагатае, и даже Хо-Урлук, вождь торгутов, хотя в это время он завоевывал степи в Северном Приаралье и Северном Прикаспии. Но ведение «священной войны» взял на себя Гушихан вместе со своим братом Кундулен-Убуши. В первом походе (ок. 1639?) он вошел в Тибет, разбил всех врагов далай-ламы, как сторонников красного духовенства, так и приверженцев древней религии бонпо. Во втором походе он взял в плен Десрид де Гцанга (ок. 1642?), оккупировал Лхасу и провозгласил далай-ламу Нгаванг Лобсанга властителем Центрального Тибета (Дбус и Цанг). В качестве символа светской власти, делегированной ему хошутским принцем, Лобсанг приказал возвести свою резиденцию на месте дворца древних тибетских царей, в Потале, в Лхасе (1643-1645). Взамен Гуши-хан, уже властитель Кукунора, Цайдама и Северного Тибета, был прямо в Лхасе признан далай-ламой защитником и светским наместником Желтой церкви. Вплоть до своей смерти в 1656 г. он действительно был «ханом тибетцев», как его называли при пекинском дворе.
Хошутское ханство Кукунора и Цайдама, с протекторатом над Тибетом, после Гуши-хана унаследовал его сын, Даян-хан (1656-1670), потом внук Далай-хан (1670–1700). Сын Далай-хана, Лацанхан (1700–1717), тоже показал себя ревностным защитником Желтой церкви, очень серьезно относился к своей роли, собирал соборы для избрания живых будд. Так, он совершил вторжение в Тибет против всесильного министра Сангье Гьямцо, который, прикрываясь ребенком – далай-ламой, управлял Желтой церковью как хозяин. В 1705–1706 гг. Лацан-хан вступил в Лхасу, казнил грозного министра, низложил неправильного выбранного маленького далай-ламу, потом приказал назначить другого, по своему выбору (1708–1710). От Гуши-хана до Лацан-хана хошутские правители Кукунора и Цайдама по отношению к главе тибетской церкви играли ту же роль, что Пипины и Карлы Великие по отношению к папству.
Но здесь эта ситуация, столь важная по причине влияния Желтой церкви на политику в Центральной Азии и на Дальнем Востоке, вызвала зависть. Другое калмыцкое племя, ставшее самым сильным в Джунгарии, чоросы, тоже мечтало занять это ключевое положение. В июне 1717 г. вождь чоросов Цэрэн Дондуб двинулся на Тибет. Лацан-хану удавалось три месяца удерживать чоросов севернее Тенгри-нора, но потом, уступая их численному превосходству, он вынужден был бежать в Лхасу. Цэрэн Дондуб настиг его там и 2 декабря овладел городом. Лацан-хан до последнего оборонял Поталу и был убит во время бегства. Так закончился хошутский протекторат над Тибетом, но хошуты, приведенные с Иртыша Гуши-ханом, сегодня составляют основу населения района Цайдам, а три остальные группы того же происхождения по-прежнему живут западнее и северо-западнее от Кукунора, а также в округе Луцан и Лацзясы (Ару-рарджа) в Сокпа, на юго-востоке от озера.
Те же хошуты, что остались на Иртыше, возле озера Засан, под правлением двух братьев, Учирту-сэцэна и Аблай-тайши, они пострадали от раздора между этими двумя вождями. Побежденный Аблай эмигрировал и отправился бороться за степи между Уралом и Волгой с торгутами, чьего вождя Пунцук-Мончака захватили в плен (ок. 1670), но торгуты скоро взяли реванш и взяли уже его в плен, а его орду рассеяли. Оставшийся на озере Зайсан Учирту-сэцэн был атакован и убит в 1677 г. чоросским вождем Галданом, который покорил часть его народа, тогда как оставшаяся часть присоединилась к хочотам, перебравшимся в Цайдам и на Кукунор.
Джунгарское ханство при Чоросской династии. Царствование Батур-хунтайджи (1634–1653)